Специфіка відправлення правосуддя породжує низку особливостей у взаємовідносинах органів виконавчої влади із судовою системою. Згідно зі ст. 129 Конституції України судді при здійсненні правосуддя незалежні і підкоряються лише закону. Додержуючись цього принципу, органи юстиції та державна судова адміністрація координують роботу з проведення судової реформи та створюють належні умови для функціонування і діяльності судів. При цьому названі органи не мають права втручатися в оперативну діяльність судів, нав'язувати свою думку з приводу законності й обґрунтованості рішень (вироків) суду.

Мін'юст України організовує виконання замовлення на підготовку спеціалістів апарату судів, експертне забезпечення правосуддя, погоджує типовий регламент роботи кваліфікаційної комісії суддів. Міністр юстиції України подає Прем'єр-міністру України пропозиції щодо утворення і ліквідації судів загальної юрисдикції, призначає членів кваліфікаційних комісій суддів та Вищої кваліфікаційної комісії суддів України.

Міністр юстиції України входить за посадою в спеціальний конституційний орган - Вищу раду юстиції. Відповідно до Закону України "Про Вищу раду юстиції"[317] основним призначенням Вищої ради
 

 
юстиції є формування високопрофесійного суддівського корпусу та забезпечення функціонування судової влади. Крім цього, вона є єдиним органом, якому ст. 131 Конституції України надано право здійснювати дисциплінарне провадження стосовно суддів Верховного Суду України і суддів вищих спеціалізованих судів.

Державна судова адміністрація України1 є центральним органом виконавчої влади, основне завдання якого - забезпечення діяльності судів загальної юрисдикції. Державна судова адміністрація України (ДСА) та її територіальне управління здійснюють організаційне та ресурсне забезпечення діяльності судової системи, створюють необхідні умови для підвищення кваліфікації суддів і працівників апаратів судів, організовують роботу з ведення судової статистики, діловодства та архіву, здійснюють заходи щодо забезпечення незалежності суддів, їх соціального захисту тощо.

Для виконання покладених на неї завдань ДСА має досить широкі права: одержувати від голів судів та інших посадових осіб необхідну інформацію з кадрових питань, а також дані про навантаження суддів у судах усіх рівнів; здійснювати контроль за раціональним використанням обладнання та іншого державного майна судами, підпорядкованими органами, іншими органами та установами, щодо яких ДСА здійснює організаційне забезпечення діяльності; одержувати безоплатно в установленому порядку від центральних та місцевих органів виконавчої влади, органів місцевого самоврядування необхідні інформацію, документи, матеріали; скасовувати в межах своєї компетенції акти територіальних управлінь ДСА та ін.

Діяльність ДСА спрямовується і координується Кабінетом Міністрів України. В той же час у деяких питаннях вона підконтрольна органам суддівського самоврядування, зокрема щодо фінансування судів, а Голова ДСА може бути звільнений з посади також за рекомендацією з'їзду суддів України. У своїй діяльності ДСА, як і інші центральні органи виконавчої влади, керується Конституцією України, законами України, іншими нормативно-правовими актами, а також рішеннями з'їзду суддів України та Ради суддів України, що також свідчить про специфіку взаємовідносин названих органів.