Уже в 1796 році Де-Рибас здійснив перепис населення міста Одеси. За цим документом в ньому нараховувалося близько 2349 мешканців. Насправді, в місті було набагато більше жителів, оскільки значна кількість людей ховалися від перепису, маючи на це різні причини, з яких головна була в остраху потрапити до списків і отримати повинності. Один із сучасників писав, що ,...Одеса в ті часи по всій країні мала славу обітованої країни, де була велика потреба в робочих людях, добре платили і мало хвилювались за справжність паспортів, [87, с. 26]. Що стосується заселення міста у ті часи, то видно, що жителів російського походження у ньому було небагато. Тому не можна погодитися з думкою графа М.Д. Бутурліна, який у своїх мемуарах пише: ,...майже всі європейські племена мали в Одесі своїх представників, але пануючою національністю була російська, [88, с. 250]. За переписом у Одесі проживало 146 купців різних гільдій, які представляли добру половину національностей Європи.

Навколо нового міста почали розростатися хутори, найбільші з який належали братам Кір'яковим, Де-Волану, Шостаку, графу Потоцькому і Де-Рибасу. Пізніше ці хутори й інші селища влилися в місто. Була відкрита товарна біржа, а головним відпускним вантажем стала пшениця. Місто поступово заселялося і приймало вигляд, відмінний від поселення турецької епохи.

Проте незабаром Одесу чекало випробування, яке ледве не поклало край її подальшому існуванню. 6 листопада 1796 року раптово померла імператриця Катерина II. З цією подією завершився перший період розвитку міста. Павло І, який став імператором, негативно сприймав багато починань своєї матері, підозріло відносився до її оточення.

Павло I негайно усовує графа Платона Зубова з посади генерал-губернатора Новоросії і на його місце призначає генерал-лейтенанта Бердяєва. Утворилася одна величезна Новоросійська губернія, що поділялася на 12 повітів. А Одеса залишилася в Тираспольському повіті. Раніше утворена комісія з будівлі південних фортець і Одеського порту була скасована, а будівництво припинене. Усі ці розпорядження були зроблені наприкінці 1796 р. На початку 1797 року Де-Рибас і Де-Волан виїхали з Одеси в С.-Петербург, де Де-Рибас у 1800 році зненацька помирає. На його місце призначений був контр-адмірал П.В. Пустошкін. Одним з указів Павла I Російська імперія була розділена на 12 губерній. Катеринославська, Вознесенська і Таврійська губернії були об'єднані під назвою Новоросійської. Тобто, в дійсності створювався Новоросійський край, який можна було назвати новою складовою частиною Російської імперії.

У 1797 році Павло I наказав генерал-лейтенанту Бердяєву скласти докладний опис господарського становища міста Одеси, і вже наприкінці цього ж року він був зроблений радником Новоросійського губернського правління Лорером. Опис було складений настільки якісно і точно, що мало яке ще місто Російської імперії і навіть Західної Європи могли похвастатися таким оригінальним документом. Була дана і багатоаспектна характеристика всім будівлям, народонаселенню, торгівлі, благоустрою, описувалося значення порту для Одеси.

Однак руйнівна для Одеси діяльність Павла I продовжувалася. Указом від 20 липня 1797 року він віддає розпорядження про ліквідацію утвореної Де-Рибасом верфі в Кічкасах. Верф була необхідна, на думку Де-Рибаса, для будівлі морехідних човнів і транспорту, який би належав Одесі і був потрібний цьому місту для здійснення соляного промислу. Крім цього, до ,досягнень, Павла I можна віднести і заборону на ввіз до Одеси закордонних книг, що тим самим скасовувало діяльність у цьому місті цензури [89, с. 3- 4].

Захоплений веденням війни за межами імперії Павло I мало уваги приділяв внутрішнім державним справам, міському господарству і становищу міст, міському управлінню. Царським указом від 26 грудня 1796 року будівництво портових споруджень у Одесі було припинене. Де-Рибас вимушений був залишити Одесу, а на посаду генерал-губернатора був призначений П. В. Пустошкін.

