Виходячи з того, що господарський суд — це спеціалізована автономна система, де сконцентрована значна господарська практика, багатий досвід судової діяльності фахівців, статистичні дані, глибокий аналіз господарських ситуацій, моделювання, ділові ігри тощо, є потреба  у створенні при Вищому господарському суді України науково-дослідних підрозділів і на їх базі — Інституту підвищення кваліфікації як суддів, так і юристів-господарників. Навчання і викладання дисциплін у такому навчальному закладі мають бути організовані на комерційній основі. Для реалізації цієї пропозиції необхідно створити відповідну матеріальну базу, що вимагає невеликих фінансових витрат. У зв'язку з цим пропонуємо змінити порядок фінансування господарського суду шляхом поєднання бюджетного порядку асигнувань на утримання господарських судів і відсоткових відрахувань від тих прибутків, що отримує держава від діяльності господарських судів. Це дало б можливість акумулювати кошти для створення як матеріальної бази науково-дослідних і навчальних підрозділів, так і для розвитку комп'ютеризації й автоматизації управління на основі використання електронно-обчислювальної й організаційної техніки.

Важливою особливістю організації господарського суду є закріплення в законі як принципу єдиноначальності, так і колегіальності. Широкі повноваження Голови Вищого господарського суду доповнюються повноваженнями Президії Вищого господарського суду, науково-консультативної ради, кваліфікаційної колегії. Це свідчить про те, що в організації та діяльності Вищого господарського суду відображений  один із основних принципів державного управління — єдність колегіальності і єдиноначальності [428][741], що дозволяє враховувати як інтереси підрозділів усієї судової системи, так і приймати зважені управлінські рішення, пов'язані з організацією діяльності суду. Проблема оптимального розмежування компетенції різних гілок судової влади вимагає істотних редакційних змін у нормах діючих процесуальних кодексів України, що регулюють питання підвідомчості спорів, а особливо у новостворюваних — Адміністративному, Господарському, Кримінальному та Цивільному процесуальних кодексах.

Оптимальне розмежування повноважень між різними гілками судів є необхідною передумовою для побудови правової держави [573, 426][742], оскільки лише досконалий механізм судової влади дасть можливість розв'язувати практично всі соціально значущі конфлікти в нашій країні. А це означатиме, що в суспільстві утвердяться організаційно-правові основи поділу влади, що є необхідною умовою демократичної, правової         держави [429][743]. Отже, можна стверджувати, що чим більше конфліктів у суспільстві розглядається в судах, тим більше існує причин вважати це суспільство демократичним, а його державу — правовою.

Існуюча сьогодні структура судової влади в Україні (загальні, у тому числі спеціалізовані суди, Конституційний Суд) ще не встановлює гарантій однакового застосування законів. Ці суди здійснюють правосуддя з категорій справ, що виникають у різних сферах соціального життя, але на загальних, спільних для них принципах організації і діяльності судової влади, визначених у Конституції України, Законі України ,Про статус суддів" тощо. Тому перебудова судової системи, виходячи з вимог статті 125 Конституції України, є гарантією однакового застосування законів. Додатковою гарантією такої можливості має стати обов'язковість рішень Конституційного Суду для всіх суб'єктів права, включаючи інші судові органи, з приводу тлумачення конституційних норм.

Оскільки Основний Закон визначає зміст інших законів і нормативних актів, зазначені рішення Конституційного Суду будуть вершиною піраміди рішень як для загальних, так і спеціалізованих судів. Однак це не означає, що Конституційний Суд має бути і вершиною піраміди в єдиній організаційній структурі судів. Його рішення щодо тлумачення норм Конституції, конституційних законів та інших правових актів Верховної Ради України, актів Президента України, актів Кабінету Міністрів України, правових актів Верховної Ради Автономної Республіки Крим мати для всіх правозастосовчих органів силу закону. Це забезпечить однаковість правового регулювання і здійснення правосуддя в усіх сферах суспільства. Всі суди представляють інститут судової влади, що разом із законодавчою і виконавчою гілками влади визначають суверенні права народу України.