Відповідно до ст. 328 ГК держава регулює інноваційну діяльність шляхом: визначення інноваційної діяльності як необхідної складової інвестиційної та структурно-галузевої політики; формування і забезпечення реалізації інноваційних програм та цільових проектів; створення економічних, правових та організаційних умов для забезпечення державного регулювання інноваційної діяльності; створення та сприяння розвиткові інфраструктури інноваційної діяльності.

Держава також здійснює контроль за інноваційною діяльністю суб'єктів господарювання та інших учасників господарських відносин, її відповідністю вимогам законодавства і державним інноваційним програмам. Законом можуть бути передбачені галузі або об'єкти інноваційної діяльності, в яких обмежується чи забороняється використання іноземних інвестицій.

Законом України "Про пріоритетні напрями інноваційної діяльності в Україні" від 16 січня 2003 р. визначені такі стратегічні пріоритетні напрями інноваційної діяльності в Україні на 2003-2013 роки: модернізація електростанцій; нетрадиційні та відновлювані джерела енергії; новітні ресурсозберігаючі технології; машинобудування та приладобудування як основа високотехнологічного оновлення всіх галузей виробництва; розвиток високоякісної металургії; нанотехнології, мікроелектроніка, інформаційні технології, телекомунікації; вдосконалення хімічних технологій, нові матеріали, розвиток біотехнологій; високотехнологічний розвиток сільського господарства і переробної промисловості; транспортні системи; будівництво і реконструкція; охорона здоров'я та охорона навколишнього середовища; розвиток інноваційної культури суспільства.

При цьому, у ст. 7 цього Закону Верховною Радою України проголошено особливим пріоритетом України гармонійний розвиток людського потенціалу, економіки і природного середовища держави.

Середньостроковими розрахованими на найближчі 3-5 роки пріоритетними напрямами інноваційної діяльності загальнодержавного рівня є: виробництво сучасної ракетно-космічної та авіаційної техніки, суден і електровозів нового покоління; системні засоби технологічного проектування, виробництва і логістичної підтримки процесів створення техніки нового покоління; засоби діагностики, агрегати, прилади та комплектуючі техніки нового покоління; диспетчерські системи, системи локалізації у різних середовищах; оптоелектронні системи подвійного призначення; обладнання та матеріали для зварювання і здійснення споріднених процесів, довговічні зварні конструкції; обладнання, матеріали та новітні технології для антикорозійного захисту; обладнання, комплектуючі та новітні технології для складання та виробництва автомобілів; обладнання та спеціальні технології металургійного виробництва; технології переробки вторинної сировини кольорових металів; побутова і комунальна електронна техніка та технологічні процеси виготовлення її елементів; організація виробництва на інноваційній основі телевізорів, холодильників та інших товарів широкого вжитку.

Пріоритетні напрями інноваційного розвитку як визначального фактору прогресу суспільства були предметом парламентських слухань у Верховній Раді 17.06.2009 р. на тему: "Стратегія інноваційного розвитку України на 2010-2020 роки в умовах глобалізацій них викликів", спрямовані на формування принципового бачення інноваційного розвитку держави. За наслідками слухань прийняті відповідні рекомендації. Вони передбачають систематизацію і конкретизацію законодавства, забезпечуючи цим скоординовану діяльність влади, суспільства і підприємства для формування і реалізації державних, регіональних і галузевих програм інноваційного розвитку. Зокрема, запропоновано створити при парламенті Консультативну раду з питань формування та реалізації національної інноваційної системи. Уряду рекомендовано удосконалити структуру державного управління у галузі науково-технічної та інноваційної діяльності, розмежувавши функції центральних органів виконавчої влади, запровадити принципи одноосібної відповідальності та стабільності.

Наголошено на необхідності державної підтримки інноваційної діяльності шляхом надання грантів і фінансових гарантій, прямого інвестування, стимулювання участі комерційних банків в інвестуванні, податкового стимулювання суб'єктів господарювання, які пов'язані з науковими дослідженнями та науково-технічними розробками, тощо. Пропонується розширити автономію вищих навчальних закладів з наукової діяльності, сприяти укрупненню регіональних університетів та освітньо-наукових центрів, забезпечити державну підтримку молоді, яка займається науковою діяльністю.

Здійснює державне управління та забезпечує і реалізацію державної політики у сфері інноваційної діяльності Кабінет Міністрів України. Він зокрема, готує та подає Верховній Раді України пропозиції щодо пріоритетних напрямів інноваційної діяльності як окрему загальнодержавну програму або в рамках Програми діяльності Кабінету Міністрів України, загальнодержавних програм економічного, науково-технічного, соціального, національно-культурного розвитку, охорони довкілля; здійснює заходи щодо реалізації пріоритетних напрямів інноваційної діяльності; сприяє створенню ефективної інфраструктури у сфері інноваційної діяльності; створює спеціалізовані державні інноваційні фінансово-кредитні установи для фінансової підтримки інноваційних програм і проектів, затверджує їх статути чи положення про них, підпорядковує ці установи спеціально уповноваженому цен­тральному органу виконавчої влади у сфері інноваційної діяльності; готує та по­дає Верховній Раді України як складову частину проекту закону про Державний бюджет України на відповідний рік пропозиції щодо обсягів бюджетних коштів для фінансової підтримки виконання інноваційних проектів через спеціалізовані державні інноваційні фінансово-кредитні установи; затверджує положення про порядок державної реєстрації інноваційних проектів і ведення Державного реєстру інноваційних проектів; інформує Верховну Раду України про виконання інноваційних проектів, які кредитувалися за кошти Державного бюджету України, і про повернення до бюджету наданих раніше кредитів).

