Цілком природно, що зазначені спори як господарські за своїми об'єктивними ознаками були вiднесенi АПК України до підвідомчості арбітражних судiв. Отже, в особi арбiтражних судiв судова влада одержала спеціалізовані судові органи, що мали прерогативи вирiшувати господарські спори, які ранiше розглядалися загальними судами, а також органами виконавчої влади.

Водночас слiд зазначити, що ранiше стаття 12 Закону України  ,Про арбiтражний суд" передбачала також надання Вищому арбітражному суду України права законодавчої ініціативи. Проте Конституція України 1996 р. вже не наділяла Вищий арбітражний суд України правом законодавчої ініціативи. Як уже обґрунтовувалось у першому розділі,  автором пропонується поновити право законодавчої ініціативи для Вищого господарського суду України, тим більше, що сьогодні вже ведеться робота по внесенню змін до чинної Конституції України.

Відповiдно до статтi 5 Закону України ,Про арбітражний суд" в Українi дiяли Вищий арбiтражний суд України, арбiтражний суд Автономної Республіки Крим, арбітражні суди областей, мiст Києва та Севастополя, якi становили єдину злагоджену систему арбітражних судiв України. Усю систему арбітражних судiв України очолював Вищий арбітражний суд України, який був найвищим органом у вирішенні господарських спорів і здійсненні нагляду щодо рiшень, ухвал, постанов арбітражних судів в Україні та контролю за їх діяльністю.  Згiдно із Законом України ,Про арбітражний суд" Вищий арбітражний суд України на основі узагальнення та аналiзу судової практики застосування норм матеріального та процесуального законодавства видавав керівні роз'яснення, що були обов'язковими для арбітражних судів та підприємств, організацій, державних та інших органів, посадових осіб. Такi роз'яснення затверджувалися постановами Пленуму Вищого арбітражного суду України та доводилися до вiдома зацікавлених осiб через засоби масової інформації, а також iншими засобами, встановленими законодавством. Вищий арбiтражний суд України складався з Голови Вищого арбiтражного суду, першого заступника Голови, заступників Голови та суддiв і дiяв у складi Пленуму Вищого арбiтражного суду України, Президії Вищого арбiтражного суду України, судової колегiї з розгляду спорiв та судової колегiї з перегляду рiшень, ухвал, постанов. На підставi постанови Верховної Ради України ,Про забезпечення дiяльностi судiв" вiд 24 лютого 1992 р. у складi Вищого арбiтражного суду України був створений Науково-дослідний центр, що повинен займатися комплексними проблемами організації та компетенції юрисдикційних органів щодо вирішення господарських спорiв і підвищення кваліфікації суддiв та спеціалістів арбітражних судів України [138][349].

З метою забезпечення кваліфікованого i оперативного розгляду справ найбiльш актуальних категорiй в арбiтражних судах було проведено необхiднi структурнi змiни. Згідно з Указом Президента України вiд 21 квітня 1998 р. в складi арбітражних судiв були утворені спеціальні колегії з розгляду справ про банкрутство [142][350], а 13 серпня 1999 р. - колегiї з розгляду справ про стягнення податкiв, зборiв (обов'язкових платежiв). Це сприяло підвищенню ефективності судового захисту учасникiв економiчних правовідносин, у тому числi й держави як гаранта забезпечення виконання соціальних програм.

Повну реалiзацiю передбачених Законом України ,Про арбiтражний суд" принципiв арбiтражного судочинства забезпечував прийнятий 6 листопада 1991 р. Арбiтражний процесуальний кодекс України, який визначав підсудність спорiв арбітражним судам, чiтко окреслював процесуальнi права та обов'язки учасників арбітражного процесу, реґламентував порядок розгляду спорiв, винесення рiшень по них, перевірки законності останнiх. Практика вирішення господарських спорiв відповідно до норм чинного з 1 березня 1992 р. (з подальшими змінами i доповненнями) Арбітражного процесуального кодексу України в цілому підтвердила їх об'єктивну доцільність, оскільки кiлькiсть змінених та скасованих процесуальних документів упродовж 1992-2001 рр. не перевищувала 1,7 % від загальної кількості розглянутих справ.

