Процес проектування організаційної структури управління повинен ґрунтуватися на спільному використанні різних методів. Вибір методу розв'язання тієї чи іншої проблеми залежить від її характеру, а також від наявності методики, інформації, кваліфікації розробників тощо. Будь-який метод, на нашу думку, потрібно розглядати у статистиці і динаміці. Так, методи аналізу, що використовуються, як правило, складаються з п'яти етапів. Перший полягає у з'ясуванні завдання щодо невизначеності і найбільш імовірних альтернатив розвитку. Другий етап організаційної структури полягає у визначенні змінних, які значно впливають на виконання завдання. На цьому етапі необхідний аналіз внутрішньої структури та її основних компонентів і аналіз зовнішнього середовища, у якому функціонуватиме або вже функціонує організаційна структура. На третьому етапі аналізуються цілі і програма розвитку. Поточні цілі повинні відповідати головному завданню, а програми - погоджуватись із основними чинниками успішного функціонування. Вони сприяють визначенню пріоритетів у розвитку. На четвертому етапі оцінюють, наскільки структура відповідає організації цілі, завданням і чинникам, від яких залежить її функціонування. П'ятий етап передбачає оцінку ресурсів, які використовують при застосуванні методів.

Отже, методи координації управління правоохоронними органами по боротьбі з економічною злочинністю  доцільно розглядати як засоби та способи організації координатором управлінських організаційних і субординаційних відносин. Вони мають владний та обов'язковий характер з використанням відповідної сили впливу не тільки для примусу, а й для доцільної узгодженої діяльності.

Перевага методів координації, на відміну від інших, полягає в тому, що їх джерело пов'язане не лише зі статусом органу, який його застосовує, а й зі змістом тих завдань, що стоять перед кількома органами. Методи координації доцільно застосовувати комплексно, у поєднанні усіх компонентів правоохоронної діяльності по боротьбі з економічною злочинністю [119, 49].

На практиці не може бути найкращого методу, перевага повинна надаватися тому чи іншому методу залежно від мети, що ставиться. Помилки у виборі методів призводять до відхилення або невиконання цілей, що ставляться, та виникнення і загострення протиріч між правоохоронними органами у вирішенні конкретної проблеми боротьби з економічною злочинністю.