Відповідно до п. 1.5 Регламенту ГПУ Генеральним прокурором України затверджуються положення про структурні підрозділи, якими визначається їх завдання та функції, а також повноваження й обов'язки працівників управлінь та відділів, старших помічників Генерального прокурора України, помічника першого заступника Генерального прокурора України по цивільній обороні. Заступники Генерального прокурора України затверджують розподіл службових обов'язків між працівниками підпорядкованих підрозділів за поданням начальників управлінь і відділів [127].

За рівнем компетенції всі органи прокуратури поділяються на три рівні. Перший (нижчий) рівень утворюють міські, районні, міжрайонні та прирівняні до них спеціалізовані прокуратури. Другий - прокуратури Автономної Республіки Крим, областей, міст Києва та Севастополя, військові прокуратури Чорноморського флоту і Військово-Морських Сил України та військові прокуратури регіонів. Третій рівень прокурорської системи посідає Генеральна прокуратура України.

Внутрішня структура органів прокуратури відтворює її системні якості, має істотне значення для її належного функціонування. Центральний апарат Генеральної прокуратури України є керівним, координуючим і спрямовуючим органом для всіх нижчестоящих ланок прокуратури [174, c. 55], за допомогою якого Генеральний прокурор України здійснює керівництво всією діяльністю органів прокуратури і контролює підлеглих йому прокурорів на всій території України. Проте сама Генеральна прокуратура України управлінські функції не здійснює. Повноваження з управління належать саме керівним працівникам: заступникам Генерального прокурора України, які є кураторами відповідних управлінь, відділів та інших структурних елементів, начальникам підрозділів Генеральної прокуратури України, їхнім заступникам, при яких їхні підрозділи, у свою чергу, виступають апаратом управління.

Прокуратури обласного рівня в межах своєї компетенції, з одного боку, здійснюють оперативне управління підпорядкованими їм прокуратурами, а з іншого - самі є об'єктом управління з боку Генеральної прокуратури України. Окрім цього, прокуратури обласного рівня безпосередньо виконують усі покладені на прокуратуру зовнішні функції.

Обласна прокуратура та підпорядковані їй прокуратури утворюють відносно самостійну підсистему єдиної прокурорської системи України регіонального рівня, оскільки вони мають загальні функціональні завдання, пов'язані між собою організаційно-управлінськими відносинами, мають загальне територіальне та зовнішнє середовище, володіють іншими системоутворюючими ознаками [175, c. 11-33]. Характерною особливістю обласних прокуратур є те, що вони, з одного боку, контролюють виконання наказів, вказівок і завдань Генеральної прокуратури України, з іншого - прокурор області сам є керівником підпорядкованих йому органів, який спрямовує і контролює роботу нижчестоящих прокуратур.

Найчисельнішою ланкою в системі органів прокуратури України є прокуратури міст, районні, міжрайонні, районні в містах, а також інші прирівняні до них прокуратури, які очолюють відповідні прокурори. Ці прокуратури не здійснюють функції управління щодо інших органів, проте керівництво даних прокуратур здійснює внутрішні функції управління стосовно підпорядкованих їм працівників.

За ознакою фактичної штатної чисельності всі територіальні прокуратури, що функціонують в Україні, поділяються на три групи: 1) прокуратури з невеликим штатом - до чотирьох працівників: прокурор, один-два помічники та слідчий; 2) прокуратури зі штатом від п'яти до восьми працівників: прокурор, заступник прокурора, три помічники прокурора, два-три слідчих, старший слідчий; 3) прокуратури зі штатом більше восьми працівників: прокурор, заступник прокурора, старший помічник прокурора, більше трьох слідчих, у тому числі старший слідчий [176, c. 11].

Іншим напрямком організаційно-штатної роботи прокуратури як об'єкта адміністративно-правових відносин, які виникають у діяльності органів прокуратури, є діловодство, яке здійснюється відповідно до Інструкції з діловодства в органах прокуратури України [177]. Ця Інструкція встановлює загальні правила документування діяльності в органах прокуратури і регламентує порядок роботи з документами з моменту їх створення або надходження до відправлення або передачі в архіви. Положення цієї Інструкції поширюються на всю службову документацію, у тому числі створювану за допомогою персональних комп'ютерів. Відповідальність за організацію діловодства в органах прокуратури несе керівник відповідного рівня. Ведення діловодства відповідно до вимог цієї Інструкції покладається на спеціально створені підрозділи (відділи, відділення, канцелярії або секретарів). Якщо штатним розписом не передбачено посади працівника з діловодства, ця робота покладається на спеціально виділену для цього особу.

Відповідно до п. 7.8. Регламенту Генеральної прокуратури України копії планів роботи, протоколів та рішень колегій прокуратур передаються для ознайомлення начальникам структурних підрозділів через організаційно-контрольний підрозділ, працівники якого узагальнюють і за підписом заступників Генерального прокурора України надсилають на місця внесені пропозиції та зауваження. Первинний розгляд документів здійснюється заступниками Генерального прокурора та керівниками управлінь, відділів, як правило, у день їх надходження. Документи, що потребують перевірки із залученням працівників різних управлінь і відділів, передаються на доповідь першому заступнику Генерального прокурора України, котрий визначає виконавців, виходячи зі змісту документа. Час надходження документів від керівництва Генеральної прокуратури України до безпосередніх виконавців не повинен перевищувати двох робочих днів. Начальники підрозділів несуть повну відповідальність за своєчасність виконання та якість підготовки документів.

