Товари можуть перебувати у спеціальних митних зонах протягом усього часу функціонування таких зон.

Товари, що були ввезенні на територію СЕЗ, можуть перебувати у спеціальних митних зонах протягом усього часу функціонування таких зон - з моменту запровадження СМЗ на території СЕЗ та до моменту його припинення.

СМЗ на території СЕЗ запроваджується з дня затвердження Держмитслужбою України акта про прийняття-передання в експлуатацію об'єктів інфраструктури.

До видання Держмитслужбою наказу від 25.06.2005 р. №588 прийняття об'єктів митної інфраструктури на територіях спеціальних (вільних) економічних зон, на яких запроваджується режим спеціальної митної зони, здійснювалося із дотриманням вимог наказу Державної митної служби України від 19.10.2000 р. №579 "Про затвердження Порядку прийняття Держмитслужбою об'єктів митної інфраструктури на територіях спеціальних (вільних) економічних зон, на яких запроваджується режим спеціальної митної зони (спеціальний митний режим)", про що вказувалося у кожному наказі Держмитслужби щодо кожної окремої СЕЗ.

За теперішнього часу повноваження щодо затвердження акта про прийняття в експлуатацію об'єктів митної інфраструктури, розташованих на території СЕЗ або розташованих на підприємствах, що входять до складу території СЕЗ, надаються начальнику окремої регіональної митниці наказом Державної митної служби щодо кожної окремої спеціальної економічної зони.

Відповідно до положень ст. 10 Закону про СЕЗ повноваженнями щодо укладення з органом господарського розвитку спеціальної (вільної) економічної зони генеральної угоди про передачу в її користування об'єктів інфраструктури, розташованих на цій території, а також земельних ділянок та природних ресурсів наділені місцеві Ради народних депутатів та місцеві державні адміністрації.

Відповідно до положень ст. 2 Закону про СЕЗ, строк, на який створюється спеціальна (вільна) економічна зона, визначається Верховною Радою України шляхом прийняття окремого закону для кожної спеціальної (вільної) економічної зони.

Припинення режиму СМЗ настає одночасно з ліквідацією СЕЗ. Згідно зі статтею 24 Закону про СЕЗ, спеціальна (вільна) економічна зона вважається ліквідованою з моменту закінчення строку, на який її було створено, якщо його не буде продовжено Верховною Радою України.

Спеціальна (вільна) економічна зона може бути ліквідована Верховною Радою України до закінчення строку, на який її було створено, за поданням Президента України або Кабінету Міністрів України.

Спеціальна (вільна) економічна зона вважається ліквідованою з моменту прийняття відповідного закону про її ліквідацію.