Безпосереднє керівництво митною справою здійснює спеціально уповноважений центральний орган виконавчої влади - Державна митна служба України (Держмитслужба), яку було створено Указом Президента України від 29 листопада 1996 р. "Про державну митну службу України"[153] (в редакції від 23 березня 1998 р.). Держмитслужба стала правонаступником ліквідованого Державного митного комітету України.

Правовий статус Держмитслужби закріплено в Положенні про неї, затвердженому постановою Кабінету Міністрів України від 18 липня 2007 р.[154]

Держмитслужба, здійснюючи безпосереднє керівництво митною справою в Україні, захищає економічні інтереси України, сприяє розвиткові зовнішньоекономічних зв'язків, забезпечує додержання законодавства про митну справу, здійснює заходи щодо запобігання контрабанді та порушенням митних правил, веде разом з іншими уповноваженими органами виконавчої влади Українську класифікацію товарів зовнішньоекономічної діяльності, здійснює верифікацію (встановлення достовірності) сертифікатів про походження товарів з України, співпрацює відповідно до міжнародних договорів і законодавства України з митними та іншими органами іноземних держав, міжнародними організаціями в митній сфері, керує діяльністю органів митної служби, створює, реорганізує та ліквідує в установленому порядку регіональні митниці, митниці, спеціалізовані митні управління і організації, установи та навчальні заклади, реалізує в межах своєї компетенції державну кадрову політику.

Держмитслужба під час виконання покладених на неї завдань взаємодіє з іншими центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, а також з відповідними органами іноземних держав.

Держмитслужба в межах своїх повноважень на основі та виконання актів законодавства видає накази, організовує і контролює їх виконання. У випадках, передбачених законодавством України, її рішення є обов'язковими до виконання центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, підприємствами, установами і організаціями всіх форм власності та громадянами.

Держмитслужбу очолює Голова, якого призначає та звільняє з посади Президент України за поданням Прем'єр-міністра України. Голова має своїх заступників, розподіляє між ними обов'язки, визначає ступінь відповідальності заступників Голови та керівників підрозділів центрального апарату Держмитслужби.

Голова Держмитслужби в установленому порядку призначає на посаду та звільняє з посади працівників центрального апарату Держ- митслужби, керівників регіональних митниць і структурних підрозділів, митниць, спеціалізованих митних управлінь і організацій, установ і навчальних закладів.

Для погодженого розв'язання питань, що належать до компетенції Держмитслужби, обговорення найважливіших напрямків її діяльності в Держмитслужбі утворюють дорадчий орган - колегію. До складу колегії входять Голова (голова колегії), заступники голови за посадою, інші працівники Держмитслужби.

Складовою частиною системи митних органів є регіональні митниці. Регіональна митниця на території закріпленого за нею регіону в межах своєї компетенції здійснює митну справу та забезпечує комплексний контроль за додержанням законодавства України з питань митної справи, керівництво і координацію діяльності підпорядкованих їй митниць та спеціалізованих митних установ і організацій.

Регіональна митниця є юридичною особою та здійснює свою діяльність відповідно до законодавства України і положення, яке затверджується наказом Держмитслужби. Кордони діяльності регіональних митних органів можуть як збігатися, так і не збігатися з кордонами адміністративно-територіальних одиниць.

Наступною ланкою митної системи є митниці. Митниця є митним органом, який безпосередньо забезпечує виконання законодавства України з питань митної справи, справляння податків і зборів та виконання інших завдань, покладених на митну службу України.

Митниця є юридичною особою та здійснює свою діяльність відповідно до законодавства України і положення, яке затверджується наказом Держмитслужби.

Митниця підпорядковується регіональній митниці та Держмитслуж- бі або Держмитслужбі безпосередньо. Держмитслужба створює, реорганізує, ліквідує митниці, визначає межі території дії. Керівника митниці призначає на посаду та звільняє з посади керівник Держмитслужби.
 

 
Безпосередньо здійснюють митний контроль та оформлення товарів і транспортних засобів, які переміщуються через митний кордон України, митні пости. Митні пости створюються у міру необхідності в населених пунктах, на залізничних станціях, в аеропортах, морських і річкових портах та інших об'єктах, розташованих у зоні діяльності регіональної митниці чи митниці. Митний пост є структурним підрозділом регіональної митниці, митниці. Створення, реорганізацію та ліквідацію митних постів здійснює Держмитслужба за поданням відповідної регіональної митниці, митниці. Держмитслужба призначає на посаду, звільняє з посади керівника митного поста, затверджує типове положення про митний пост.

У межах бюджетних коштів, передбачених для утримання митної служби України, виключно для забезпечення виконання завдань, покладених на митні органи, можуть створюватися експлуатаційні, транспортні, інформаційно-аналітичні, кінологічні спеціалізовані установи та освітні організації.

Створення, реорганізацію та ліквідацію спеціалізованих митних установ і організацій здійснює Держмитслужба. Зокрема, в митній службі України створюються Центральна митна лабораторія, яка є спеціалізованою митною установою, та митні лабораторії, які є структурними підрозділами регіональних митниць, митниць. Положення про лабораторії затверджує Держмитслужба.

Центральна митна лабораторія, митні лабораторії мають право на здійснення експертної діяльності в межах питань, віднесених до компетенції митної служби.

Центральна митна лабораторія здійснює також науково-методичне керівництво митними лабораторіями.

Спеціальним підрозділом митних органів, який здійснює боротьбу з порушенням митних правил, охороняє територію, будівлі, споруди та приміщення митних органів, охороняє і супроводжує товари та транспортні засоби, забезпечує охорону зон митного контролю, є митна варта. Підрозділи митної варти мають право:

1.  розташовувати тимчасові пости, пересуватися будь-якими ділянками місцевості і водного простору в межах митної території України, а в межах контрольованого прикордонного району - за погодженням із відповідними органами охорони державного кордону України;
2.  затримувати та проводити в установленому МК порядку огляд товарів, транспортних засобів громадян, які перетинають митний кордон України в пунктах пропуску;
3.  проводити за рішенням керівника Держмитслужби або його заступника, керівника регіональної митниці (митниці) або його заступника в установленому порядку огляд і переогляд оформлених митними органами транспортних засобів і товарів, у тому числі тих, що переміщуються транзитом через територію України;
4.  супроводжувати і охороняти товари, які перебувають під митним контролем, у тому числі ті, що переміщуються через територію України транзитом;
5.  запрошувати осіб до митних органів для з'ясування обставин порушення митних правил. У невідкладних випадках з'ясування обставин і первинне документування такого порушення можуть здійснювати в інших придатних для цього місцях.