Як правило, засідання проходили під головуванням голови суду, при цьому, в публічних і звичайних засіданнях брали участь два члени від уряду і стільки ж від купецтва, а у розпорядчих — весь склад комерційного суду. Іншим був склад суду при розгляді справ у спрощеному порядку судочинства. Ці справи вирішувалися одноособово одним з членів суду, якого призначав голова, по черзі, терміном на один місяць.

Тільки за резолюцією голови суду: а) видавались сторонам документи, копії, свідоцтва тощо б) посилались підтвердження про виконання рішень суду поліцейським установам, конкурсам, присяжним попечителям; в) вимагались від конкурсних управлінь пояснення у випадках отримання скарг на їх постанови;

г) задовольнялись поліцейські запити про стягнення штрафів і канцелярських мит у справах, які розглядалися судом; д) надсилались відповіді на запити присутственних місць і посадових осіб; е) оформлялись постанови про подання до Правительствуючого сенату приватних і апеляційних скарг; ж) приводились у виконання безапеляційні рішення, а також і апеляційні, при неоскарженості їх у встановлений законом термін і ,незаявлення незадоволення,; з) приймались судом до провадження конкурсні справи, якщо з боку присяжного попечителя не надходив рапорт про неможливість запровадити конкурсне управління; и) задовольняти вимоги про надсилання ,публікаційних грошей, за друкування оголошень про справи, що розглядалися судом; і) здавались до архіву справи по закінченню встановлених законом строків.

Важливе значення для досягнення істини у комерційному суді мав допит свідків. На відміну від існуючого раніше порядку, допит свідків відбувався не на засіданнях суду, призначених для розгляду справ, а в спеціально встановлені дні одним із членів суду з помічником секретаря.

Порядок цей, введений на підставі Указу Правительствуючого Сенату по 4-му департаменту, от 27 травня 1882 року, мав безсумнівну перевагу перед попереднім, так як звільняв суд від непродуктивної трати часу на формальності по допиту свідків, вислуховуванню їх показань, і надавав в той же час можливість членам комерційного суду краще ознайомитись з свідченнями свідків, співставити їх з обставинами справи.

Таким же чином, в окремі дні, призначались і експертизи, огляд на місці та інші додаткові дії. За ухвалою Одеського комерційного суду від 16 лютого 1891 року всі ці дії здійснювалися під наглядом одного з членів суду.

Також ухвалою суду був встановлений порядок прийняття паперів, які поступали до суду. Прийняття позовів, скарг і прохань, які поступали до суду проводилося щоденно в призначені для цього часи, з 11.00 до 12.00, одним з членів суду, по черзі, а в канікулярний час, за відсутністю одного з них, — і головою суду, у дні судових засідань прийняття паперів проводилося співробітником, який вів спрощений порядок судочинства (ухвала суду від 24 вересня 1891 року).

Чиновник суду, який приймав прохання, призначав день розгляду справи, у більшості випадків це було найближче засідання, якщо воно не було заповнене раніше раніше призначеними для розгляду справами і якщо сторони не клопотали про призначення більш тривалих строків.

Порядок провадження справ, розгляду прохань і паперів у комерційному суді також мав свої особливості. Незважаючи на те, що комерційні суди з моменту їх появи були, головним чином, судами усними, більшість справ , які розглядалися в них, підлягали письмовому оформленню. Сторони обмежувалися обміном письмових заперечень, при цьому, оголошення справ, подібно тому, як це було у всіх дореформених судах, не було публічним і проводилося одним із членів або секретарем. Зібравши усі докази у справі, вони складали зміст справи, яку суд мав розглядати і пропонували його для судового засідання.

Відкритий розгляд справ з допущенням до зали судового засідання сторонньої публіки було дозволено лише у 1866 році, на підставі затвердженої Олександром II 27 червня того ж року особливої думки Державної Ради, у якій правило про допущення сторонніх осіб на судові засідання було поширене і на комерційні суди. Проте, до 1882 року рішення, які приймалися судом, оголошувалися сторонам через декілька днів а то й тижнів після розгляду справи.

У самому засіданні, безпосередньо після закінчення дебатів сторін і наради суддів, рішення щодо розглянутих справ стали оголошуватись тільки з 1882 року, у відповідності з Указом Четвертого департаменту Правительствуючого Сенату від 27 травня того ж року.

Встановлення такого порядку позитивним чином відбилось на діяльності суду і відповідало перш за все інтересам і побажанням сторін, що позивались. Дякуючи новому порядку судочинства вдалося досягти більш правильного і оперативного розгляду справ, так як судді тепер мали можливість виносити рішення ,під свіжим враженням словесних пояснень сторін,, і сторони, що позивалися не залишались, ,під гнітом невідомості, відносно долі їх справи.

Слідом за зміною оголошення рішень, принцип гласності знайшов свій вираз і в постійно зростаючій кількості справ і питань, які вирішувались у публічних засіданнях за участю сторін. Так, починаючи з 1892 року, у судових засіданнях стали розглядатися справи за скаргами на дії присяжних попечителів і ухвали конкурсних управлінь, а також питання ,про властивість неспроможності боржників,; постанови загальних зборів кредиторів, дисциплінарні справи членів конкурсів тощо. У приватних засіданнях без участі сторін розглядалися лише ті питання , які не вимагали вислуховування пояснення позивачів. Це були, наприклад, клопотання про забезпечення позовів до розгляду справи, питання, які вимагали швидкого вирішення. Також у судових засіданнях заслуховувались доповіді про виконання указів Правительствуючого Сенату, прохання і рапорти стосовно грошових видань; подання присяжних попечителів про оголошення конкурсів тощо.

За роки діяльності комерційних судів був встановлений досить чіткий порядок діловодства.

