Разом з тим, слід зазначити, що функція загального нагляду, яка була покладена на прокуратуру України, відповідно до статті 1 Закону України "Про прокуратуру"[130][191], більш реально забезпечувала можливість виявлення корупційних правопорушень та боротьбу з корупційними проявами.

Вважається вдалим залишення за прокуратурою України, згідно з пунктом 9 Перехідних положень Конституції України, функцій по нагляду за додержанням законів до моменту сформування відповідних органів, які будуть здійснювати нагляд в тій чи іншій сфері. Тобто, керуючись вищенаведеним, можна стверджувати, що повноваження прокуратури за додержанням законодавства, спрямованого на боротьбу з корупцією, повинні зберігатися до створення єдиного органу, основною функцією якого буде нагляд за дотриманням законодавства про боротьбу з корупцією, а також координація роботи всіх органів, які ведуть боротьбу з корупцією в Україні.

Наступним органом, який покликаний вести боротьбу з корупцією в Україні, але не менш важливим ніж попередній, є Міністерство внутрішніх справ України, у структурі якого створено спеціальний підрозділ по боротьбі з корупцією та організованою злочинністю. Правовий статус Міністерства внутрішніх справ визначено в Положенні про Міністерство внутрішніх справ України[154][192], яке було затверджене Указом Президента України від 17 жовтня 2000 року. Розглядаючи основні завдання та функції, виконання яких покладено на Міністерство внутрішніх справ України, відповідно до вищезгаданого Положення, слід відзначити, що боротьба із корупцією не віднесена до повноважень Міністерства внутрішніх справ.

Відповідно до пункту 1 Положення про Міністерство внутрішніх справ[154][193],  Міністерство внутрішніх справ є головним (провідним) органом у системі органів центральної виконавчої влади, з питань....., ведення боротьби із злочинністю,...

Натомість, при такому визначенні основних завдань Міністерства внутрішніх справ, ми знову повертаємося на шлях нормативно-правового визначення боротьби з корупцією як складової боротьби з організованою злочинністю, а отже, визначення корупції як складової більш ширшого поняття - організована злочинність.

Слід також відзначити, що і Закон України "Про міліцію" не відносить боротьбу з корупцією до її повноважень.

Тобто, розглядаючи повноваження Міністерства внутрішніх справ, у якому, відповідно до статті 4 Закону України "Про боротьбу з корупцією", створено спеціальний підрозділ для боротьби з корупцією, можна зробити висновок, що у визначенні основних завдань Міністерства внутрішніх справ України, у вищевказаному Положенні повинна була знайти своє відображення функція боротьби з корупцією.

Отже, відсутність чіткої визначеності повноважень спеціальних підрозділів, які ведуть боротьбу з корупцією в системі органів внутрішніх справ України, призводить до низької ефективної діяльності в питаннях боротьби з організованою злочинністю та корупцією.

Так, аналіз даних Міністерства внутрішніх справ України про результати боротьби з організованою злочинністю та корупцією, особливо в регіонах, засвідчує, що вони формуються в основному за рахунок загально-кримінальної злочинності, зокрема в 1998 р. із виявлених спеціальними підрозділами Міністерства внутрішніх справ України 6 241 злочинів тільки 109 складають факти хабарництва, 467 - вимагань, 806 - розкрадань, 61 - бандитизму, усі інші - загально-кримінальні злочини, в тому числі - 2232 - звичайні крадіжки.[69][194]

Крім того, така неефективність роботи спеціальних підрозділів, які покликані вести боротьбу з організованою злочинністю та корупцією в системі органів Міністерства внутрішніх справ України, на нашу думку, може полягати в тому, що відповідно до Закону України "Про внесення змін і доповнень до Закону України "Про організаційно-правові основи боротьби з організованою злочинністю"[135][195], спеціальні підрозділи були підпорядковані керівникам регіональних управлінь внутрішніх справ.

Слушною в даному випадку вважається думка Мельника М., який відзначив[75][196], що у кращому випадку керівники місцевих органів внутрішніх справ завантажували спецпідрозділи поточними завданнями на виявлення і розслідування загально кримінальних злочинів, крадіжок, грабежів, групових хуліганств, і т.д.

Аналізуючи вищенаведені причини неефективності діяльності спеціальних підрозділів Міністерства внутрішніх справ України, які ведуть боротьбу з організованою злочинністю та корупцією, на нашу думку, слід, по-перше, чітко визначити повноваження Міністерства внутрішніх справ у сфері боротьби з організованою злочинністю та корупцією на нормативному рівні; по-друге, вивести спеціальні підрозділи, які ведуть боротьбу з організованою злочинністю та корупцією, із підпорядкування керівників відповідних регіональних управлінь внутрішніх справ, безпосередньо підпорядкувавши районні спеціальні підрозділи, обласним, районні у містах - міським управлінням, а міські та обласні спец підрозділи - Головному управлінню по боротьбі з організованою злочинністю Міністерства внутрішніх справ, керівник якого повинен бути підконтрольний та підзвітній виключно Міністру внутрішніх справ України.

Важливе місце серед органів, які ведуть боротьбу з корупцією займають спеціальні підрозділи по боротьбі з корупцією та організованою діяльністю, які створюються в системі органів Служби безпеки України. Діяльність служби безпеки України була  регламентована на законодавчому рівні в Законі України "Про Службу безпеки України".[133][197]

На відміну від Закону України "Про міліцію" та Положення про Міністерство внутрішніх справ України, затвердженого Указом Президента України від 17 жовтня 2000 року, Закон України "Про службу безпеки України"[133][198] одним із завдань Служби безпеки України визначив попередження, виявлення, припинення та розкриття ..., корупції та організованої діяльності в сфері управління та економіки.