Особиста доля Петра Дорошенка після присяги царю склалася своєрідно. Спочатку він оселився на Чернігівщині, але царський уряд з часом переселив його у Москву. Там з ним обійшлися на диво ласкаво: подарували село і незабаром призначили воєводою у В?ятку. Закінчивши службу, він повернувся у дароване село Яропольче Волоколамського повіту під Москвою, де й помер 9 листопада 1698 р.
   Однак з падінням Петрао Дорошенка боротьба за спустошене і зруйноване Правобережжя не припинилася. Туреччина настирливо намагалася захопити і приєднати його. Турецький уряд проголошує «князем малоросійської України» сина Богдана Хмельницького, що перебував у Стамбулі. Юрій Хмельницький зробив своєю столицею місто Немирів і звідти, спираючись в основному на турецькі війська, почав розсилати універсали, вимагаючи визнати його владу. У 1677 р. турецький султан кинув в наступ на Україну 120-тисячне військо, щоб захопити столицю Правобережжя Чигирин. Але Чигирин був добре укріплений і підготовлений до оборони. Агресорам протистояло 32-тисячне російське військо і 20-тисячна українська армія Самойловича. При підтримці населення вони витримали тритижневу осаду, завдали агресорам великих втрат і змусили їх відступити. Так невдало закінчився перший похід турецької армії. Самойлович, таким чином, підтвердив свою готовність об?єднати українські землі і захищати Українську державу.
   Однак Турецька імперія не вгамувалася і почала збирати сили для нового походу на Чигирин. У липні 1678 р. значно більше турецько-татарське військо (200 тис. чол.) знову обложило Чигирин. Місто піддавалося безперервному бомбардуванню з важких гармат, а також штурмам з використанням мін для висадження в повітря фортечних мурів. Головний тягар оборони міста випав на українське військо. Значну роль в організації оборони відіграв шотландець Гордон, який знаходився на службі царського уряду, а також керівник гарнізону Г. Ржевський. Лише після довгих запеклих боїв Гордон із залишками оборонців пробився через турецькі лави. Коли турки увірвалися до замку Чигирина, там вибухнули порохові погреби, від чого загинуло ще 4 тис. турків. Відступаючи до Дніпра, російсько-українське військо завдавали турецькій армії відчутних ударів. У цей час запорозькі козаки під керівництвом Івана Сірка руйнували тили, знищували обози, окремі загони ворога. Великі втрати, зростаючий опір російського і українського війська зупинили загарбників, змусили їх відступити. При відступі вони дотла зруйнували Чигирин, і колишня столиця України часів Богдана Хмельницького та Петра Дорошенка припинила своє існування. Українське населення боляче сприйняло звістку про повне знищення цього міста, овіяного легендами.
   Юрій Хмельницький, який правив лише частиною Поділля, створив тут деспотичну владу, накладав тяжкі податки на населення. Він зробив спробу підкорити і Лівобережжя, але війська Самойловича його звідти витіснили. У цій ситуації він почав закликати населення, яке недавно емігрувало з Правобережжя, повернутися назад. Дехто прислухався до цих закликів. Це турбувало Самойловича, який уважно стежив за розвитком подій на Правобережжі. Він вважав, що відновлення населення цього краю дає Юрію Хмельницькому можливість черпати сили і засоби і ще більше загрожувати Лівобережній Україні. Тому в 1679 р. він відрядив із значними військовими силами свого сина як наказного гетьмана, і той до останку зруйнував багато міст Правобережної України, а населення силою позганяв на лівий берег Дніпра.
   Хмельницький спробував закликати населення із Молдавії, але став проявляти до нього, а потім і до своїх старшин дивну патологічну жорстокість, і в 1681 р. турки скарали його на смерть. Від Української держави, створеної під керівництвом Богдана Хмельницького в кінці 40-х — на початку 50-х та в кінці 70-х років XVIІ ст. залишається Гетьманська держава, яка охоплювала лише Лівобережжя і невелику частину Правобережжя.
   Держави, які брали участь у боротьбі за Правобережжя (Польща, Крим, Туреччина, Московська держава), були виснажені і шукали нагоди почати переговори про мир. Першими домовились Туреччина і Польща. За договором, підписаним в Журавні (Галичина), Польща погодилася на перехід під владу Туреччини більшості земель Правобережжя. У 1681 р. в Бахчисараї був підписаний договір Московської держави з Туреччиною та Кримом. Вони домовились про створення між Дніпром і Бугом нейтральної зони без права поселятися на цій пустинній території.
   Тим самим було санкціоновано створення пустині в самому центрі визначного, ще недавно багатого регіону України, де знаходилася основна частина держави Богдана Хмельницького. Правобережжя на південь від Києва — Південна Київщина, Брацлавщина й Поділля --залишилися під владою Туреччини, Лівобережжя і частина Правобережжя визнавались за Москвою. Цей договір зміцнював позиції Московської держави.
