У результаті визвольної війни українського народу 1648-1654 pp. була створена незалежна держава, яка, за визначенням ряду дослідників, за формою правління була Українською Козацькою Республікою. Вона мала всі відповідні ознаки, і у тому числі судову систему і судочинство, які існували і протягом багатьох десятиліть після входження Гетьманщини до складу Росії у 1654 р. В цей час судові повноваження здійснювали: гетьман, рада старшин, рада генеральної старшини, генеральна військова канцелярія, генеральний військовий суд, полкові, сотенні, сільські суди. У Гетьманщині діяли також і міські суди. У 1763 р. гетьманом К. Розумовським була здійснена судова реформа, яка передбачала нову систему загальних судів: земські, гродські, підкоморські суди, а також генеральний військовий суд. Кримінальні справи розглядали і вирішували гродські суди, які діяли у кожному полковому місті і в які були перетворені колишні полкові суди [243, с. 239; 30, с. 110; 451, с. 288; 190, с. 100]. Впроваджена К. Розумовським судова система діяла до ліквідації внутрішньої автономії України і запровадження російського губернського устрою.

Що стосується норм процесуального права, яким в Україні у другій половині XVII ст. і під час її автономного статусу у складі Росії користувалися в судах, то ці норми містилися перш за все у різних розділах Литовського статуту 1588 p., який продовжував діяти в Україні у зазначений період. За даними Пашука А.Й., норми процесуального права містилися в IV розділі "Про суд і суди" Статуту 1588 p., хоча окремі процесуальні положення містилися і в деяких інших його розділах [264, с. 74]. Міські суди із певними обмеженнями користувалися нормами процесуального права, які містилися в збірниках магдебурзького права ("Саксон" і "Порядок"). Окремі норми процесуального права містилися і в законодавчих актах, які приймалися вищими органами Української козацької держави - в гетьманських універсалах, універсалах генеральної військової канцелярії, в ордерах та інструкціях гетьмана, генеральної військової канцелярії, генерального військового суду [264]. Так, у 1722-1723 pp. П. Полуботком було видано три універсали, в яких приписувалося усунути недоліки в діяльності судів та вимагалося дотримання інстанційного порядку подання апеляцій. А Інструкція гетьмана Данила Апостола судам від 13 липня 1730 р. встановлювала порядок розгляду справ у полкових, сотенних і сільських судах, види допустимих доказів тощо [347, с. 13]. Після входження України до складу Росії і особливо з початку ХVIII ст. в судочинстві почали застосовуватися російські правові акти, серед яких велике значення мав іменний указ Петра І від 5 листопада 1723 р. "Про форму суду". Цим указом скасовувалася розшукова форма процесу, а суд визнавався його єдино можливою формою [323, с. 395, 456].

Значну кількість найважливіших норм процесуального права містила визначна пам'ятка права України, перший кодекс українського права - "Права, за якими судиться малоросійський народ" 1743 р. Хоча цей кодекс так і не був затверджений, але він мав значне поширення в Україні [473, с. 470]. Так, судоустрою і процесуальному праву були присвячені розділи 7, 8, 9, 25 "Прав". При цьому норми виключно кримінально-процесуального права містилися у розділі 25, в якому, зокрема, мова йде про ведення допиту злочинців та запідозрюваних у злочинах "під муками", про ведення в судах спеціальних книг для "запису справ карних", про порядок виконання вироків тощо [297, с. 437-452]. "Права" передбачали застосування як змагально-обвинувачувального, так і в деяких випадках слідчого (інквізиційного) процесів при розгляді і вирішенні кримінальних справ [394, с. 87].

Дослідивши сукупність правових актів, що вміщували норми процесуального права в Україні у 1648-1782 pp., Пашук А.Й. обґрунтував висновок про те, що найважливішими засадами змагального процесу в цей час були: диспозитивність, публічність, усність, безпосередність, формалізм, українська народна мова судочинства [264, с. 100-150].

Актуальним і для нашого часу є, наприклад, положення  "Прав", у відповідності з яким суворих кримінальних покарань за неповагу до суду зазнавали не тільки ті, хто дозволяв собі образити чи принизити суддю або суддівського працівника усно чи письмово, а й ті, хто грубо, нетактовно поводився у самому приміщенні суду [213, с. 4-10]. На думку Сизої Н.П., у другій половині ХVII на початку ХVIII ст. "за багатьма ознаками українська судова процедура знаходилася на рівні сучасних європейських держав" [347, с. 10; 348, с. 49]. В той же час, на думку дослідників, у Гетьманщині ширшою ставала сфера застосування розшукового (інквізиційного) процесу при розслідуванні і розгляді справ про тяжкі злочини [30, с. 110].

Свої особливості мали судоустрій і судочинство Запорізької Січі у другій половині ХVII-1775 pp. Організація та діяльність її судових органів як і судовий процес регулювалися нормами звичаєвого права. Поступово підсилювалася тенденція до розгляду кримінальних справ у межах слідчого процесу  [79, с. 91].