Окрім МОН, спеціальним уповноваженим органом у сфері інноваційної діяльності є Державне агентство України з питань інвестицій та інновацій здійснює повноваження відповідно до Указу Президента України від 30.12.2005 р. "Про утворення Державного агентства України з інвестицій та інновацій" (далі Держінвестиції України) як центральний орган виконавчої влади зі спеціальним статусом. Відповідно до Положення, яке затверджене цим Указом основним завданням Держінвестицій України є: участь у формуванні та забезпеченні реалізації державної інвестиційної та інноваційної політики; координація роботи центральних органів виконавчої влади у сфері інвестиційної та інноваційної діяльності.

Держінвестицій України відповідно до покладених на нього завдань; подає установленому порядку пропозиції щодо формування державної інвестиційної та інноваційної політики; готує і подає Кабінету Міністрів України пропозиції щодо пріоритетних напрямів інноваційної діяльності, державних інноваційних програм та необхідних обсягів бюджетних коштів для їх кредитування; бере участь у розробленні проектів Державної програми економічного і соціального розвитку України, Державного бюджету України та Програми діяльності Кабінету Міністрів України; вживає заходів щодо залучення інвестицій в економіку України; подає на розгляд Президентові України та Національній раді України з інвестицій та інновацій (надалі Національна рада) аналітичні матеріали та пропозиції з питань, віднесених до його компетенції; здійснює організаційне, інформаційне, правове та інше забезпечення діяльності Національної ради; готує матеріали для проведення засідань Національної ради, проекти її рішень; вносить пропозиції Національній раді щодо персонального складу утворюваних нею експертних рад та робочих груп за напрямами інвестиційної та інноваційної діяльності; організовує відповідно до законодавства проведення експертиз інвестиційних та інноваційних програм і проектів, подає відповідні пропозиції для розгляду Національною радою; здійснює в межах своєї компетенції супроводження та фінансування інвестиційних та інноваційних програм і проектів, координацію роботи, пов'язаної із залученням в установленому порядку інвестицій, кредитів для реалізації програм і проектів, визначених Національною радою; у межах своєї компетенції бере участь у підготовці міжнародних договорів України, готує пропозиції щодо їх укладення, денонсації, укладає міжнародні договори України та забезпечує їх виконання; формує інформаційні бази даних про інвестиційні та інноваційні програми і проекти; готує відповідно до законодавства пропозиції щодо запровадження спеціального режиму інвестиційної та інноваційної діяльності; здійснює державну реєстрацію інноваційних проектів і веде Державний реєстр інноваційних проектів; здійснює в межах своєї компетенції контроль за організацією виконання державних інвестиційних та інноваційних програм; готує і подає Кабінету Міністрів України пропозиції щодо утворення спеціалізованих державних інноваційних фінансово-кредитних установ для фінансової підтримки інноваційних програм і проектів, розробляє статути (положення) про ці установи; затверджує порядок формування і використання коштів підпорядкованих йому спеціалізованих державних інноваційних фінансово-кредитних установ і здійснює контроль за їх діяльністю; бере участь в організації навчання, підвищення кваліфікації та перепідготовки фахівців у сфері інвестиційної та інноваційної діяльності, готує пропозиції щодо вдосконалення системи підготовки та перепідготовки фахівців у цій сфері; в установленому порядку проводить інформаційну, консультаційну роботу, бере участь у підготовці та проведенні конференцій, симпозіумів, семінарів, виставок з питань, що належать до його компетенції; здійснює відповідно до законодавства функції з управління об'єктами державної власності, що перебувають в його управлінні; забезпечує у межах своєї компетенції реалізацію державної політики стосовно державної таємниці, контроль за її збереженням у центральному апараті Держінвестицій України; виконує інші функції, передбачені законодавством.

Держінвестицій України має право: залучати в установленому порядку спеціалістів центральних і місцевих органів виконавчої влади, підприємств, установ та організацій (за погодженням з їх керівниками) для розгляду питань, що належать до його компетенції; одержувати в установленому порядку від органів виконавчої влади, органів місцевого самоврядування, підприємств, установ та організацій інформацію, документи та матеріали, необхідні для виконання покладених на нього завдань; утворювати в разі потреби експертні ради, комісії та групи, скликати наради з питань, що належать до його компетенції.

Держінвестицій України під час виконання покладених на нього завдань взаємодіє з іншими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, об'єднаннями громадян, а також з відповідними органами інших держав та міжнародними організаціями. В межах своїх повноважень, на основі та на виконання актів законодавства видає накази, організовує і контролює їх виконання. Видає разом з іншими органами виконавчої влади спільні акти. Його рішення прийняті в межах його компетенції, є обов'язковими для виконання центральними, місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, підприємствами, і установами, організаціями та громадянами.