Важливе для розроблення проблем теорії судової експертизи значення має докторська дисертація Т.В. Авер'янової на тему "Методи судово-експертних досліджень і тенденції їх розвитку", в якій розкриті концептуальні основи загальної теорії судової експертизи і визначено місце вчення про методи експертного дослідження в структурі цієї загальної теорії, докладно викладені питання, що розкривають поняття, класифікацію методів експертного дослідження, експертні методики, їх поняття та види, досліджені питання впливу на методи судової експертизи суміжних наук. Окрему увагу приділено правовим, організаційним і методичним проблемам судової експертизи, зокрема, організаційним проблемам впровадження методів експертного дослідження [2]. У 2003 році казахським науковцем К.Н. Шакіровим була захищена докторська дисертація "Судова експертиза: проблеми теорії та практики". До структури загальної теорії судової експертизи він включив такі блоки: введення в теорію й методологію судової експертизи; наукові основи судової експертизи як практичної діяльності; організаційні й методичні основи судової експертизи; основи правового регулювання судової експертизи; окремі теорії судової експертизи. В ній розглядаються проблемні питання застосування інституту спеціальних знань в судочинстві, що передує безпосередньому розгляду питань теорії і практики судової експертизи, предмет судової експертизи як практичної діяльності, її об'єкт, а також судова експертиза як окрема галузь наукових знань та її методологічний зміст, зокрема, поняття, предмет, завдання і система загальної теорії судової експертизи, методологічні підходи до оптимізації розв'язання її завдань, процесуальні аспекти застосування комп'ютерних технологій в практиці проведення судової експертизи [163]. Тобто проблеми правового регулювання судової експертизи в різних видах судочинства він також відносить до теорії судової експертизи.

В докторській дисертації Ф.М. Джавадова на тему "Концептуальні основи розвитку судової експертизи в сучасних умовах" визначено передумови та витоки формування загальної теорії судової експертизи, виявлено взаємозв'язки між формуванням професійної специфічної судово-експертної діяльності та необхідністю її наукового забезпечення, висвітлено процеси формування загальної теорії судової експертизи, специфіку й тенденції, визначено основні підходи до сучасного розуміння загальної теорії судової експертизи [43].

Зростання ролі спеціальних знань в судочинстві, розвиток теорії і практики судової експертизи зумовлюють необхідність деякого переосмислення концепції загальної теорії судової експертизи як міждисциплінарної теорії і піднімає її до рівня повноцінної науки. Об'єктивні передумови формування нової міждисциплінарної теорії судової експертизи і визнання її більшістю криміналістів (оскільки розробляли її саме криміналісти), склалися ще наприкінці ХХ століття. Такими передумовами можна вважати: глибокі соціально-економічні перетворення, розвиток цивільного, адміністративного судочинства суттєво збільшили потреби у використанні спеціальних знань, основною формою використання яких у всіх видах судочинства є судова експертиза; накопичення значного емпіричного матеріалу в окремих родах (видах) експертиз, і на цій основі створення низки окремих теорій цих експертиз, розробка й систематизація методів і методик експертного дослідження; розробка методологічних, правових й організаційних основ для різноманітних родів судових експертиз, виокремлення того загального, що повинно бути притаманно будь-якому роду експертизи; значна кількість теоретичних та прикладних наукових праць із загальних та окремих проблем судової експертизи й судово-експертної діяльності; існування розвинутої системи державних судово-експертних установ, які координували свою практичну і наукову діяльність, поява недержавних експертних установ [149]. О.Р. Росинська видала ґрунтовну працю "Судова експертиза в цивільному, арбітражному, адміністративному й кримінальному процесі", в якій розглянула теоретичні й організаційні основи судової експертизи, приділивши серйозну увагу питанням оцінки й використання результатів експертиз в судочинстві [147].

На міждисциплінарний характер теорії судової експертизи Т.В. Авер`янова вказує і у своїй фундаментальній праці "Судова експертиза: Курс загальної теорії". Вона зазначає, що вчення про судову експертизу як різновид практичної діяльності містить в собі загальну характеристику експертної діяльності, її напрямів, в тому числі й профілактичного, та визначає її роль у судочинстві як основної форми використання спеціальних знань, розкриває відмінності експертного дослідження від дослідження наукового, показує роль світоглядних та праксеологічних принципів експертної діяльності. Вона пропонує визначення поняття загальної теорії судової експертизи як системи світоглядних та праксеологічних принципів, як самої теорії, так й її об'єкта - експертної діяльності, окремих теоретичних побудов в цій галузі наукового знання, методів розвитку теорії і здійснення експертних досліджень, процесів і відносин, тобто комплексне наукове відображення судово-експертної діяльності [3, с. 43].

Безсумнівну цінність, науково-пізнавальну й практичну значущість має праця "Експертизи у судовій практиці", котра підготовлена колективом відомих вітчизняних науковців і вийшла за загальною редакцією професора В.Г. Гончаренка. В цьому виданні наведено коментований текст Закону України "Про судову експертизу", аналізуються основні види експертиз, що застосовуються у слідчій та судовій практиці, з урахуванням наукових даних, технічних рішень та досліджень криміналістичної практики, розглядається порядок проведення судово-медичних, судово-біологічних, товарознавчих, технічних та інших видів експертиз, їх призначення та здатність спрямовувати експертні висновки на пошук відповідних доказів у судових справах. В цій праці також наводяться дані щодо можливостей призначення й проведення деяких унікальних експертиз [47].

