До системи органів державного управління охорони здоров'я входять Кабінет Міністрів України, Міністерство охорони здоров'я України, Рада міністрів АРК, місцеві державні адміністрації (управління охорони здоров'я обласних державних адміністрацій, відділи охорони здоров'я районних державних адміністрацій).

Кабінет Міністрів України забезпечує проведення державної політики у сфері охорони здоров'я, санітарно-епідемічного благополуччя населення, доступність для громадян послуг медичних, фізкультурно- оздоровчих закладів; забезпечує розроблення і здійснення заходів щодо створення матеріально-технічної бази та інших умов, необхідних для розвитку охорони здоров'я; спрямовує і координує роботу міністерств, інших органів виконавчої влади.

Спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади у галузі охорони здоров'я є Міністерство охорони здоров'я України (МОЗ України), компетенція якого визначається Положенням, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України1. До основних завдань МОЗ України належать: забезпечення реалізації державної політики у сфері охорони здоров'я, санітарного та епідемічного благополуччя населення, створення, виробництва, контролю якості та реалізації лікарських засобів і виробів медичного призначення; розроблення, координація та контроль за виконанням державних програм розвитку охорони здоров'я, зокрема профілактики захворювань, надання медичної допомоги, розвитку медичної та мікробіологічної промисловості; організація надання державними та комунальними закладами охорони здоров'я безоплатної медичної допомоги населенню; організація надання медичної допомоги в невідкладних та екстремальних ситуаціях, здійснення в межах своєї компетенції заходів, пов'язаних з подоланням наслідків Чорнобильської катастрофи; розроблення заходів щодо профілактики та зниження захворюваності, інвалідності та смертності населення; організація разом з Національною академією наук, Академією медичних наук наукових досліджень з пріоритетних напрямів розвитку медичної науки.

Для вирішення найважливіших завдань діяльності і розвитку охорони здоров'я у МОЗ України створюється колегія, рішення якої проводяться у життя наказами міністра МОЗ України.

Рада міністрів АРК і місцеві державні адміністрації реалізують державну політику в галузі охорони здоров'я у межах своїх повноважень. Так, місцеві державні адміністрації здійснюють загальне керівництво закладами охорони здоров'я, які перебувають у сфері їх управління, їх матеріально-фінансовим забезпеченням, організовують роботу медичних закладів з надання медичної допомоги населенню, здійснюють заходи щодо попередження інфекційних захворювань, епідемій, епізоотій та їх ліквідації тощо.

Державні функції у галузі охорони здоров'я здійснюють також інші органи, які мають у своєму віданні установи охорони здоров'я. До таких органів, зокрема, належать Міноборони України, МВС України, Служба безпеки України, Мінтранс України. Ці органи визначають структуру управління відомчими установами охорони здоров'я.

Відповідні функції в управлінні охороною здоров'я громадян МОЗ України реалізує шляхом здійснення контролю за якістю та безпекою продуктів харчування, лікарських засобів та виробів медичного призначення. Діяльність МОЗ України у цьому напрямку зводиться до реалізації державної політики у сфері державного контролю за якістю та безпекою окремих видів продуктів харчування (спеціальних харчових добавок, лікарських засобів, лікарської рослинної сировини та лікувальної косметики тощо), забезпечення інтересів держави у цій сфері та міжвідомчої координації із зазначених питань.

Виконання основних принципів державної політики у сфері організації та розвитку виробництва лікарських засобів та забезпечення цією продукцією населення, закладів охорони здоров'я і тваринництва, які реалізовувалися Державним комітетом України з питань медичної та мікробіологічної промисловості, Указом Президента України від 15 грудня 1999 р. покладено на МОЗ України.