Важливим напрямком організаційно-штатної роботи в органах прокуратури є планування. У системі заходів щодо забезпечення належного рівня організації роботи й управління в органах прокуратури планування належить до найбільш дієвих важелів упорядкування прокурорсько-слідчої діяльності. Планування є однією з умов успішного виконання прокуратурою визначених завдань, дозволяє мобілізувати колектив прокуратури на вирішення найважливіших проблем соціальної спрямованості, забезпечення максимального результату за мінімальних затрат. Виступаючи як необхідний і важливий засіб організації роботи прокуратури, планування дозволяє забезпечити ефективне використання індивідуальних здібностей працівників, ритмічність та впорядкованість трудового процесу, зосередити їх зусилля на вирішенні додаткових завдань щодо зміцнення правопорядку, забезпечити необхідні умови для здійснення контролю та самоконтролю за виконанням запланованих заходів, скоординувати діяльність прокуратури з іншими правоохоронними органами, органами державної виконавчої влади, самоврядування, контролюючими органами та ін.

Нами було розроблено відповідні методичні рекомендації для прокурорів міст, районів та прирівняних до них прокурорів з організації планування їх роботи, з якими можна ознайомитись у Додатку до дисертації.

Одним з напрямків організаційно-штатної роботи є організація роботи колегій та нарад. Так, план роботи колегії формується організаційно-контрольним підрозділом за пропозиціями заступників Генерального прокурора України і затверджується Генеральним прокурором України. Засідання колегії проводяться відповідно до плану або за вказівкою Генерального прокурора України, який визначає дату, час та місце проведення засідання, коло учасників, затверджує порядок денний. На її розгляд вносяться найважливіші питання, що стосуються стану законності та правопорядку, діяльності органів прокуратури, виконання наказів Генерального прокурора України, кадрового забезпечення, поширення позитивного досвіду тощо, після їх глибокого і всебічного вивчення за наявності підготовлених документів. У разі необхідності проводяться виїзні або розширені засідання колегії. Засідання колегії проводяться за присутності більшості її членів. Головує на засіданнях Генеральний прокурор України, а за його відсутності - виконуючий його обов'язки. Рішення з кожного питання, яке обговорюється, приймається відкритим голосуванням. У разі розбіжності між головою і більшістю членів колегії остаточне рішення приймає Генеральний прокурор України. Розглянуті колегією матеріали з прийнятими доповненнями та пропозиціями протягом трьох робочих днів доопрацьовуються виконавцями.

Для розгляду актуальних питань боротьби зі злочинністю, конкретними її проявами та формами проводяться координаційні наради під головуванням Генерального прокурора України або виконуючого його обов'язки за участю керівників правоохоронних органів. На засідання для дачі пояснень можуть бути запрошені посадові особи органів державної влади, які зобов'язані вести боротьбу зі злочинністю. Матеріали та проекти постанов координаційних нарад готують працівники структурних підрозділів, до компетенції яких належить внесене на розгляд питання. За результатами обговорення координаційна нарада приймає постанову, яку підписує Генеральний прокурор України або виконуючий його обов'язки (голова наради) та керівники правоохоронних органів (учасники координаційної наради). За результатами обговорення міжвідомча нарада приймає постанову, яку підписує заступник Генерального прокурора України та керівники відповідних відомств.

Іншим видом організаційно-штатної роботи в органах прокуратури є організація методичної та аналітичної роботи. Аналітичні заходи плануються і проводяться у зв'язку з необхідністю поглибленого вивчення питання за неможливості зробити висновок на підставі статистичних та оперативних даних або з метою опрацювання пропозицій щодо організаційних, правових і практичних заходів, спрямованих на вдосконалення управлінської діяльності органів прокуратури. Результати аналітичних досліджень, зроблені у них висновки та внесені пропозиції, як правило, обговорюються на засіданнях колегії або нарадах при заступниках Генерального прокурора України, за ними вживаються практичні заходи щодо усунення виявлених недоліків, вносяться документи прокурорського реагування. Розроблені структурними підрозділами методичні рекомендації направляються підпорядкованим прокурорам після розгляду їх науково-методичною радою при Генеральній прокуратурі України і схвалення в цілому. Позитивний досвід прокурорсько-слідчої діяльності поширюється лише після його ретельного вивчення на місцях, про що складаються довідки. На підставі опрацьованого матеріалу готується інформаційний лист про позитивний досвід, у якому розкриваються нові нестандартні форми і методи роботи. Так, наприклад, прокуратурою Дніпропетровської області у 2004-2006 рр. було підготовлено такі інформаційні листи: щодо практичного застосування положень Закону України "Про податок з доходів фізичних осіб" при кваліфікації злочинів та адміністративних правопорушень від 20 вересня 2004 р. № 071313; щодо порушень чинного законодавства під час розгляду судами справ про адміністративні правопорушення від 20 вересня 2004 р. № 071313; про позитивний досвід прокуратури м. Кривого Рогу щодо співпраці з Криворізькою міською радою, виконавчим комітетом, головою міської ради від 28 квітня 2006 р. № 12-13; про результати діяльності органів прокуратури Дніпропетровської області на виконанню вимог Закону України "Про боротьбу з корупцією" при складанні протоколів про адміністративні правопорушення і розгляду їх у судах за 2005 р. від 3 лютого 2006 р. № 0712-35 та ін.