З метою захисту публічних інтересів відповідно до ст. 330 ГК встановлюється обов'язковість державної експертизи інноваційних проектів з низки питань, обсяг яких залежить від джерел фінансування, ступеня суспільної ваги проекту, особи замовника. Так, інноваційні проекти, що інвестуються за рахунок бюджетних коштів (будь-якого рівня), а також проекти, замовниками яких є органи державної влади чи органи місцевого самоврядування, підлягають обов'язковій державній експертизі у повному обсязі, на відміну від інноваційних проектів, що інвестуються за рахунок інших джерел (обов'язкова державна експертиза таких проектів здійснюється лише з питань додержання екологічних, містобудівних та санітарно-гігієнічних вимог). У разі необхідності експертиза окремих інноваційних проектів, що мають важливе народногосподарське значення, може здійснюватися за рішенням Кабінету Міністрів України.

Відповідно до ст. 12 Закону "Про інноваційну діяльність", інноваційний проект набуває відповідного режиму (в тому числі і право на фінансову підтримку) лише за умови державної реєстрації, яка здійснюється за ініціативою суб'єкта інноваційної діяльності.

Державна реєстрація інноваційних проектів проводиться відповідно до постанови Кабінету Міністрів України від 17.09.2003 р. № 1474 "Про затвердження Порядку державної реєстрації інноваційних проектів і ведення Державного реєстру інноваційних проектів. Таким спеціальним уповноваженням органом виконавчої влади МОН. Згідно з цією постановою суб'єкт інноваційної діяльності, який заявляє інноваційний проект на державну реєстрацію подає до МОН такі документи: заяву про розгляд інноваційного проекту згідно із затвердженою МОН формою; інноваційний проект згідно із затвердженою МОН формою у трьох примірниках, що прошиті і пронумеровані, засвідчені підписом і печаткою; бізнес-план інноваційного проекту на паперовому та електронному носіях; юридичним особам, крім цього копію свідоцтва про державну реєстрацію та установчих документів завірених нотаріально, довідку з державної податкової інспекції за місцем реєстрації про стан розрахунку з Державним бюджетом; фізична особа нотаріально засвідчену копію документа, що посвідчує особу, копію ідентифікаційного коду.

Для кваліфікування інноваційних проектів МОН організує проведення експертизи прийнятих до розгляду інноваційних проектів (виконується за рахунок коштів суб'єктів інноваційної діяльності, які заявляють проекти па державну реєстрацію, відповідно до Закону України "Про наукову і науково-технічну експертизу"). Проекти, визнані за результатами експертизи інноваційними, заносяться МОН України до Державного реєстру інноваційних проектів, інформація про це публікується в офіційному бюлетені МОН України, а суб'єкту інноваційної діяльності видається свідоцтво про державну реєстрацію інноваційного проекту (є чинним протягом трьох років від дати його видачі).

Положення щодо державної експертизи містяться також у ст. 12 Закону "Про державне регулювання діяльності у сфері трансферу технологій", яка: встановлює випадки проведення такої експертизи (проводиться стосовно технологій або технологій і обладнання, що використовується для їх застосування, для яких суб'єктами трансферу технологій передбачається отримання субсидій, визначених законом, а також стосовно технологій або технологій і обладнання, які плануються для використання в Україні за рахунок державних коштів, якщо сума їх закупівлі дорівнює або перевищує розмір суми, визначеної для відповідних процедур закупівель Законом України "Про закупівлю товарів, робіт і послуг за державні кошти"; визначає мету проведення державної експертизи (визначення економічної доцільності та корисності для держави і суспільства впровадження технологій та обладнання з ураху­ванням можливих екологічних і соціально-економічних наслідків від їх застосування); встановлює вимоги до проведення державної експертизи технологій, якою мають бути визначені їх відповідність: загальним вимогам (технічний рівень і новизна технологій та обладнання; орієнтовна ціна технологій та обладнання чи розмір плати за їх використання; конкурентоспроможність технологій та продукції, яка буде виготовлена із застосуванням цих технологій; патентна чистота технологій, їх складових; відповідність технологій нормам техногенної та екологічної безпеки, технічного регулювання, міжнародним і національним стандартам); спеціальним вимогам, що встановлюються щодо обладнання, яке передбачається передати для використання на території України: спрямованість на виробництво нової продукції або на вдосконалення якості існуючої; забезпечення технологічності виробництва продукції, зниження його     витратності, енерго- та матеріаломісткості; забезпечення використання місцевих матеріальних та людських ресурсів; відсутність в Україні таких технологій вітчизняного походження; визначає правові наслідки проведення державної експертизи технологій та їх складових, ї визнання на підставі цього проектів, спрямованих на їх використання, інноваційними: занесення таких проектів до Державного реєстру інноваційних проектів та їх реалізація відповідно до законів України "Про інноваційну діяльність" і "Про пріоритетні напрями інноваційної діяльності в Україні".

З огляду на особливу важливість для держави, її економіки окремих інноваційних проектів їх експертиза може здійснюватися за рішенням Кабінету Міністрів України. Це стосується інноваційних проектів з пріоритетних напрямів інноваційної діяльності науково, економічно і соціально обґрунтованих та законодавчо визначених, спрямованих на забезпечення потреб суспільства у високотехнологічній, конкурентоспроможній, екологічно чистій продукції, високоякісних послугах та збільшення експортного потенціалу держави.