Визначальним елементом створення будь-якої системи є її мета. Отже очевидним є розгляд даного компоненту і при створенні системи забезпечення інформаційної безпеки системи органів виконавчої влади.

Забезпечення інформаційної безпеки досягається у процесі свідомої цілеспрямованої діяльності органів виконавчої влади, щодо запобігання можливого порушення їх нормального функціонування в результаті дії загроз та небезпек.

Метою забезпечення інформаційної безпеки є створення нормальних умов функціонування конкретного міністерства, іншого центрального та місцевого органу виконавчої влади, а також проведення моніторингу стану інформаційної безпеки для розроблення оптимальної моделі функціонування системи забезпечення інформаційної безпеки. На дану обставину також зазначають і інші дослідники [72, с. 3].

Виходячи з наведеного, мета функціонування системи забезпечення інформаційної безпеки полягає в організації управління системою інформаційної безпеки через ефективне функціонування самої системи її забезпечення. У більш загальному плані мета полягає у створенні необхідних економічних і соціокультурних умов та правових і організаційних механізмів формування, розвитку і забезпечення ефективного використання національних інформаційних ресурсів в усіх сферах життя і діяльності громадянина, суспільства й держави [14, с. 174].

Ефективність системи державного управління національними інформаційними ресурсами та їхнім захистом значною мірою визначає загальний рівень національної безпеки, а будь-які недоліки в структурі й функціонуванні кожного структурного органу виконавчої влади призводять до непоправних збитків виконавчій гілці влади. Наприклад, відомо, що втрати економіки Німеччини від індустріального шпигунства перевищують 20 млрд. євро на рік, втрата торгових і технічних секретів США (за неофіційними даними) обійшлась американським компаніям у 1992 році в 100 млрд. доларів [187, с. 56].