Традиційно в ті часи випускники шкіл мандрували по містах і селах, розносили знання, гасла боротьби проти католицько-польського наступу, розворушували, будили громадянство. Це була своєрідна ідеологічна підготовка українського народу до боротьби проти наступу польського шляхетства, майбутніх козацьких і селянських повстань. Своєю діяльністю братства сприяли релігійному відродженню.
   Поряд з цим у їхній діяльності були й деякі недоліки. Керівництво світських діячів релігійними справами часто виливалося у некомпетентне втручання в життя церкви, порушувало церковний порядок. Братства почали усувати священиків без достатніх обґрунтувань, самі вирішували складні церковні питання, що вимагали серйозних знань і навіть тлумачили святе письмо, не маючи достатньої теологічної підготовки. Точилися безнастанні суперечки братств з єпископами, що паралізувало в деяких регіонах і містах церковне життя. Це стало однією з причин, що зародила у частини духовних ієрархів ідею церковної унії — об?єднання суворо дисциплінованої католицької та православної релігій.
   Однак найголовнішою причиною прагнення православних ієрархів до унії було егоїстичне бажання верхівки православної церкви зрівнятися з католицькими «князями церкви», засідати поруч з ними в сеймі, залежати лише від Папи Римського. їх дратувало і керівництво східних патріархів, які підтримували братства, надто втручалися у внутрішнє життя православних єпископів, висилали суперечливі вказівки та вимагали значної матеріальної підтримки.
   Польський король і Папа Римський були зацікавлені у проведенні унії, тому що таким чином вони духовно підкоряли український народ, значно збільшували свої володіння і доходи. Однак для українського селянства, міщанства, частини середньої і дрібної шляхти збереження релігії батьків було символом збереження своєї незалежності. Католицька ж церква була для них знаряддям іноземного поневолення.
   Розгром зусиллями влади і єзуїтів церковної реформації зміцнив католицьку церкву на початку 90-х років XVI ст., і це сприяло проведенню унії. І в здійсненні цієї ідеї активну роль відігравали єзуїти, вони ж були і в авангарді цього руху.
   Слід зазначити, що розкол християнства, який стався в 1054 p., викликав невдоволення у частини віруючих. У зв?язку з цим ідея церковної унії неодноразово висловлювалася в XIV-XV ст. Для багатьох здавалося справедливим відновити єдність церкви Ісуса Христа. Однак польський король і Папа Римський вели не до об?єднання, а до приєднання і підкорення православ?я. Унію підтримувала значна частина єпископів України — львівський, луцький, володимирський, холмський і туровський, а також митрополит Київський Михайло Рогоза.
   У 1591 р. єпископи виробили умови об?єднання церков і висловили готовність до цього.
   У жовтні 1596 р. польський король Сигізмунд ІІ! і Михайло Рогоза за дорученням папи Климента VIII скликали у Бресті (Бересті) церковний собор для офіційного проголошення унії.
   Однак собор розколовся на два окремих собори — уніатський і православний. 18 жовтня 1596 р. єпископи-відступники підписали акт про унію, не погодивши цього зі східними патріархами, яким вони підпорядковувалися, і не отримавши від них повноважень на це. Цим актом в Україні і Білорусії замість православної церкви утворилася уніатська (греко-католицька), підпорядкована Папі Римському. Визнавалися основні догмати католицизму, але обряди залишалися православними.
   Уніатське духівництво нарівні з католицьким звільнялося від податків, українська шляхта отримала право обіймати посади в адміністративному апараті, а уніати-міщани зрівнювалися у правах з католицьким міщанством. Уніатським єпископам були обіцяні місця в сенаті.
   Православний собор відкинув унію і оголосив ієрархів-відступників позбавленими влади, наклавши на них прокляття. Польський король Сигізмунд, незважаючи на протести православного собору, визнав уніатську церкву обов?язковою і поставив православну церкву поза законом. Він насаджував унію шляхом насильства. Фактично відбувався процес розгрому православ?я, віри мільйонів українців, однієї із найбільш блискучих і глибоких релігій світу.
   Незважаючи на погрози уряду, православні виступили на захист своєї віри. Ареною боротьби став сейм. Однак дебати з цього питання на кількох сеймах не дали результатів. Лише несприятлива зовнішньополітична ситуація для Речі Посполитої на початку XVII ст. змусила її уряд піти на поступки православним, і постановами сейму в 1607 р. їх переслідування були припинені. За «грецькою» вірою залишалися її давні права, а духовенству, що не приймало унії, проголошувалася амністія.
   Однак католицька реакція продовжувала переслідування, викликавши бурхливі повстання в Луцьку у 1620 р., в місті Острогу 1638 р. та ін. Важливу роль у боротьбі проти унії відігравали братства, які широко розгорнули культурно-освітню діяльність, відкривали друкарні, школи, друкували книги, матеріально підтримували церкви і монастирі.
   Велике значення у поглибленні національної самосвідомості та стійкості мала полемічна література, була спрямована на захист православ’я, тавруючи паразитизм магнатства і багатої шляхти.