Все, що відбувалося на засіданнях комерційного суду заносилося до особливих журналів. Зазвичай, їх вели завідуючі відповідними столами помічники секретаря. Попередньо, члени суду і секретар проглядали матеріал, що мав заноситися до цих журналів, і тільки після цього він вписувався до них.

З 1895 року до журналів перестали заносити дані експертизи, яка проводилася після заявленого сумніву в достовірності того чи іншого документу, про проведений допит свідків і огляд на місці, оскільки ці дії оформлялися особливим протоколом, і крім цього, в справі знаходилися рапорти і донесення членів суду. Окремі ж протоколи складались і за всіма вже прийнятими судом ухвалами. До них, згідно 3-му пункту ухвали суду від 9 грудня 1895 року, крім усних пояснень сторін заносився короткий зміст ухвали і перераховувались надані сторонами документи.

На підставі складених для керівництва канцелярії інструкцій, кожний папір, який поступав до суду мав отримати резолюцію голови суду не пізніше семиденного терміну.

Семиденний термін для розгляду заяв зазвичай допускався лише в тих випадках, коли порушене питання розглядалося на судовому засіданні і коли вимагалося складання по ньому особливого журналу. Деякі папери, як-то: укази Правительствуючого Сенату, оголошення конкурсів про звільнення неспроможного боржника з-під варти, клопотання про забезпечення позовів тощо, доповідались чиновниками суду і виконувались або в день подання заяви або в наступний за ним.

Свою чітко встановлену процедуру в комерційних судах мало виконання їх рішень.

Згідно інструкції, складеної за ухвалою Одеського комерційного суду від 31 серпня 1833 року, виконання безапеляційних рішень, тобто, видання з них виконавчих листів, за бажанням позивача проводилося тільки в присутності відповідача, в наступний день після вирішення справи, в окремих випадках у той же день. Якщо ж відповідач був відсутній, то рішення визнавалося виконаним з моменту відправлення витягу з нього відсутній стороні. Апеляційні рішення виконувалися негайно по закінченні семи - чи триденного(останній термін використовувався для вексельних , фрахтових і конкурсних справ) строку, вказаного у заяві позивача і який починає текти з дня оголошення остаточної ухвали суду. У випадку ж оскарження остаточної ухвали суду — з дня затвердження остаточної ухвали надавалось, у залежності від складності справи , від 2-х до 3-х, а іноді і 4-х тижнів.

Стосовно ж окремих ухвал, то вони , у тому випадку, якщо могли бути оскаржені до винесення рішення, окремо від апеляції — приводились у виконання у всіх частинах лише після закінчення встановлених для оскарження строків, якщо ж ухвали були оскаржені - по затвердженню їх Правительствуючим Сенатом. Ухвали, які не підлягали окремому від апеляції оскарженню, виконувались, в залежності від необхідності , або в день їх винесення, або декілька днів потому. При цьому, канцелярія головну увагу звертала на швидкість виконання ухвал за указами Правительствуючого Сенату.

З метою встановлення можливості нагляду за правильним рухом справ у комерційних судах були введені спеціальні книги. Так, у Одеському комерційному суді були заведені наступні книги: у секретаря - вихідний реєстр і абетка до нього; в столах - позовному, вексельному і конкурсному, в кожному окремо:

- настільний реєстр для запису усіх справ, які поступають до столу і їх подальший рух;

- настільний реєстр вхідних паперів;

- настільний реєстр указів Правительствуючого Сенату;

- книга про накладені судом штрафи;

- абетковий показник справ, які виконуються у столі.

В протокольному столі зберігалися:

- реєстр справ, які слухались в публічних засіданнях;

- загальний реєстр щоденних ухвал суду;

- книга прийнятих у кожній справі ухвал суду.

У регістратора знаходилися:

- дві книги вхідних і вихідних паперів;

- дві розносні книги: для міських та іногородніх посилок;

- книга для занесення повісток.

У відділенні спрощеного провадження знаходилися:

- настільний реєстр вхідних паперів;

- книга виданих виконавчих листів, свідоцтв, посвідчень та копій.

Крім цього, у комерційному суді була загальна для всіх столів доповідна книга про рух справ, які розглядалися судом. До цієї книги заносилися скріплені секретарем та подані щоденно голові відомості про кількість справ, які поступили до суду і з яких прийняте рішення, про кількість незакінчених на наступний день справ, а також про кількість призначених до слухання справ, експертиз, допитів свідків, з вказівкою, скільки призначено справ для розгляду і на який день і поясненням причин непризначення дня розгляду для деяких з них. Таким чином, за цією книгою кожної миті можна було скласти уявлення про становище діловодства у комерційному суді і успішності розгляду справ.

До заходів, які сприяли прискоренню провадження взагалі слід, перш за все, віднести прийняту загальними зборами Одеського комерційного суду 3 лютого 1892 року пропозицію голови цього суду про обмеження випадків відстрочки розгляду справ за клопотаннями з боку повірених сторін, що позиваються. Ця пропозиція була прийнята в порядку нагляду за підвідомчими суду присяжними стряпчими.

Вказаний захід був викликаний тією обставиною, що при провадженні справ сторони, а частіше присяжні стряпчі як повірені останніх, багаторазово заявляли прохання про відстрочку розгляду - або взагалі не надавали ніяких мотивів, або мотивували своє клопотання міркуваннями, які не мали нічого спільного з інтересами сторін, що позивались. З цієї ж причини, справи часто переносилися з одного засідання на інше, що ускладнювало правильний рух справ і додатковим тягарем лягало на членів суду, а канцелярію змушувало виконувати непотрібну роботу по виклику сторін і складанню окремих ухвал.