На даному етапі формування органів державного арбітражу в самостійну систему досяг нового якісного рівня. Водночас у розглянутий період усе ще зберігався певний зв'язок органів державного арбітражу з виконавчо-розпорядчими органами — частина п'ята доповнена статтею 6 Закону СРСР ,Про державний арбітраж у СРСР" відповідно до Указу Президії Верховної Ради СРСР від 22 червня 1987 р. У ній, зокрема, проголошено: ,Робота органів державного арбітражу щодо здійснення функцій, пов'язаних із контролем за дотриманням договірної дисципліни в народному господарстві та попередженням порушень законності в господарських відносинах, розробкою пропозицій щодо удосконалення правового регулювання господарської діяльності, а також із контролем за діяльністю інших органів, що вирішують господарські спори та їх інструктуванням, спрямовується відповідно Радами Міністрів СРСР, союзних і автономних республік, виконавчими комітетами крайових, обласних, міських Рад народних депутатів, Рад народних депутатів автономних областей і автономних округів" [115][297]. Указом Президії Верховної Ради СРСР від 22 червня 1987 р. були також внесені відповідні зміни і доповнення до Регламенту Верховної Ради СРСР, Положення про постійні комісії Ради Союзу і Ради Національностей Верховної Ради СРСР, законодавства про місцеві Ради народних депутатів, пов'язані з перетворенням органів державного арбітражу [115][298]. А указом Президії Верховної Ради СРСР від 30 грудня 1987 р. ,Про внесення змін і доповнень до Закону СРСР ,Про державний арбітраж у СРСР" до статей 2, 8, 9, 10, 12, 14, 17, 19, 21 Закону СРСР ,Про державний арбітраж у СРСР" були внесені зміни і доповнення, пов'язані з прийняттям Закону СРСР ,Про державне підприємство (об'єднання)", інших рішень про перебудову управління економікою, а також указу Президії Верховної Ради СРСР від 16 червня 1987 р. ,Про внесення змін і доповнень до Закону СРСР ,Про прокуратуру  СРСР" [116][299].

Логічним завершенням реорганізації органів державного арбітражу стало затвердження постановою Ради Міністрів СРСР від 16 квітня 1988 р. нового ,Положення про Державний арбітраж СРСР", а також нової редакції ,Правил розгляду господарських спорів державними арбітражами" [531][300]. У постанові Ради Міністрів СРСР від 16 квітня 1988 р. містилося доручення Радам Міністрів союзних республік затвердити за узгодженням із Державним арбітражем СРСР положення про органи державного арбітражу в союзних республіках. В Українській РСР нове ,Положення про органи державного арбітражу в Українській РСР" було затверджене постановою Ради Міністрів УРСР від 5 жовтня 1988 р. № 319 [533][301].

У цей період функціонували і відомчі арбітражі. Юридичною основою їх організації та діяльності був пункт 21 ,Загального положення про міністерства СРСР", затвердженого постановою Ради Міністрів СРСР від 10 липня 1967 р., у якому зазначалося: ,Міністерство СРСР утворює для розгляду господарських спорів між підприємствами, організаціями й установами системи міністерства арбітраж" [526][302]. Подібні норми містилися й у положеннях про окремі міністерства, державні комітети і відомства. 16 червня 1981 р. Державним арбітражем СРСР і Міністерством юстиції СРСР було схвалено Примірне положення про арбітраж міністерства, державного комітету, відомства СРСР. Це положення мало рекомендаційний характер і враховувалося ,господарськими керівниками лише на власний            розсуд" [415][303].

Отже, у 1987-1988 рр. та нова роль, яку повинні були відігравати органи державного арбітражу в умовах перебудови, була забезпечена прийнятими в цей час законодавчими актами, що визначали організацію і діяльність цих органів, докладний аналіз яких подано у юридичній  літературі [529][304].