З моменту прийняття Верховною Радою України Закону України ,Про арбiтражний суд" і до середини 2001 р.  арбітражні суди України пройшли перiод становлення і розвитку й упевнено зайняли своє мiсце в системi органiв правосуддя, здійснюючи покладену на них функцiю захисту прав і охоронюваних законом інтересів учасників господарських правовідносин, сприяючи розвитку мiж ними співпраці та вносячи пропозиції щодо удосконалення правового регулювання господарської діяльності. Арбітражними судами  був напрацьований  і досвід ,спiльної, такої, що враховує специфіку і самостійний характер процесуального статусу суддів та прокурорів, працi по зміцненню режиму законності в економічній сфері, захисту інтересів держави і суспільства, законних прав і інтересів суб'єктів підприємництва" [466][351]. Для системи арбітражних судiв стали притаманними такi загальнi риси, як простота побудови вiдповiдно до адміністративно-територіального подiлу; доступність для позивачів; ієрархічність устрою; єдність системи арбітражних судiв, що зумовлювалась єднiстю їх завдань, єдиними принципами організації та діяльності цих    судiв [369][352]. Багатогранна діяльність арбітражних судiв України за десятирічний перiод їх функціонування переконливо довела, що вони насправді стали ,спеціалізованими судами зі здійснення правосуддя в господарських відносинах, як складова єдиної системи органiв судової влади" [432][353]. За цей перiод існування органами арбітражного судочинства як спеціалізованою системою органiв судової влади було розглянуто близько одного мільйона справ, переважна більшість яких була пов'язана з майновими відносинами. Арбітражні суди України активно впливали на формування нових економічних відносин у державі.

Одним із найважливіших напрямів діяльності арбітражних судiв було вдосконалення правового регулювання економічних правовідносин. Пропозиції щодо вдосконалення законодавства, що вносились Вищим арбітражним судом України за весь час існування системи арбітражного судочинства, охопили всі найважливіші аспекти економічної діяльності: приватизаційні процеси, оренду, зовнішньоекономічну та сумісну діяльність, кредитування, банкрутство суб'єктів підприємництва, укладання міждержавних економічних угод та багато інших.

У червнi 2001 р. закiнчувався п'ятирічний термiн дiї пункту 12 ,Перехідних положень" Конституцiї України 1996 р. щодо функціонування старої судової системи. Неприйняття законодавчих актiв  з розвитку положень статтi 125 Конституцiї  створювало, як зауважує В. В. Комаров, загрозу виведення судової системи і судочинства ,за межi конституційної сфери" [275][354]. Тому 21 червня 2001 р. Верховна Рада України терміново прийняла такi закони: ,Про внесення змiн до Закону України ,Про судоустрiй України", ,Про внесення змiн до Кримінально-процесуального кодексу України", ,Про внесення змiн до Закону України ,Про статус суддiв", ,Про внесення змiн до Закону України ,Про органи суддівського самоврядування", ,Про внесення змiн до Закону України ,Про кваліфікаційні комісії, кваліфікаційну атестацію і дисциплінарну відповідальність суддів судів України", ,Про внесення змін до Закону України ,Про арбітражний суд", ,Про внесення змін до Арбітражного процесуального кодексу України", ,Про внесення змін до Цивільного процесуального кодексу України". Метою прийняття цих законів було насамперед забезпечення виконання вимог пункту 12 ,Перехідних положень" Конституції України. Внесені зазначеними законами  змiни до судоустрою і судочинства отримали у депутатсько-журналістських колах, а також у науковців назву ,мала судова реформа". Ця реформа внесла низку суттєвих змiн як до судоустрою, так і судочинства України. Торкнулися цi змiни також й арбiтражних судiв України.

Тепер згiдно зі статтею 20 Закону України ,Про судоустрiй України" в редакцiї Закону вiд 21 червня 2001 р. систему судiв загальної юрисдикції відповідно до Конституції України становили ,місцеві суди, апеляційні суди, вищі спеціалізовані суди, Верховний Суд України" [337][355]. Згідно з пунктом 1 Закону України від 21 червня 2001 р. ,Про внесення змін до Закону України ,Про арбітражний суд" назва цього Закону викладалась у такій редакції: ,Закон України про господарські суди". Згідно з пунктом 26 Закону України ,Про внесення змін до Закону України ,Про арбітражний суд" від 21 червня 2001 р. у тексті Закону України ,Про арбітражний суд" слово ,арбітражний" у всіх відмінках замінялося словом ,господарський" у відповідних відмінках. Отже, правосуддя у господарських відносинах почали здійснювати господарські суди. Система цих судів була закріплена у статті 5 Закону України ,Про господарські суди", в якій зазначалося, що ,господарські суди є спеціалізованими судами в системі судів загальної юрисдикції. Господарські суди становлять єдину триланкову систему спеціалізованих судів, яку складають: місцеві господарські суди; апеляційні господарські суди; Вищий господарський суд України" [337][356]. Наступні статті Закону України ,Про господарські суди" конкретизували і деталізували організацію та порядок діяльності усіх ланок господарських судів України. Прикінцеві та перехідні положення Закону України ,Про внесення змін до Закону України ,Про арбітражний суд" визначали порядок втілення в життя цього Закону.