У спеціальних митних зонах допускається здійснення виробничих та інших комерційних операцій з товарами за умови додержання положень цього Кодексу. Перелік видів товарів та операцій, що з ними здійснюються, визначається у законі про конкретну спеціальну митну зону.

З метою забезпечення виконання законів та з урахуванням характеру товарів можуть запроваджуватися окремі заборони та обмеження щодо здійснення операцій з товарами у спеціальних митних зонах. Такі заборони та обмеження стосовно спеціальних митних зон встановлюються законами.

Кабінет Міністрів України може обмежувати або забороняти ввезення окремих товарів у спеціальні митні зони.

Оскільки метою створення спеціальних (вільних) економічних зон є залучення іноземних інвестицій та сприяння їм, активізація спільно з іноземними інвесторами підприємницької діяльності для нарощування експорту товарів і послуг, поставок на внутрішній ринок високоякісної продукції та послуг, залучення і впровадження нових технологій, ринкових методів господарювання, розвитку інфраструктури ринку, поліпшення використання природних і трудових ресурсів, прискорення соціально-економічного розвитку України - у спеціальних митних зонах допускається здійснення виробничих та інших комерційних операцій з товарами за умови додержання вимог МК та законодавства України.

У спеціальних митних зонах на території СЕЗ створюються сприятливі митні умови та режим митного оподаткування: пільгові режим та рівень оподаткування, специфічні валютно-фінансові умови, банківсько-кредитна система, система кредитування і страхування, умови окремих видів платежів та система державного інвестування.

На території спеціальної митної зони мають право функціонувати будь-які суб'єкти економічної діяльності згідно із законодавством України та законом про створення цієї зони. Суб'єкти економічної діяльності мають право самостійно обирати види, форми і методи своєї діяльності на території спеціальної митної зони, якщо не суперечать Закону України "Про загальні засади створення та функціонування спеціальних (вільних) економічних зон", закону про створення цієї зони та законодавству України. На території спеціальної митної зони також не дозволяється діяльність, що суперечить міжнародним угодам, учасником яких є Україна.

За загальним правилом, у спеціальних митних зонах на території спеціальних (вільних) економічних зон можуть провадитися всі види підприємницької діяльності, за винятком заборонених законами України. Отже, у вільній митній зоні допускається здійснення виробничих та інших операцій з товаром, за винятком роздрібної торгівлі. Також можуть встановлюватися для кожної окремої зони інші обмеження. Так, наприклад, згідно з Законом України "Про спеціальну економічну зону "Миколаїв" спеціальний правовий режим підприємницької діяльності, встановлений у СЕЗ "Миколаїв", поширюється на суб'єктів СЕЗ "Миколаїв" виключно при здійсненні ними підприємницької діяльності в період реалізації інвестиційних проектів.