Особи, які здійснюють операції з товарами у спеціальних митних зонах, ведуть облік товарів, що ввозяться, вивозяться, зберігаються, виробляються, переробляються, закуповуються та реалізуються, і подають митним органам звітність про такі операції у порядку, що встановлюється спеціально уповноваженим центральним органом виконавчої влади в галузі митної справи. Будь-які зміни, що відбуваються з товарами в межах спеціальних митних зон, мають відображатися в облікових документах.

Оскільки митні органи мають право організовувати і здійснювати облік та митний контроль товарів і транспортних засобів на всій митній території України, то, відповідно, вони мають право здійснювати такий контроль за переміщенням товарів і транспортних засобів через території спеціальної митної зони, хоча остання вважається такою, що знаходиться поза межами митної території України, окрім випадків, передбачених законами України. Ці заходи митні органи здійснюють, перш за все, на виконання пункту 6 ст. 11, а також відповідно до положень статті 55 і статей 5 та 6 МК, що визначають поняття митної території та митного кордону України.

Особи, які здійснюють операції з товарами у спеціальних митних зонах, звітують перед митними органами про здійснення ними операцій у спеціальних митних зонах. Порядок проведення обліку та контролю визначається Держмитслужбою України.

Щодо кожної із спеціальних митних зон існуючі нормативно-правові акти, що регулюють їх створення та існування на території України, певним чином конкретизують положення коментованої статті.