Структура управління в спеціальних підрозділах СБУ, як видно з даної схеми, має певні особливості та відрізняється від структури відповідних підрозділів МВС. Слід зазначити, що по-перше, на відміну від підрозділів МВС, які знаходяться у підпорядкуванні міністерства, Центральне управління СБУ підпорядковане безпосередньо Президенту України, що зумовлене особливим статусом Служби безпеки; по-друге, із самого найменування витікає не тільки завдання боротьби з організованою злочинністю, а й з корупцією, що розширює коло повноважень цих підрозділів; по-третє, відразу можна помітити суто вертикальну організацію її побудови, але слід зазначити, що відповідно до Закону України "Про Службу безпеки України", в інтересах державної безпеки органи і підрозділи СБУ можуть створюватися і на окремих державних стратегічних об'єктах, територіях, на військових формуваннях. Як приклад такого об'єкту можна навести Національний Банк України та його регіональні відділення, в яких відповідно до зазначеного закону посаду одного з заступників Голови НБУ відповідно до штатного розкладу офіціально обіймає співробітник Служби безпеки, який на постійній основі та відповідно до положень посадових інструкцій виконує свої функціональні обов'язки в Національному Банку та отримує заробітну плату з фондів Служби безпеки. Тобто на практиці при вирішенні питань щодо створення відділів СБУ на інших об'єктах визначальними є інтереси державної безпеки Положення про порядок комплектування, матеріально-технічного, військового, фінансового та соціально-побутового забезпечення спеціальних підрозділів Служби безпеки України по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю. Затверджене постановою Верховної Ради України 12 жовтня 1994 р. № 199/94-ВР.

Відділи, відділення або групи по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю у містах (крім Києва і Севастополя) створюються в міру необхідності і підпорядковуються відділам по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю. Створення, і ліквідація відділів, відділень або груп по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю у містах здійснюється за рішенням Голови служби безпеки України за поданням начальника Головного управління по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю, погодженим з Координаційним комітетом по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю при Президенті України.

Начальник Головного управління по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю Центрального управління СБУ призначається на посаду і звільняється з неї Указом Президента України за поданням Голови СБУ, погодженим з Координаційним комітетом по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю при Президенті України і є заступником Голови СБУ. Начальники відділів по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю в Автономній Республіці Крим і в областях призначаються на посаду і звільняються з неї наказом Голови СБУ за поданням начальника Головного управління по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю, погодженим з Координаційним комітетом по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю при Президенті України. Начальник відділу по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю в Автономній Республіці Крим призначається також за погодженням з головою Верховної Ради Автономної Республіки Крим.

Начальники відділів, відділень або груп по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю в містах призначаються на посаду і звільняються з посади наказом начальника Головного управління по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю Центрального управління СБУ за поданням Голови Служби безпеки Автономної Республіки Крим, начальника обласного управління СБУ. Таким чином, підрозділи по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю Служби безпеки України є державними правоохоронними органами спеціального призначення та мають особливий статус, який зумовлений колом завдань, що ними вирішуються. Створення підрозділів СБУ також ґрунтується на функціональному й територіальному критеріях, а основні засади діяльності мають багато спільного з відповідними підрозділами Відомості Верховної Ради, 1992, № 27, ст.382 МВС, адже це зумовлене виконанням спільних завдань боротьби з організованою злочинністю. Проте, спеціальні підрозділи СБУ відповідно до законодавства наділені більш широкими повноваженнями та їх компетенція починається відтоді, як створюється загроза не тільки суспільним, а й загальнодержавним інтересам.

Служба безпеки України, її органи і співробітники при виконанні покладених на них завдань наділені такими повноваженнями:

- вимагати від громадян та посадових осіб припинення правопорушень і дій, що перешкоджають здійсненню повноважень СБУ, перевіряти документи, які посвідчують особу, проводити огляд осіб, їх речей і транспортних засобів, якщо є загроза втечі підозрюваного або знищення речових доказів;

- подавати органам державного управління обов'язкові для розгляду пропозиції з питань національної безпеки;

- одержувати на письмовий запит керівника відповідного органу СБУ від міністерств, відомств, підприємств, установ, організацій, військових частин, громадян дані і відомості, необхідні для забезпечення державної безпеки України;

- входити в порядку, погодженому з адміністрацією установ, організацій, підприємств і командуванням військових частин на їх територію і в службові приміщення;

- мати слідчі ізолятори для утримання взятих під варту і затриманих осіб;

- використовувати з наступним відшкодуванням витрат та збитків транспортні засоби, які належать підприємствам, установам і організаціям, військовим частинам і громадянам (крім транспортних засобів дипломатичних, консульських та інших представництв іноземних держав і організацій, транспортних засобів спеціального призначення), для проїзду до місця події, припинення злочинів, переслідування та затримання осіб, які підозрюються в їх вчиненні, доставки до лікувальних установ осіб, що потребують термінової медичної допомоги;

- виключно при безпосередньому припиненні злочинів, розслідування яких віднесено законодавством до компетенції Служби безпеки України, переслідуванні осіб, що підозрюються у їх вчиненні, заходити в жилі, службові, виробничі та інші приміщення, на території і земельні ділянки та оглядати їх з наступним повідомленням прокурора протягом 24 годин;

