У системі управління використанням і охороною природних ресурсів значні повноваження мають державні органи, діяльність яких спрямовано на розв'язання широкого кола питань, - органи загальної компетенції. До них належать: Кабінет Міністрів України, уряд АРК, місцеві державні адміністрації, а також органи місцевого самоврядування.

Кабінет Міністрів України відповідно до Закону України "Про охорону навколишнього природного середовища" здійснює реалізацію визначеної Верховною Радою екологічної політики; забезпечує розроблення державних, республіканських, екологічних програм; координує діяльність міністерств, відомств, інших установ та організацій у питаннях охорони навколишнього природного середовища; встановлює порядок розроблення і затвердження екологічних нормативів, лімітів використання природних ресурсів, питань скидання забруднюючих речовин у навколишнє природне середовище, розміщення відходів; встановлює порядок визначення платні та її максимальні розміри за користування природними ресурсами, забруднення навколишнього природного середовища, розміщення відходів, інші види шкідливого впливу на нього; приймає рішення про зупинення (тимчасово) або припинення діяльності підприємств, установ і організацій у разі порушення ними законодавства про охорону навколишнього природного середовища; керує зовнішніми зв'язками в питаннях охорони навколишнього природного середовища.

На території АРК її уряд згідно із загальнодержавними програмами розробляє, затверджує та реалізує програми АРК з питань раціонального природокористування і охорони навколишнього природного середовища. До його повноважень належать також організація управління та контролю в галузі охорони навколишнього природного середовища, узгодження розміщення підприємств, установ і організацій на території республіки, визначення нормативів платні та її розміри; забруднення навколишнього природного середовища, розміщення відходів тощо.

Управління використанням і охороною природних ресурсів на територіях відповідних адміністративно-територіальних одиниць здійснюють місцеві державні адміністрації. До їх повноважень, зокрема, належать: розроблення в забезпеченні використання затверджених законом програм раціонального використання земель, лісів, підвищення плодючості земель, що перебувають у державній власності; розроблення і забезпечення використання регіональних екологічних програм; здійснення заходів щодо відшкодування збитків, завданих порушенням законодавства про охорону навколишнього природного середовища підприємствами, установами, організаціями; організація роботи з ліквідації наслідків екологічних аварій, залучення до цієї роботи підприємств, установ, організацій, незалежно від форм власності.

Безпосереднє управління використанням і охороною природних ресурсів здійснюють органи спеціальної компетенції. Такими є Міністерство охорони навколишнього природного середовища України, його органи на місцях, а також інші державні органи, до компетенції яких належить здійснення функцій по організації раціонального використання та охорони природних ресурсів: Державний комітет лісового господарства України, Державний комітет рибного господарства України, Державне агентство земельних ресурсів України, Державний комітет України по водному господарству, Державний комітет ядерного регулювання України.

Міністерство охорони навколишнього природного середовища України (Мінприроди) посідає центральне місце в системі органів спеціальної компетенції в цій сфері (галузі). Мінприроди реалізує державну політику у сфері охорони навколишнього природного середовища, раціонального використання та відновлення природних ресурсів, захисту населення і навколишнього природного середовища від негативного впливу господарської діяльності шляхом регулювання екологічної, ядерної та радіаційної безпеки на об'єктах усіх форм власності.

Мінприроди здійснює: державний контроль за додержанням вимог законодавства з питань охорони навколишнього природного середовища, ядерної та радіаційної безпеки; нормативно-правове регулювання стосовно використання природних ресурсів, встановлення критеріїв і норм додержання екологічної, ядерної та радіаційної безпеки; облік ядерних матеріалів і контроль за їх збереженням, транспортуванням та використанням; організацію проведення державної екологічної експертизи; міжнародне співробітництво в питаннях екології, безпечного використання ядерної енергії та радіаційних технологій.

Виконуючи покладені на нього завдання, Мінприроди здійснює комплексне управління і регулювання в галузі охорони навколишнього природного середовища, раціонального використання природних ресурсів, забезпечення ядерної та радіаційної безпеки; координує діяльність центральних органів державної виконавчої влади, підприємств, установ, організацій у галузі охорони навколишнього природного середовища; контролює та організовує перевірки підприємств, установ, організацій щодо додержання нормативів і правил екологічної безпеки; встановлює відповідні норми й правила тощо.

На місцях органами Мінприроди є державні управління охорони навколишнього природного середовища в областях, АРК, містах Києві та Севастополі, а також районні, міські і регіональні інспекції охорони навколишнього природного середовища.

Державний комітет лісового господарства України реалізує державну політику розвитку лісового господарства, здійснює управління лісовим фондом України з метою посилення охоронних, захисних, санітарно-гігієнічних, оздоровчих та інших функцій лісу та високоефективного використання лісових ресурсів для забезпечення потреб у лісосировинній продукції, а також державний контроль за охороною, захистом і використанням лісів.

Державний комітет рибного господарства України, який входить до складу Мінагрополітики України, є спеціально уповноваженим державним органом у галузі ведення рибного господарства. До його завдань належать формування концепції розвитку рибного господарства та збереження рибних ресурсів України, видання в межах своєї компетенції дозволів на промислове добування рибних запасів виключної (морської) економічної зони і риб, що живуть у водах, розміщених на території більш ніж однієї області України, а також інформування природокористувачів про ліміти використання рибних запасів, здійснення контролю за охороною рибних запасів.

Державну політику у сфері земельних відносин реалізує Державне агентство України по земельних ресурсах, завдання якого полягають
 

 
у контролі за використанням і охороною земельних ресурсів та державному земельному нагляді. До його компетенції належать проведення моніторингу земель, землевпорядкування, а також розроблення і реалізація державних регіональних програм, пов'язаних із регулюванням земельних відносин, раціональним використанням і охороною земель.

Діяльність Державного комітету України по водному господарству спрямовано на здійснення заходів щодо збільшення раціонального використання водних ресурсів, поліпшення стану річок, водоймищ, прибережних зон морів, охорони водоймищ, підземних вод від радіоактивного забруднення.

У зв'язку з ліквідацією Комітету України з питань геології та використання надр і переданням його функцій Мінприроди України, останнє здійснює державний моніторинг геологічного середовища і проведення еколого-геологічних досліджень, контролює повноту та якість геологічного вивчення надр, проводить облік розвіданих родовищ корисних копалин. Поряд з цим до його функцій належать видача спеціального дозволу (ліцензії) на користування надрами, нагляд за підземними водами і оцінювання їх ресурсів, контроль за додержанням екологічних вимог під час проведення геологорозвідувальних робіт.

Державне управління в галузі охорони атмосферного повітря разом з Мінохоронприроди здійснює Міністерство охорони здоров'я України в межах його компетенції, визначеної законодавством.