Незважаючи на значну кількість посадових осіб, наділених організаційно-розпорядчими або адміністративно-господарськими функціями, головне питання під час реалізації принципу спеціалізації у сфері судового управління полягає у співвідношенні та взаємодії голови суду й керівника апарату суду. Керівник апарату суду, виконуючи покладені на нього функції, з одного боку, збільшує час, необхідний суддям для вирішення судових справ, а з іншого - повинен привносити знання та можливості судового менеджменту у сферу судової влади. Зі зростанням навантаження й вимог щодо розв'язання більшої кількості спорів у суддів на адміністративних посадах залишається мало часу для управління щоденними справами суду, для планування впровадження нових технологій і процедур, що мають поліпшити роботу судової системи.

Разом із тим серед працівників суду існує досить жваве протистояння стосовно співвідношень голови суду та керівника апарата суду. Так, заступник голови господарського суду м. Севастополя В.Є. Кравченко зазначає, що вирішення проблеми правового розмежування повноважень голови суду та керівника апарату вбачається в розширенні повноважень голови суду як дійсно дієвого керівника державної установи - суду - й у детальному визначенні та поступовому, а не в «стрибкоподібному» зростанні кола повноважень керівника апарату суду. Керівник апарату господарського суду Автономної Республіки Крим І.В. Плотников зазначає, що посаду керівника апарата суду варто зарахувати чи прирівняти до посади заступника голови суду, на кшталт керівника управління справами в органах виконавчої влади, де керівник апарату є заступником керівника цього органу.

Аналіз практичної діяльності керівника апарату суду в судовій системі України показує, що його успіх роботи залежить насамперед від його професійних якостей. Однак сьогодні посада керівника апарату суду не остаточно сформувалася й особи, які обіймають ці посади, не завжди займають лідерську позицію в суді, не користуються достатнім авторитетом як серед суддів, так і серед працівників апарату суду. Особливо наочно така ситуація проглядається на рівні місцевих судів. Варто також зазначити, що в багатьох випадках голови судів ставляться до керівників апаратів як до своїх помічників, указуючи їм, що і як необхідно виконувати, або ж перетягують, точніше, продовжують виконувати всі організаційні повноваження в суді. Проте практика показує, що в тих судах, де активно підтримували керівників апарату суду, їхня робота отримувала схвалення: становлення керівника апарату суду відбувалося набагато швидше. Причому передача організаційних повноважень, не пов'язаних із відправленням правосуддя, від голови суду керівникові апарату не означала втрати контролю над апаратом суду з боку голови, оскільки контрольна функція все ж залишилася в голови суду. Навпаки, така ситуація підвищувала роль керівника апарату суду у взаєминах із працівниками апарату, й, найголовніше, у зовнішніх правовідносинах, оскільки для належної організації забезпечення роботи суду необхідні зовнішні ресурси.

Запровадження спеціалізації в судовому управлінні призвело до перерозподілу повноважень між головою суду та керівником апарату зі значним збільшенням повноважень останнього. Покладення на керівника апарату частини організаційно-розпорядчих повноважень, що за раніше чинним законом про судоустрій здійснювалися головою суду, вважаємо правильним кроком законодавця. Такий перерозподіл повноважень являє собою реалізацію управлінської спеціалізації в суді. Такий підхід сприятиме створенню належних умов для зосередження суддів, у тому числі й тих, хто обіймає адміністративні посади, на якісному виконанні завдань правосуддя, зменшенню навантаження на останніх у частині виконання адміністративно-управлінських функцій, а функції, які не є суддівськими за своєю природою й не обов'язково мають виконуватися суддями, максимально можливою мірою передаються іншим працівникам суду. За таких умов голова суду замість того, щоб витрачати більшість свого часу на вирішення адміністративних та управлінських питань, делегує основну частину відповідних адміністративних функцій керівнику апарату суду, який фактично стає партнером голови суду.

Запровадження спеціалізації в галузі управління в суді, тобто розмежування повноважень між головою суду та його заступниками й керівником апарату, також сприятиме забезпеченню незалежності суддів через створення механізму відмежування суддівського корпусу від ведення фінансово-господарських операцій і, як наслідок, недопущення впливу на них з боку контролюючих органів.