Новому губернатору цар доручив провести достовірну ревізію міського господарства. Результатом цієї перевірки була записка, або ,відомості про стан міста,, зібрані І. Лорером. Ці відомості є дуже важливим документом, який знайомить з становищем Одеси у перші роки її існування. З нього видно, що населення Одеси виросло до 5000, а різних будівель у ній нараховувалось до 1200.

Після ревізії почалася реформа міського управління. Так, поряд з міським магістратом, за клопотанням іноземців, які проживали в Одесі, указом від 20 травня 1797 року був створений ,особливий для них магістрат,, з правами і привілеями, що існували у таких знатних торгових містах Європи, як Рига і Ревель.

Ця подія викликала двовладдя в управлінні Одесою, що не могло не відбитися негативним чином на відносинах між жителями Одеси, оскільки це викликало нездорову конкуренцію між руською і іноземною общинами. І хоча руських у Одесі була більшість, ,переважно торговий і промисловий, а отже багатий клас громадян, складали греки і італійці.

Реформа викликала незадоволення і протести майже всього населення міста. 2 січня 1798 року ,Особливий магістрат, для російської частини населення міста було ліквідовано. Справи іноземців перейшли до Магістратської комісії, або як її ще називали - ,Магістрат іноземний,.

Для здійснення правосуддя у торгових справах російської частини купецького і міщанського станів була створена Комісія руської торгівлі. Але це ще більше ускладнило судочинство. Справа в тому, що іноземний магістрат, як уже вказувалось, був створений на зразок подібних установ у Ризі і Ревелі і у відповідності з цим у судовому відношенні підпорядковувався Державній юстиц-колегії ліфляндських, естляндських і фінляндських справ. Тому, для ведення судочинства одеському керівництву приходилося виписувати величезні фоліанти законів шведською, німецькою і навіть латинською мовами. Але, правильно тлумачити їх ніхто не міг. Саме цьому, губернській владі прийшлось відмовитися від цієї ,особливої привілеї, і незабаром міській владі було передписано керуватися у судових справах загальними для всієї Російської імперії законами.

Дуже складним був для Одеси 1799 рік. Вона переживала сильну посуху, неврожай і землетрус. Занепад торгівлі спричинив за собою від'їзд з міста багатьох торговців, а погане становище гавані лякало шкіперів і судновласників.

У період утворення і становлення міста Одеси ні уряд, ні місцеві представники влади не надавали йому особливого значення. Імовірніше всього, вони самі не мали уяви про майбутнє цього міста. Не було впевненості про необхідність побудови в Одесі фортеці і військового порту. На Одесу у ті часи не витрачалося навіть десятої частки коштів, які, наприклад, витрачалися на забудову Катеринослава, Херсона, Миколаєва. Даровані першим поселенцям Одеси привілеї і пільги нічим не відрізнялися від звичайних, які існували у всіх містах Російської імперії. Кошти, подаровані молодому місту, які призначалися для будівництва громадських будівель, карантинного молу і портових споруджень, були відібрані через кілька років, а всі роботи припинені.

Усе, що започатковувалося урядом в Одесі, чи не вдавалося зовсім, чи дуже швидко припинялося. Первісна ідея про заснування в Одесі стоянки для навчального чорноморського флоту була теж залишена. Ідея будівництва фортеці, на яку вже було витрачено багато сил і коштів, стала вважатися утопічною. Разом з тим населення міста зростало, незалежно від волі уряду і всупереч його бажанню. Вийшло так, що Одеса заповнювалася мешканцями сама по собі і ,при цьому самою строкатою потолоччю, [71, с. 4]. Вона перетворилася у притулок для втікачів і волоцюг, пройдисвітів і авантюристів, вигнанців і контрабандистів, піратів і шукачів легкої наживи. Усі спроби уряду організувати цю строкату хвилю населення не приводили до очікуваних результатів. Якщо приймалися заходи для припинення припливу втікачів, то їхній приплив посилювався з кожним роком. Наприклад, якщо пропонувалося розшукувати втікачів поміщицьких селян і повертати їх законним власникам, то міська влада і місцева адміністрація, смутно усвідомлюючи значення цього процесу для розвитку міста, знаходили різні шляхи і засоби для того, ,щоб усі ці розпорядження не виконувалися в дійсності і залишалися у величезній кількості випадків мертвою буквою, [71, с. 5].

