Проведення експертизи складається з таких основних етапів:

•  підготовчий, який включає вивчення наданих матеріалів, з'ясування сутності поставленого перед експертизою завдання, визначення достатності наявних матеріалів, окреслення загальної схеми дослідження, постанову окремих завдань, які вирішуються кожним експертом окремо;
•  аналітичний, який передбачає виявлення властивостей об'єктів дослідження шляхом застосування різних методів та засобів;
•  порівняльний, на якому проводиться співставлення об'єктів та визначення характеру зв'язків, що існують між ними;
•  заключний, який складається із оцінки результатів, виділення підстав для висновків та формулювання відповідей на поставлені питання (висновків).

Проведення експертизи завершується висновками, які бувають викладені у таких формах:

•  категоричне (позитивне чи негативне) вирішення питання в повному обсязі;
•  категоричне позитивне часткове вирішення питання (ймовірний висновок) з обґрунтуванням неможливості його вирішення у повному обсязі (усі виявлені характеристики об'єктів, що порівнюються, співпадають, але їх недостатньо для категоричного позитивного вирішення в повному обсязі; в цьому випадку замість ототожнення може бути визначена спільна родова або групова належність);
•  висновок про непридатність об'єктів для вирішення поставленого питання (наприклад, непридатність речових доказів для встановлення факту контактної взаємодії через відсутність ознак механізму взаємодії);
•  повідомлення про неможливість вирішення питання із детальним обґрунтуванням причин.