Так що ж стало причиною виникнення суперечливих думок у процесі прийняття Федерального Закону «Про свободу совісті та релігійні об'єднання»? По суті мова йде про різний тлумаченні нових положень Федерального Закону від 26.09.1997, в корені відрізняють його від попереднього законодавства у цій галузі, особливо від явно застарілого Закону РРФСР «Про свободу віросповідань» від 25 жовтня 1990 року. В основі ж розбіжностей вітчизняних і зарубіжних політиків лежить діаметрально протилежна оцінка ролі держави і, перш за все виконавчої влади у правовій регламентації конфесійної діяльності. Провідники нової державної політики у відносинах держави і церкви, втіленої в новому Федеральному Законі від 26 вересня 1997 року, відстоюють необхідність посилення ролі виконавчої влади при створенні релігійних об'єднань та здійсненні контрольних повноважень правоохоронних органів за їх діяльністю. Така позиція враховує і міжнародну практику. Зокрема, рішенням Європейського парламенту від 29 февраля1997 року передбачена можливість обмеження діяльності релігійних об'єднань: державам-членам Європарламенту рекомендовано не надавати «статус релігійної організації автоматично», а також припиняти протиправну діяльність сект аж до їх ліквідації.

Висловлювалися думки, що Федеральний Закон має «дискримінаційну сутність», утруднює діяльність усіх конфесійних організацій, крім так званих «традиційних», що вкоренилися в Росії протягом століть і об'єднують прихильників православ'я, ісламу, буддизму та іудаїзму. Насправді Федеральний Закон від 26 вересня 1997 року засновано на міжконфесійному концепції державного регулювання, відповідно до якої «протекціоністська політика держави поширюється на все легітимно створені релігійні об'єднання». Новий Закон не передбачає режиму найбільшого сприяння щодо традиційних релігій. Єдина згадка про них міститься в преамбулі, але не в нормативних приписах закону, яким підтверджено конституційний принцип рівної правового захисту всіх конфесійних об'єднань, офіційно діють на території Росії.

Лейтмотив ФЗ від 26 вересня 1997 року полягає в закріпленні превентивних повноважень правоохоронних органів: державна влада зацікавлена в запобіганні можливої протиправної діяльності так званих «тоталітарних» сект, що виключають добровільну основу членства і перешкоджають виходу громадян з релігійного об'єднання. Механізм державної дозвільної політики, втіленої в повноваженнях федеральних міністерств і відомств з реєстрації, ліцензування та контролю, покликаний запобігти заподіяння майнової та моральної шкоди прихильникам різних віросповідань. Релігійні об'єднання можуть бути створені у формі релігійних груп і релігійних організацій. Слід підкреслити, що правоздатністю юридичних осіб мають лише зареєстровані в органах юстиції релігійні організації. Федеральний Закон від 26 вересня 1997 року визначає статус факультативного і імперативного режимів реєстраційних відносин, і їх відмінності обумовлені намірами особі, що створили релігійну групу. Факультативний режим має місце у випадку, якщо засновники релігійних груп не мають наміру клопотати в органах юстиції про надання їм статусу юридичної особи. Обов'язкова ж державна реєстрація передбачена лише для об'єднань, створених у формі релігійної організації. Не можна відмовити в реєстрації релігійного об'єднання з мотивів недоцільності його створення. Для здійснення імперативних реєстраційних відносин вирішальне значення має тимчасовий ценз діяльності об'єднання на території Росії. Статус загальноросійського релігійного об'єднання поширюється тільки на централізовані релігійні організації, які діють на території Росії на законних підставах не менше 50 років (і мають у своєму складі мінімум три місцеві організації, зареєстровані на території однієї або декількох суб'єктів Російської Федерації) до моменту звернення організації до органу юстиції із заявою про державну реєстрацію. Засновники місцевої релігійної організації зобов'язані підтвердити в органі юстиції факт своєї діяльності на відповідній території протягом не менше 15 років (ця вимога не поширюється на місцеві релігійні об'єднання, які діяли в складі централізованої релігійної організації до державної реєстрації). Проте все ж таки є можливість поширення прав юридичної особи для місцевої та централізованої релігійної організації і без тимчасового цензу. Однак у цьому випадку засновники зобов'язані щорічно протягом 15 років перереєструватися в територіальних органах юстиції. На такі об'єднання поширюється цілий ряд обмежень: вони не вправі утворювати установи професійної релігійної освіти, виробляти, придбавати, поширювати релігійну літературу, мати при собі представництво іноземної релігійної організації. Створенню централізованої релігійної організації властива особлива періодичність реєстраційних відносин: на першому етапі державної реєстрації підлягають місцеві організації, і тільки після її завершення засновники має право клопотати про реєстрацію централізованої організації. Для створення конфесійними об'єднаннями установ професійної релігійної освіти необхідно поєднання двох видів дозвільної політики. Такі установи підлягають державній реєстрації в органі юстиції як релігійного об'єднання, і для отримання права здійснення освітньої діяльності необхідна також видача ліцензії Міністерством загальної та професійної освіти Російської Федерації. Ліквідація конфесійного об'єднання також регламентується нормами адміністративного права. Як правило, ініціатором ліквідації або заборони діяльності об'єднання є Міністерство юстиції Російської Федерації або його територіальний орган в суб'єкт федерації, але рішення по суті приймається судом. Федеральним законом не врегульовані розбіжності у процедурах ліквідації та заборони діяльності релігійного об'єднання, однак повне припинення правоздатності конфесійної організації як юридичної особи допускається тільки у випадку її ліквідації судом. Заборона діяльності об'єднання є тимчасову превентивну міру, мета якої - усунення фактів порушення чинного законодавства, виявлені органом юстиції або іншим правоохоронним органом в процесі здійснення контрольних функцій.