Основні завдання ВМК: сприяння розвитку зовнішньоекономічної діяльності підприємств України, її подальше зближення з існуючою світовою та європейською практикою; підвищення ефективності митного контролю та митного оформлення вантажів; сприяння розвитку митного оформлення товарів за принципом "єдиного офісу"; скорочення часу, необхідного для митного оформлення вантажів; прискорення вантажообігу та підвищення привабливості України як транзитної держави; забезпечення повноти справляння митних платежів і зборів; раціональне використання державного майна та забезпечення його збереження; забезпечення дотримання працівниками ВМК правил внутрішнього розпорядку, дисципліни, правил охорони праці, техніки безпеки, виробничої санітарії й пожежної безпеки.

ВМК виконує такі функції:

- надання комплексу транспортних сервісних послуг юридичним і фізичним особам, у тому числі іноземним, при митному контролі і митному оформленні, а також при перевезенні вантажів залізничним, автомобільним, морським, річковим і повітряним транспортом;

- створення мережі вантажних терміналів, обладнаних необхідними перевантажувальними засобами та технічними засобами митного контролю;

- будівництво об'єктів майнового комплексу ВМК, створення власних складських площ, у тому числі для товарів, збереження яких потребує спеціальних умов, інших об'єктів інфраструктури;

- надання транспортно-експедиційних послуг при перевезенні експортно-імпортних вантажів залізничним, автомобільним, морським, річковим та повітряним транспортом;

- організація супроводження, охорони та страхування вантажів;

- організація належного складування вантажів і забезпечення їх збереження, надання складу для тимчасового зберігання вантажів, митного ліцензійного складу;

- посередницька діяльність митного брокера та митного перевізника;

- організація співробітництва з транспортно-експедиційними підприємствами, у тому числі з іноземними, при наданні послуг з перевезення експортних, імпортних і транзитних вантажів;

- надання консультативних послуг учасникам зовнішньоекономічних операцій та ін.

ВМК має такі права: одержувати в установленому порядку від митних органів, спеціалізованих митних установ та організацій, органів державної влади, суб'єктів господарювання необхідну інформацію для виконання завдань, покладених на ВМК; вносити на розгляд керівництву Державної митної служби України пропозиції щодо підвищення ефективності митного контролю, митного оформлення вантажів та його прискорення; отримувати від митних органів інформацію стосовно питань, віднесених до компетенції ВМК; брати участь у розробці проектів нормативно-правових актів з питань митного контролю і митного оформлення. ВМК може мати й інші права, необхідні йому для здійснення покладених на нього завдань, якщо такі права будуть надані в установленому порядку Державною митною службою України.

ВМК очолює начальник, який призначається на посаду та звільняється з посади наказом Голови Державної митної служби України. Він має заступників за напрямами діяльності. Кількість заступників та їх повноваження визначаються Державною митною службою України за поданням начальника ВМК.

Начальник ВМК при виконанні покладених на ВМК завдань представляє інтереси ВМК в органах виконавчої влади, органах місцевого самоврядування, в установах і організаціях, укладає господарські та інші угоди з питань, що належать до його компетенції. Начальник ВМК відповідно до покладених на нього обов'язків: здійснює керівництво ВМК, розподіляє обов'язки між заступниками та керівниками структурних підрозділів ВМК, визначає ступінь відповідальності окремих посадових осіб; вносить пропозиції керівництву Державної митної служби України щодо призначення та звільнення посадових осіб ВМК, посади яких віднесено до номенклатури посад Голови Служби, а також щодо заохочення цих посадових осіб і накладання на них стягнень; контролює дотримання працівниками ВМК вимог законодавства України; організує взаємодію ВМК з органами виконавчої влади та органами місцевого самоврядування; здійснює експертизу проектів наказів, що подаються йому на підпис; видає розпорядження; контролює виконання працівниками ВМК своїх наказів і розпоряджень, якість та своєчасність виконання ними доручень керівництва Державної митної служби України; підписує фінансові й інші службові документи; організовує та веде виховну й профілактично-попереджувальну роботу серед особового складу ВМК; організовує проведення атестації посадових осіб згідно з номенклатурою посад; забезпечує належні умови праці працівників ВМК; здійснює заходи щодо виявлення, попередження та припинення корупції, інших протиправних дій з боку працівників ВМК.

Начальник ВМК відповідає за: якісне, повне та своєчасне виконання завдань, покладених на ВМК; дотримання працівниками ВМК вимог законодавства України; розбудову інфраструктури ВМК; дотримання фінансової та штатно-кошторисної дисципліни; організацію бухгалтерського обліку у ВМК; забезпечення відображення всіх господарських операцій у первинних документах; збереження оброблених документів, реєстрів і звітів протягом строків, установлених законодавством України; добір і розстановку кадрів; виховну роботу з кадрами; професійну підготовку особового складу ВМК; організацію у ВМК роботи з охорони праці; створення безпечних умов праці; дотримання вимог законодавчих та інших нормативних актів з охорони праці.