Робилися спроби дати грецьким поселенцям військову організацію і сформувати з цією метою грецький дивізіон, але грецькі втікачі й авантюристи, які стікалися в Одесу, неохоче підкорялися військовій дисципліні, і ,їх пасивна протидія розладнала і цей почин влади, [90, с. 40].

Прагнення заснувати на місці турецького міста Хаджибея російське місто і спеціально викликати з цією метою російських купців і капіталістів закінчилося провалом. Замість них в Одесі поселялися ,натовпи польських євреїв, з'їжджались італійські негоціанти і ремісники, збирався самий різношерстий і різнохарактерний натовп з усіх узбереж Ліванеї і всіх областей Оттоманської імперії , [71, с. 4].

Тим часом, на початку XIX століття Одеса стає одним з найжвавіших торгових портів Чорного моря. Місто все далі більше розросталося і загальне число жителів досягло 9000. Разом з тим саме місто і порядки в ньому залишали бажати кращого. Кам'яні будівлі, що були побудовані за вказівкою уряду ,мали вигляд казарм, лежали в руїнах і залишалися незаселеними, [91, с. 4]. Портові спорудження залишалися в незакінченому вигляді, а жителі жили в землянках і балаганах. Саме населення було скоріше тимчасовим, нім постійним. ,Всякий поспішав якомога швидше вирішити свої справи в непривітному місті і вчасно накивати п'ятами, [92, с. 55]. Міський благоустрій і безпека жителів теж були мізерними. Розбійні напади, злодійство були скоріше нормою ніж винятком.

У 1801 році Павло I помер від раптового апоплексичного удару. Насправді ж був здійснений двірський переворот і Павло I був убитий.

Перед Олександром I стояло невідкладне завдання: навести порядок у країні, де панувала економічна і політична криза. При цьому він залишався в центрі протиборства дворян і лібералів, але декларував відродження процесу реформування в країні, започаткованого Катериною II, Ігор Бунич пише: ,Олександр, зайнявши престол, майже відразу з'ясував, що ніякі його укази ніхто не збирається виконувати, якщо ці укази не відповідають інтересам тих, хто їх виконувати зобов'язаний, [93, с. 24]. Отже, необмежена влада монарха на ділі виявилася фікцією. Спроби імператора боротися з хаосом за допомогою указів були приречені на поразку, оскільки наштовхувалися на бездіяльність бюрократичного апарату і не відповідали раніше виданим указам і розпорядженням. Тому ,лагідний і ласкавий демократ усі частіше виходить із себе, [93, с. 25].

Незважаючи на всі труднощі царювання Олександра I, цей період благотворно відбився на розвитку міста Одеси. Вступ на престол у березні 1801 року Олександра I наповнив місто новими надіями. До Петербурга з проханнями до імператора виїхали колезький радник Михайло Кір'яков і представники купецького стану міста - росіянин Є. Кленов і грек П. Варваті. Поїздка була вдалою. Пільга на виплати повинностей і постою, що була дана місту Катериною II на 10 років, була продовжена ще на 25 років. Виплата позики була відстрочена теж на 25 років. Відразу ж відновили будівництво гавані. На її спорудження і утримання використовували десяту частину всіх митних зборів, які стягувалися Одеською митницею. Після нового поділу Новоросійської губернії Одеса стала входити до Миколаївської губернії. Указом 27 січня 1803 року градоначальником міста Одеси був призначений французький емігрант герцог Де-Рішельє.

Головні правила по управлінню містом, викладені в імператорському рескрипті від 30 січня 1803 року ставили перед Рішельє наступні завдання:

- оглянути і вникнути всебічно у всі складові управління в Одесі і намагатися привести їх у найкращий стан;

- здійснювати командування над військом, розквартированім в Одесі;