У процесі виконання покладених на нього завдань взаємодіє із структурними підрозділами Мінагрополітики, органами виконавчої влади та органами місцевого самоврядування, громадськими організаціями.

Державний насіннєвий контроль здійснюється Українською державною насіннєвою інспекцією Мінагрололітики України, повноваження якої закріплені в Положенні про Українську державну насіннєву інспекцію, затвердженому наказом Мінагрополітики України від 23.03.2004 р. № 97. Вона є органом державного контролю в насінництві. Очолює службу державного насіннєвого контролю України, яка складається з Укрдержнасінінспекції, Державної насіннєвої інспекції Автономної Республіки Крим, обласних, районних, міських, міжрайонних, державних насіннєвих інспекцій. Ця інспекція та її органи на місцях здійснюють державний контроль за діяльністю суб'єктів усіх форм власності й господарювання у сфері насінництва, які займаються виробництвом, заготівлею, обробкою, зберіганням, реалізацією і використанням насіння та садивного матеріалу сільськогосподарських рослин щодо додержання ними методичних і технологічних вимог із забезпечення сортової чистоти, біологічних і урожайних властивостей сорту та посівних якостей насіння і садивного матеріалу, за веденням документації сортових посівів, документації насіннєвого фонду, ділянок гібридизації насіння і садивного матеріалу, за правильним відбором проб на визначення посівних якостей насіння і садивного матеріалу для власних потреб виробника, за оформленням документів про сортові, гібридні та посівні якості насіння і садивного матеріалу, за введенням насіння і садивного матеріалу в оборот.

Закон України від 25.06.1992 р. (нова редакція 1996 р.) "Про ветеринарну медицину" із змінами і доповненнями передбачає здійснення  державного ветеринарного контролю. Органом, який виконує ці функції є Державний комітет ветеринарної медицини, що діє на підставі Положення, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 30.08.2007 р. № 1075. Державний комітет ветеринарної медицини є центральним органом виконавчої влади, діяльності якого спрямовується і координується Кабінетом Міністрів України через Мінагрополітики. Основними напрямами його діяльності є: забезпечення реалізації державної політики в галузі ветеринарної медицини; проведення державного ветеринарно-санітарного контролю та нагляду за безпечністю і якістю харчових продуктів, неїстівних продуктів тваринного походження, а також охорони території України від занесення з території інших держав або з карантинної зони будників інфекційних хвороб тварин; узагальнення практики застосування законодавства з питань, які належать до його компетенції, розробка пропозицій щодо вдосконалення цього законодавства; розроблення й реалізація в установленому порядку комплексу заходів щодо: охорони території України від занесення з території інших держав або з карантинної зони збудників інфекційних хвороб тварин; профілактики, діагностики інфекційних, інвазійних і незаразних захворювань тварин та їх лікування; захисту населення від хвороб, спільних для тварин і людей; здійснення державного ветеринарно-санітарного контролю і нагляду за виробництвом доброякісної у ветеринарно-санітарному відношенні продукції тваринного походження тощо.

Він виконує свої повноваження безпосередньо та через управління ветеринарної медицини Автономної Республіки Крим, обласних і районних держадміністрацій, регіональні служби державного ветеринарно і санітарного контролю на державному кордоні та транспорті, підприємства, установи і організації ветеринарної медицини тощо.

При цьому зауважимо, що наявне нормативно-правове забезпечення розвитку сільськогосподарського виробництва яке носить ситуативний характер, не дало бажаних соціально-економічних результатів. В даній ситуації слід погодитися з висновками вчених юристів, економістів і практиків про доцільність насамперед слід провести моніторинг законодавства пов'язаного із сільськогосподарським виробництвом, щоб установити: адекватність правового забезпечення діяльності організаційних структур, створених у сільському господарстві та агропромисловому комплексі, найбільш виправдані часом, ефективність використання землі і результативність роботи КСП, фермерських господарств, орендних товариств, особистих селянських господарств, інших структур, надходження від них податків, сплата дивідендів, розбудова соціальної інфраструктури на селі тощо.