Найважчий удар був нанесений по інтелігенції, особливо політичній еліті, яку незабаром після вступу Червоної Армії почали арештовувати. Вночі, без розголосу, за заздалегідь складеними списками, були заарештовані лідери-функціонери, багато рядових членів всіх політичних партій, навіть КПЗУ і польської компартії. їх відправили до сумнозвісних таборів для польських офіцерів, і там у квітні-травні 1940 р. були розстріляні десятки тисяч людей. Ці та інші спроби засобами фізичного винищення та ідеологічного впливу, які мали перетворити населення на слухняне знаряддя нової влади, викликали опір, передусім у молодіжному середовищі. У вузах та технікумах розповсюджувалися антирадянські листівки. Активізувалася підпільна мережа організацій ОУН, розгорталась її терористична діяльність. Однак і в ОУН становище було складним. Після вбивства Є.Коновальця і початку Другої світової війни в ній загострилися суперечності. Наступником Коновальця діячі закордонного проводу та ветерани ОУН вважали А. Мельника. Радикальна молодь, яка брала безпосередню участь в боротьбі з поляками та з радянською владою, вважала, що в умовах війни, яка наближалася, більше підходить діяльний і вольовий Степан Бандера, нещодавно звільнений з польської в?язниці. Між двома цими групами і їхніми керівниками розгорілася боротьба. Мельника засуджували за те, що він надто покладався на підтримку чужоземних держав і особливо Німеччини та нехтував зв?язками з власним народом. Бандера вважав за необхідне мати тісні зв?язки не лише з німцями, а й із західними державами (недооцінюючи того, що вони вороже ставилися до ідей інтегрального націоналізму, його тоталітаристських позицій).
   У серпні 1939 р. фракція Мельника скликала у Римі конференцію, хоча значна частина активістів ОУН, прибічників Степана Бандери, знаходилася у в?язниці і її представництво було далеко неповним. Конференція проголосила А. Мельника вождем ОУН. А 10 лютого 1940 р. Бандера зібрав конференцію в Кракові, у якій закордонний провід не брав участі. Рішення Римського форуму було відкинуто, і вождем ОУН проголосили Степана Бандеру. Кожне угруповання оголосило себе єдиним законним проводом ОУН. Шукати компромісу ніхто і не намагався. З того часу ті, хто став на бік Бандери, називалися ОУН(б) чи ОУН-Р (революційна), часто — бандерівцями; прибічники Мельника — ОУН(М) або мельниківцями. Історики по-різному оцінюють цей розкол. Але всі сходяться на тому, що він завдав великої шкоди національно-визвольній боротьбі в Західній Україні. Однак переважно замовчується, що це був прояв традиційної «хвороби» українських рухів, керівники яких хворіють на вождізм, не вміють і не хочуть відкидати свої амбіції заради інтересів народу.
   Твердо протистояла радянському тоталітарному режиму українська церква, особливо греко-католицька. її керівник митрополит А. Шептицький протестував у листах до партійно-державних вождів проти порушення свободи совісті на західноукраїнських землях, ліквідації монастирів, непосильних податків на церкву і духовенство. Радянські органи не наважилися здійснити репресії проти нього, зважаючи на його авторитет серед населення. І все ж припинити репресії та насильства сталінської системи розрізнені виступи противників режиму не змогли.
   Рятуючись від сталінських репресій, чимало мешканців Західної України намагалися втекти в окуповану німцями Польщу (Генеральну губернію). Туди перебралося майже 20 тис. українських політичних біженців. В генерал-губернаторстві з дозволу німецької влади існував Український центральний комітет (УЦК), очолюваний В. Кубійовичем. Він був єдиною українською суспільно-громадською установою, яку визнала німецька влада, заборонивши їй, однак, вести політичну діяльність. Завданням Комітету була допомога дітям, хворим, інвалідам, біженцям, а також просвітницька робота. УЦК допоміг відкрити на окупованій німцями частині Львівщини і Підляшшя українські школи, освітні товариства, кооперативи, церкви. Таким чином, акції двох тоталітарних режимів — гітлерівського і сталінського, які на короткий час зблизились, привели до возз?єднання з УРСР Західної України, Буковини, Хотинського, Аккерманського та Ізмаїльського повітів Бессарабії. При цьому інтереси українського народу були використані для здійснення політичних планів їхніх керівників. Попри все, входження українських земель до складу УРСР було актом історичної справедливості, важливим досягненням українського народу в його боротьбі за свою соборність. Була використана унікальна можливість безкровним шляхом розв?язати давно назрілу проблему національного значення. Слід відзначити, що в цій справі Україна отримала підтримку інших народів СРСР. Спроби керівної верхівки перетворити ці області на типову радянську провінцію, впровадити там сталінський соціалізм призвели до глибоких соціально-економічних деформацій та масових репресій. В результаті значна частина населення західноукраїнських земель стала на антирадянські позиції, що особливо боляче відбилося на долі солдатів і офіцерів Червоної Армії в перші дні нападу фашистської Німеччини на СРСР.