   У кінці XVI — на початку XVII ст. у релігійну боротьбу вступає нова суспільна сила — козацтво, що поступово стає опорою православної церкви і широких має українського народу. Спочатку козаки, як і українська шляхта, пишуть протести проти намагання уніатів захопити майно православної церкви. Але це мало допомагало, і вони переходять до оборони своєї церкви силою зброї. Зокрема, коли емісари уніатського митрополита захоплюють у Києві багаті київські монастирі, козаки захищають їх зі зброєю в руках. Це зупинило уніатсько-католицьку експансію у Києві, в той час як у Львові уніати насаджають свою владу. Тому в 20-х роках XVI! ст. центр українського релігійно-культурного життя переміщується знову до Києва, сюди переїжджають деякі видатні культурні діячі з Галичини і займають важливі церковні посади.
   У кінці XVI ст. —- на початку XVII ст., коли майже всі православні єпископи і митрополит Рогоза перейшли в уніатство, православна церква залишилася без керівництва (єпархії), що загрожувало повною її дезорганізацією. Тоді гетьман П. Сагайдачний, скориставшись приїздом східного патріарха Теофана, таємно організовує висвячення нового митрополита —- Іова Борецького і п?яти єпископів, чим зміцнив становище православної церкви, по суті, врятувавши її від розвалу. Митрополит Іов Борецький виїздить до козаків, виступає перед ними з проповіддю і приймає від них клятву захищати свою віру «аж до горла».
   Напередодні і на початку війни Туреччини проти Польщі у 1621 р. козацтво дає згоду захищати Польщу, але вимагає від польського уряду поліпшити становище православних. У Варшаву прибуває козацька делегація, до складу якої входив П. Сагайдачний. Король дав згоду затвердити нове керівництво православної церкви, обіцяв «заспокоїти» релігійні справи. Однак він не виконав своїх обіцянок, хоча козацтво на чолі з гетьманом Сагайдачним ціною великих жертв врятувало Польщу від турецького розгрому.
   У 20-х роках XVII ст. між козацтвом і польським урядом велися переговори про поліпшення становища православної церкви, однак вагомих  результатів вони не мали. Українське населення залишалося розділеним на православних і уніатів, що ворогували між собою. Від цього користь отримували лише поляки. Слід відзначити, що українська уніатська церква після Берестейської (Брестської) опинилася у трагічному становищі: православні ненавиділи уніатів за зраду, а католицька (польська) церква не вважала їх за повноцінних громадян, бо головним для них було питання національного походження. Однак з часом все змінилося. Уніатська церква перетворилася в борця проти полонізації, за національні права і свободи українського народу.
   У 1633 р. королем Польщі став Владислав IV, який з метою використання козаків у війнах в інтересах Польщі був схильний до компромісів, примирення з православною релігією. Митрополитом православної церкви обирається Петро Могила, син молдавського господаря, людина з європейською освітою, який у 1633 р. займав посаду архімандрита Києво-Печерського монастиря. Він був відданий православній церкві і використовував навіть свої особисті матеріальні засоби на її користь. Новий митрополит зосередив у руках митрополії великі земельні багатства і на цій базі розгорнув широку релігійно-просвітницьку діяльність, здійснивши ряд реформ. Перш за все він зосередив свої зусилля на зміцненні дисципліни серед духовенства, ввів духовний суд-консисторію, яка розглядала незаконні вчинки священиків.
   Були оновлені київські святині, зокрема реставровано храм св. Софії, Михайлівський монастир, церкви Трьохсвятительську, Спаса та ін.
   Особливе значення мала його організаторська діяльність в освітній галузі. Братська школа була перетворена на колегію по типу європейської школи з викладанням латинською і грецькою мовами. Вона дістала пізніше назву академії. її філії були створені у Вінниці, на Поділлі і Кременці на Волині. Це забезпечувало священикам, яких в основному готували колегії, ґрунтовну освіту. Було видано кілька підручників, богословських творів, серед яких і Катехізис, який використовується і понині у всіх православних церквах світу.
   Петро Могила упорядкував теологічно-догматичні та обрядові справи, написав і надрукував низку праць, у яких дав теоретичні відповіді на критику православ?я католицькими теоретиками. У 1646 р. він видав виправлений требник, у якому описав православні обряди і дав рекомендації з їх проведення. Тим самим були усунені неясності, вагання, а в церковну організацію введено єдиний порядок і систему. У зв?язку з тим, що православна церква охоплювала своїм впливом всю Україну, уніфікація релігійного життя зміцнювала національну єдність українського народу.
   Петро Могила ліквідував анархію, спричинену в церковному житті втручанням братств та суперечками зі священиками. Він не вів відкритої боротьби з братствами, але нейтралізував їх тим, що виховав освічене духовенство, яке взяло керівництво церквою у свої руки. Однак частина істориків (І. Крип’якевич та ін.) вважають, що його реформи проходили без урахування українських культурних традицій, лише на західних зразках. Церква була відірвана від українського народу, від його суспільно-політичного життя.