В 2007 р. виданий друком підготовлений на основі аналізу норм чинного законодавства України, що регулюють процесуальні основи призначення і проведення судових експертиз, а також аналізу норм зарубіжного законодавства, що регулює цю сферу державної діяльності, курс лекцій Н.І. Клименко "Судова експертологія" в якому викладено 15 лекцій з концептуальних основ судової експертології, зокрема, проблеми становлення науки, її загальна теорія, правові, методологічні і науково-методичні основи. Сама авторка назвала своє дослідження проблемним, оскільки в ньому особливу увагу приділено спірним, невирішеним або малодослідженим питанням [60].

Звертаючи увагу на те, що теорія судової експертизи є загальною і незалежною від видів судочинства, М.Я. Сегай зауважував, що судова експертологія не може обходити осторонь розробку наукових засад організаційно-управлінського аспекту, які б забезпечували найбільш ефективне функціонування державних судово-експертних установ як важливої складової судоустрою та судочинства [154, с.9-10]. Судова експертологія вже обслуговує не тільки право, адже судово-експертна діяльність активно поширюється не лише на сфери управління господарського чи адміністративного судочинства, а й на інші галузі суспільної діяльності, які потребують традиційної експертної оцінки для прийняття важливих рішень у галузі права, управління, економіки тощо [59, с. 12].

Чи не вперше у вітчизняній літературі питання можливостей судової експертизи не лише в кримінальному судочинстві, а й в інших видах судочинства докладно висвітлені в науково-практичному посібнику "Експертизи у судочинстві України", за загальною редакцією В.Г. Гончаренка, І.В. Гори. В цій праці коротко викладаються необхідні теоретичні передумови і процесуальні основи організації, проведення, оцінки і використання результатів судових експертиз у кримінальному, адміністративному, цивільному, господарському провадженні, а потім, за предметною ознакою класифікації судових експертиз [49].

Водночас аналіз дисертацій, монографій, навчальних та практичних посібників, наукових статей вказує на різноманітність питань, що досліджувалися науковцями, а також і на ту обставину, що значна кількість проблемних питань теорії судової експертизи торкалися здебільшого проблем судової експертизи у кримінальному судочинстві. У 2016 році у м. Харків М.Г. Щербаковським була захищена докторська дисертація "Теоретико-методологічні та праксеологічні засади судових експертиз у кримінальному процесі", в якій автором розкриваються наукові основи судових експертиз, процесуальні, тактичні та пракселогічні основи проведення судових експертиз у кримінальному процесі [170]. Щоправда, мали місце й інші за спрямованістю дослідження, які були здійснені в нашій країні. Так, наприклад, Є.В. Кригін дослідив питання криміналістичної експертизи в адміністративному процесі [71], Г.К. Прокопанич дослідила питання використання спеціальних знань в господарському судочинстві України [132].

Експертизу в різних галузях судочинства відрізняють лише процедури підготовки й призначення судової експертизи, що традиційно властиві кожному з його видів, а також відмінності у правах учасників експертизи, що зумовлено специфікою діяльності суб'єктів різних видів правовідносин. Саме ці особливості, деякі відмінності в регламентації порядку призначення й проведення експертизи та використання її результатів і зумовлюють неможливість використання висновку експерта, що отриманий в одному процесі, наприклад, у цивільному, для використання як джерела доказів в іншому, наприклад, у кримінальному, і навпаки [131, с.12].

Необхідність використання спеціальних знань з метою встановлення різноманітних обставин, які підлягають дослідженню в суді, вимагає правової регламентації цього процесу, що призвело до виникнення в правовій сфері діяльності правового інституту судових експертиз. Питаннями дослідження проблем судової експертизи в провадженнях про адміністративні правопорушення займалися вітчизняні та зарубіжні вчені та ін. Праці Б. Габричидзе, Є. Додіна, Е. Сімакової-Ефремян, М. Костицького, В. Драганова, Ю. Кузякіна, Л. Романенка, Ю. Лози, Г. Карпенка, В. Шкарупи та інших науковців здебільшого були присвячені розгляду судової експертизи як правового інституту адміністративного процесу, висновкам судових експертиз як засобам доказування. Так, питанням інституту судової експертизи в адміністративному процесі були присвячені дисертації вітчизняних науковців, зокрема Л.М. Романенко "Експертиза в адміністративному процесі" [143], Ю.Я. Лози "Експертиза в адміністративному судочинстві" [80], а також зарубіжних науковців, зокрема докторська дисертація Ю.П. Кузякіна "Концептуальні основи використання спеціальних знань в провадженнях по справам про адміністративні правопорушення" [77], кандидатська дисертація І.О. Шипілової "Інженерно-технічна експертиза як засіб доказування за справами про адміністративні правопорушення" [166]. Окремі аспекти інституту судової експертизи в адміністративному процесі розглядалися в дисертації Б.Г. Гапріндашвілі "Докази в адміністративному процесі" [32]. Проблеми інституту судової експертизи в адміністративному процесі розглядалися в окремих статтях О.Ю. Янчук "Судова експертиза в адміністративному судочинстві" [174], В.С. Князєва "Сутність та ознаки експертизи в адміністративному судочинстві" [62; 63], О.В. Когут "Правовий статус експерта в адміністративному процесі" [64]. Т.С. Волчецька підкреслює, що саме на стику криміналістики і адміністративної юстиції необхідно розробляти питання тактики реалізації правовідносин, пов'язаних із процедурою використання спеціальних знань при розгляді справ про адміністративні правопорушення. Вже сьогодні експертизи проводять за багатьма категоріями справ про адміністративні правопорушення [28,с.42; 27, с.132.].