У межах виконання основних завдань Служба визначає, за погодженням з Держмитслужбою України, критерії одноманітності застосування в межах регіону процедур митного контролю та митного оформлення відповідно до напрямів переміщення транспортних засобів і предметів, видів митних режимів, особливостей пропуску через митний кордон України, а також за видами засобів і способів переміщення та іншими ознаками; збирає, систематизує та аналізує інформацію про практичне застосування структурними підрозділами регіональної митниці та митницями регіону правових норм, що містяться в діючих законодавчих та інших нормативно-правових актах; збирає, систематизує та аналізує інформацію про практичне використання структурними підрозділами митниці та митницями регіону: ТЗМК; інформаційних ресурсів, що містяться в програмно-інформаційних комплексах регіональної митниці, митниць регіону та Єдиної автоматизованої інформаційної системи Держмитслужби України; збирає, систематизує та аналізує інформацію про практичне дотримання учасниками зовнішньоекономічних операцій регіону правових норм, що містяться в діючих законодавчих та інших нормативно-правових актах; вивчає та узагальнює досвід митних органів зарубіжних країн у частині застосування правових норм, ТЗМК та інформаційних ресурсів у технологічних процесах митного контролю та митного оформлення; розробляє рекомендації із забезпечення одноманітності застосування структурними підрозділами регіональної митниці та митницями регіону правових норм, ТЗМК, наявних інформаційних ресурсів; розробляє та впроваджує форми та методи контролю за дотриманням одноманітності застосування структурними підрозділами регіональної митниці та митницями регіону правових норм, ТЗМК, наявних інформаційних ресурсів; подає методичну допомогу структурним підрозділам регіональної митниці та митницям регіону з упровадження рекомендацій, розроблених згідно із вказаним Примірним положенням; готує пропозиції до Держмитслужби України щодо: необхідності розроблення нових та/або перегляду, скасування діючих правових норм; вдосконалення функціональних можливостей, парку та порядку застосування ТЗМК; вдосконалення форм, порядку застосування та змісту інформаційних ресурсів; перегляду зони діяльності регіональної митниці та митниць регіону, створення, реорганізації та ліквідації їх структурних підрозділів, перерозподілу штатної чисельності регіональної митниці та митниць регіону; розробляє плани роботи Служби, які доводить до відома підрозділів регіональної митниці, митниць регіону; забезпечує ведення діловодства в Службі та її структурних підрозділах.

Службу очолює перший заступник (заступник) начальника регіональної митниці начальник Служби координації та контролю діяльності підпорядкованих митниць (далі - начальник Служби), який безпосередньо підпорядковується начальнику регіональної митниці. Начальник Служби призначається на посаду та звільняється з посади наказом Держмитслужби України за поданням начальника регіональної митниці. Начальник Служби має заступника (заступників), який(і) призначається на посаду та звільняється з посади начальником регіональної митниці за поданням начальника Служби.

Служба безпосередньо підпорядковується першому заступнику (заступнику) начальника регіональної митниці - начальнику Служби.

Посадові обов'язки начальника Служби визначаються посадовою інструкцією відповідно до розподілу обов'язків між заступниками регіональної митниці, затвердженого Головою Держмитслужби України, і Положення про Службу, затвердженого начальником регіональної митниці. Посадові обов'язки працівників Служби визначаються начальником Служби.

Організаційна структура Служби визначається, виходячи з необхідності якісного виконання визначених цим Примірним положенням завдань та функцій у межах визначених для Служби штатною структурою Регіональної митниці.