З розвитком у країні ринкових відносин на межі 1980-1990-х років виникла нагальна потреба радикальної перебудови системи органів, що вирішували господарські спори, ,забезпечуючи тим самим однаковий захист прав і законних інтересів усіх суб'єктів господарського життя" [47][305]. У цей період на арену господарських відносин виходили суб'єкти господарювання різних форм власності, які уже не піддавалися тотальному державному регулюванню і контролю та діяли відповідно до об'єктивних економічних законів. Відбувався також процес комерціалізації та приватизації, у тому числі державних підприємств і організацій [420][306]. У цих умовах Держарбітраж як за своєю інституційною формою, так частково і за змістом діяльності уже не відповідав вимогам часу [425][307]. Виникла нагальна потреба у зміні діючої у країні в цілому і в Україні зокрема системи органів, що розглядали і вирішували господарські спори. Це стосувалося і принципів їх формування, компетенції, порядку діяльності. Виникла нагальна необхідність в органах, здатних оперативно вирішувати численні конфлікти, що мали місце в сфері господарського обігу, а також виступати в ньому надійним гарантом правового захисту законних інтересів учасників цього обігу. Деякі дослідники, наприклад учасники обговорення нового законодавчого акта Російської Федерації — Закону про арбітражний суд (відбулося в жовтні 1991 р. на кафедрі цивільного процесу юридичного факультету Санкт-Петербурзького університету), звертали увагу на те, що створення юрисдикційного органу, який здійснює судову владу при вирішенні спорів, що виникали в процесі господарської діяльності, зумовлено об'єктивною необхідністю в належному захисті прав та інтересів господарюючих суб'єктів (з урахуванням господарських               реформацій)  [365][308]. На те, що в розглянутий період назріла суспільна потреба в такому органі, який би був органом правосуддя, ,але правосуддя спеціалізованого, пристосованого до економічної сфери, до сфери підприємництва, комерційних, торгових та інших відносин", — вказував і В. Ф. Яковлєв [683][309]. Дещо пізніше він звернув увагу на те, що прийняті в 1991-1992 рр. перші закони про арбітражні суди були, власне, завершенням того процесу, який розпочався декілька десятиліть до цього періоду і ,має своїм корінням перші економічні реформи 1965 р. Тоді розпочалася не лише зміна економічних відносин і економічного законодавства, а й перетворення системи державного арбітражу" [53][310]. Думку В. Ф. Яковлева підтримав В. В. Лаптєв [53][311], а згодом і С. В. Васильєв [102][312]. На пряму залежність змін форми вирішення економічних спорів від якісних змін в економіці, від переходу до ринкових відносин, розвитку різних форм власності вказували В. В. Апраніч та  С. М. Пєлєвін [41][313].

Отже, проблема створення нового юрисдикційного органу, покликаного в умовах ринкових відносин, що розвиваються у країні, вирішувати конфлікти між господарюючими суб'єктами і такого, що має повноваження й атрибути, властиві судовій владі, підпорядковується лише закону, була поставлена на порядок денний самим життям. Вона активно обговорювалася науковою громадськістю і вимагала свого вирішення.

Ініціатором розв'язання даної проблеми виступив Державний арбітраж СРСР, що розробив проект концепції подальшого удосконалення діяльності Держарбітражу. Проект цієї концепції був опублікований у журналі ,Господарство й право" (№ 6, 1990 р.) [239][314]. У цьому документі насамперед було підкреслено, що здійснювані в країні політичні й економічні реформи ,привели до необхідності створення юрисдикційного органу, що здатний забезпечити юридичні гарантії нового правового регулювання       економіки" [239][315]. Для цього належало насамперед перетворити державний арбітраж із ,слухняного інструменту" адміністративно-господарського механізму на потужну монолітну систему, незалежну від органів управління, здатну забезпечити захист суб'єктів правовідносин будь-якого рівня. Серед цілого комплексу заходів, покликаних забезпечити досягнення даної мети, пропонувалося декілька варіантів правового регулювання діяльності Держарбітражу. Один із варіантів передбачав таке регулювання Основами законодавства Союзу РСР і союзних республік про державний арбітраж у СРСР і Основами законодавства Союзу РСР і союзних республік про арбітражне провадження, у яких визнавалося доцільним вирішувати питання організації діяльності Держарбітражу й арбітражного процесу, а також передбачалося обов'язкове видання відповідних законодавчих актів у союзних республіках. Другий варіант правового регулювання діяльності Держарбітражу передбачав видання Закону про Державний арбітраж у СРСР і Арбітражного процесуального кодексу СРСР. При цьому допускалася можливість правового регулювання питань діяльності Держарбітражу законодавчими актами союзних республік. Третій варіант передбачав видання Закону про Держарбітраж у СРСР і Основ законодавства Союзу РСР і союзних республік про арбітражне провадження. При цьому законодавчими актами союзних республік могли регулюватися як питання діяльності Держарбітражу, так і питання арбітражного провадження [239][316].

У концепції подальшого удосконалення діяльності Держарбітражу також пропонувалися заходи, спрямовані на розвиток функцій Держарбітражу, виходячи з його сутності як юрисдикційного органу, заходи щодо удосконалення арбітражного процесу і підвищення статусу державного арбітра. Визначалося також, що з розвитком ринкових відносин і розширенням самостійності господарських одиниць виникла потреба у новому підході до форм і методів попереджувальної діяльності арбітражу. Визнавалася за необхідне її переорієнтація на функції захисного, виховного характеру з наданням методичної допомоги підприємствам у договірній роботі. Також передбачалася кардинальна зміна нормотворчої діяльності арбітражу, що невластива йому. Висувалася вимога поступово відмовитися від видання нормативних актів безпосередньо Держарбітражем як правозастосовчим органом. Водночас вважалось за доцільне віднести до відання Держарбітражу проведення експертизи законодавчих актів з господарських питань, тобто встановлення обов'язкового порядку представлення для висновку державному арбітражу нормативних актів, що регулювали господарську діяльність і були прийняті будь-якими органами влади і управління.