   У 1686 р. був укладений «Трактат про вічний мир» між Московською державою і Польщею. Польща визнала за нею Лівобережну Україну, Київ, Чернігівщину, Запорожжя і Смоленськ. Але Північна Київщина, Волинь та Східна Галичина залишалися під владою Польщі, а Поділля — під владою Туреччини. Погоджуючись на це, царизм порушив умови Переяславської угоди 1654 р. Південна Київщина і Брацлавщина мали стати безлюдною, нейтральною територією між Польщею, Московською державою і Туреччиною, Цей договір викликав обурення гетьмана Самойловича, який відверто заявив, що Запорозьке Військо ніколи не зречеться Правобережної України.
   Таким чином, драматична боротьба українського народу за незалежність своєї держави була продовженням його національно-визвольної війни. Вона мала кілька етапів зі своїми характерними рисами: національно-визвольний і антифеодальний (1648-1654 pp.); етап громадянської війни, поєднаної з національно-визвольною (1654-1665 pp.), коли Україна була розколота іноземними державами на дві частини; етап захисту завоювань революції (1665-1681 pp.). Він характеризувався боротьбою за возз?єднання всіх українських земель в єдину державу і втручання в її справи іноземних держав, особливо Московської, що все більше обмежувала автономію України, хоча водночас деякою мірою захищала її від польської та турецької агресії.
   Внаслідок іноземних нападів та громадянських війн упродовж понад тридцяти років національних, релігійних та соціальних конфліктів надзвичайної жорстокості українські землі були зруйновані, багато міст і сіл, особливо на Правобережжі, спустошено й знищено, а територія України розділена між сусідніми державами. На цій підставі багато істориків називали період від 1657 до 1681 року «Руїною». При цьому справедливо відзначається, що царський уряд не виконав однієї із найважливіших статей Переяславської угоди 1654 р. — про безумовний захист Української держави і призвів своєю політикою до розчленування України, що мало трагічні наслідки для неї.
   Кінець XVII ст. для Гетьманщини у складі Московської держави пройшов під знаком боротьби, що розгорілася між Туреччиною, Польщею та Австрією. Останні створили на початку 80-х років антитурецьку «Священну лігу» і в 1683 р. розгромили під Віднем турецько-татарське військо. Позитивну роль у цьому двобої європейських держав з реакційною турецькою агресією відіграла польська армія на чолі з королем Яном III Собеським. Він закликав до свого війська 5 тис. козаків з Правобережжя, де козацтво з його ініціативи почало відроджуватися. Без цього неможливо було обійтися, щоб відновити край і відстояти його від турецьких нападів, що тепер перетворилися на головну загрозу. До того ж турецько-татарські сили намагалися назавжди відрізати Московську державу і Україну від Чорного та Азовського морів, щоб затримати розвиток їх виробничих сил та ослабити. За таких умов Московська держава вступила до «Священної ліги» і почала війну з Туреччиною, Для українців це була боротьба за південноукраїнські землі.
   У 1687 р. відбувся перший похід російських військ на Крим на чолі з боярином В.Голіциним (100 тис. чол.) і українських козаків (50 тис. чол.) під проводом гетьмана Самойловича. Гетьман був невдоволений цим походом та його підготовкою, вважаючи, що від цього виграє виключно Польща. Якщо ж вести війну, підкреслював він, то слід починати з ранньої весни, задовго до початку літньої спеки. Але з його думкою Голіцин не погодився.
   Того літа не було дощів, трава ще весною висохла, не було води і корму для коней. Почалася спека, і татари підпалили степ. Степові простори стали чорними, випаленими пустинями. Люди й коні гинули від хвороб і голоду. Армія зупинилася, а потім почала відступати, не бачачи перед собою ворога. У військах ширилось невдоволення і роздратування через з даремні труди та жертви. Вина за провал походу була звалена на Самойловича.
   Ставши у 1672 р. гетьманом, Іван Самойлович перші роки свого правління провадив обережну політику. Однак з часом він все більше дбає про збагачення своє і своїх родичів. Старшина давно вже була ображена на гетьмана за його грубе і зневажливе ставлення до неї, самовладність та прагнення зробити гетьманство спадковим. У середовищі генеральної старшини проти гетьмана утворилася змова. Змовники написали листа і передали Голіцину. В доносі говорилося про неприхильність Самойловича до Москви, бажання перетворити Гетьманщину у незалежну державу, користолюбство і зневажливе ставлення до старшини, угоду з татарами про підпал степу. Голіцину лист був вигідний: знайдено винуватого в ганебних наслідках походу. Незабаром Голіцин отримав від царського уряду наказ про арешт гетьмана. Самойлович під арештом був відправлений до Москви, а звідти без суду і слідства — до Сибіру. Разом з ним була вигублена вся його рідня. Слід зазначити, що Самойлович, попри всі його недоліки, безперечно був патріотом, відстоював самостійність і соборність Української держави. Звинувачуючи його в зраді, козацька старшина вкотре сама зрадила Україну, заради власних егоїстичних інтересів. Це означало і кризу влади та її ослаблення. Виникла потреба повернути її авторитет.