Зональний контроль з боку керівництва передбачає організацію роботи міських і районних підрозділів податкової міліції по організації протидії зі протиправними проявами в сфері оподаткування з використанням фіктивних підприємств, контролю за виконанням наказів, доручень, розпоряджень, наданням методичної допомоги.

На підставі отриманих даних дисертаційного дослідження можна виділити такі способи контролю керівниками за роботою працівників податкової міліції:

- перевірка виконання окремих запланованих заходів;

- перевірка проведення комплексу оперативно-перевірочних заходів;

- заслуховування звітів працівників міліції за той чи інший період [Дод. Б].

Діяльність керівника включає в себе розподіл обов'язків між співробітниками, інструктування, навчання, контроль, узгодження, забезпечення взаємодії різних служб та інше.

В цілому, діяльність керівників підрозділів податкової міліції і їх підлеглих  працівників полягає в правильній організації оперативного обслуговування об'єктів, галузей економіки, одним із завдань якої є своєчасне безперервне надходження оперативної інформації про підготовку або вчинення правопорушень.

Від керівників підрозділів податкової міліції залежить належне планування і розстановка підлеглих працівників, чітке визначення їх функціональних обов'язків, використання можливостей кожного співробітника і його спеціалізації, здійснення професіональної роботи, максимальне використання всіх можливостей щодо протидії фіктивному підприємництву.

Отже організація роботи підрозділів податкової міліції щодо протидії фіктивному підприємництву - це система ціленаправлених заходів, які здійснюються керівниками податкової міліції ДПА України з метою належного морально-психологічного та організаційного забезпечення її діяльності, а також взаємодіючих з нею підрозділів та ефективного управління особовим складом, організації ділового контролю та надання практичної допомоги підлеглим структурам та працівникам. 

Для проведення організаційної роботи керівництвом підрозділів, найчастіше виявляються такі елементи адміністративного впливу суб'єкта управління на об'єкт: розпорядження, наказ, вказівка, заборона та інше. Важлива роль в організації роботи працівників податкової міліції є метод переконання, особистий приклад керівника, як виховний вплив на підлеглих.

Організаційну роботу з протидії фіктивному підприємництву здійснюють  працівники податкової міліції, які займаються безпосереднім пошуком джерел отримання інформації щодо створення та функціонування фіктивних підприємств. Відмінність організації роботи керівного складу податкової міліції і їх підлеглих працівників в тому, що підлеглі працівники користуються не адміністративно-дисциплінарними, а адміністративно-примусовими методами впливу на об'єкт своєї діяльності.

Для підвищення професійних навичок і специфіки роботи в фінансово-економічній сфері доцільно було б створити курси з протидії фіктивному підприємництву на базі Інституту післядипломної освіти при Національному університеті ДПС України з подальшим складанням заліку і лише після успішної його здачі допускати їх до самостійної роботи.

Впровадити на базі факультету податкової міліції Національного університету державної податкової служби України підготовку спеціалістів, які б готували фахівців для боротьби з економічними правопорушеннями не тільки за спеціальністю "правоохоронна діяльність", а й за економічними спеціальностями, з обов'язковою спеціалізацією в кредитно-фінансовій та інших сферах економіки.