- проводити гласні і негласні оперативні заходи у порядку, визначеному Законом України "Про оперативно-розшукову діяльність" (2135-12);

- здійснювати співробітництво з громадянами України та іншими особами, в тому числі на договірних засадах, дотримуючись при цьому умов добровільності і конфіденційності цих відносин;

- користуватися на договірних засадах службовими приміщеннями підприємств, установ, організацій, військових частин, а також жилими та іншими приміщеннями громадян;

- направляти військовослужбовців Служби безпеки України для роботи на штатних посадах в інших установах, підприємствах і організаціях на час виконання конкретних завдань в інтересах розвідки, контррозвідки, боротьби з корупцією та організованою злочинною діяльністю; в окремих випадках у порядку, визначеному колегією Служби безпеки України, допускається направлення на роботу таких військовослужбовців в установи, підприємства і організації за ініціативою їх керівників та ін. Закон України Про службу безпеки України роз. 4 - ст.25

Кадри Служби безпеки України складають: співробітники-військовослужбовці, працівники, які уклали трудовий договір із Службою безпеки Укр. аїни, а також військовослужбовці строкової служби. До органів Служби безпеки України приймаються на конкурсній, добровільній і договірній основі громадяни України, здатні за діловими та моральними якостями, освітнім рівнем і станом здоров'я ефективно виконувати службові обов'язки. Критерії професійної придатності, зокрема юридичної обізнаності, визначаються кваліфікаційно-нормативними документами, які затверджуються головою Служби безпеки України. Закон України Про службу безпеки України роз. 3 - ст.19

Держава забезпечує соціальний і правовий захист військовослужбовців і працівників Служби безпеки України. Військовослужбовці Служби безпеки України користуються політичними, соціально-економічними та особистими правами і свободами, а також пільгами відповідно до Закону України "Про соціальний і правовий захист військовослужбовців та членів їх сімей", Закону “Про Службу безпеки України”, інших актів законодавства.

Отже, діяльність СБУ здійснюється у відповідності з положеннями Законів України "Про службу безпеки України", "Про контррозвідувальну діяльність", "Про розвідувальні органи України". Законодавство України про судову і правоохоронну діяльність. - К.: Юрінком Інтер, 2001. - 350 с.

На цю службу законодавством покладене завдання захисту державного суверенітету, конституційного ладу, територіальної цілісності, економічного, науково-технічного й оборонного потенціалу України, законних інтересів держави і прав громадян від розвідувально-підривної діяльності іноземних спеціальних служб, зазіхань з боку окремих організацій, груп і осіб.

СБУ небезпечна, з політичного погляду, тим що є (була) багатопрофільним інструментом, сфера застосування якого могла бути досить широкою, адже вплив керівників СБУ визначався не лише наявністю технічних інструментів для зняття інформації, а й широкими оперативними можливостями для її реалізації.

До питання реформування СБУ звертався ще попередник Ющенка. Л.Д. Кучмі також не подобались есбеушники і їхні довгі електроні вуха.

Радикальну кадрову чистку та реформу СБУ Ющенко проводив за тією ж політичною системою, що й Леонід Данилович. Кучма також спочатку посадив у крісло "варяга" - Ігоря Смєшка, який перебував у відверто поганих відносинах із низкою великих начальників спецслужби деркачівської епохи, був вихідцем із ворожого світу військової розвідки. Смєшко став "новою мітлою". Потім за підтримки Медведчука, Кучма схвалив від брунькувати від СБУ самостійної Служби зовнішньої розвідки. Це був крок не забезпечений матеріально, ресурсно й організаційно та зовсім не сприяв посиленню розвідувального потенціалу Української держави. Його головним завданням стало послаблення адміністративних повноважень СБУ на передодні виборів із метою ефективнішого контролю за силовим відомством збоку команди президента. Дуже важливим і знаковим моментом було те що СЗР приймала у своє ексклюзивне користування одну із найпотужніших у країні систем електронної розвідки, якій аналогів на теренах нашої держави не існувало. Адміністрація президента отримала ще один вагомий інструмент для вивчення внутрішньо опозиційного середовища. Таким чином Ющенко став наступником політики Кучми стосовно СБУ - політики обмеження сфер компетенції спецслужби та виведення з відома засобів електронної розвідки.

а) Функціональне обрізання

Не лише зосередження у руках голови СБУ великої кількості повноважень постійно відігравало побоювання глави держави та його команди, що спецслужба сама всіх тримає під ковпаком. Негативному сприйняттю сприяє дуже умовна корпоративна етика, військова дисципліна співробітників. Бізнес на оперативних можливостях спецслужби ведуть надто багато людей. Нинішня спецслужба а ж ніяк не є річчю в собі, а кастовість уже не можна порівняти із супержорсткими стандартами КДБ СРСР. У політичному плані спецслужба не може відігравати самостійну роль. Однак президент підтримав дуже радикальний варіант реформи СБУ - із роздробленням спецслужби на низку автономних структур, різким обмеженням сфер її компетенції, а також із перебудовою всієї системи відносин у середині механізму Служби безпеки, що залишився.