Підрозділи митної варти розміщуються, як правило, в місцях розташування регіональних митниць і митниць.

За рішенням керівника спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади в галузі митної справи особовий склад, транспорт, озброєння та спеціальні засоби підрозділів митної варти у разі оперативної необхідності можуть бути тимчасово переміщені в інші регіони України поза місцем основного розміщення.

У коментованій статті кодексу закріплюється правило, згідно з яким підрозділи митної варти, що є спеціальними підрозділами митних органів, призначеними для боротьби з порушеннями митних правил, охорони територій, будівель, споруд та приміщень митних органів, охорони та супроводження товарів і транспортних засобів, забезпечення охорони зон митного контролю, розмішуються, як правило, в місцях розташування регіональних митниць і митниць. Але за рішенням керівника спеціально уповноваженого центрального органу виконавчої влади в галузі митної справи - Голови Держмитслужби України - особовий склад, транспорт, озброєння та спеціальні засоби підрозділів митної варти у разі оперативної необхідності можуть бути тимчасово переміщені в інші регіони України поза місцем основного розміщення. Положення коментованої статті дають змогу керівництву Держмитслужби України вчасно та оперативно реагувати на положення, яке склалося в тій чи іншій зоні митного контролю, перерозподіляти людські та матеріально-технічні ресурси з метою найбільш ефективного вирішення актуальних завдань, які виникають в їх службовій діяльності.