Відповідно до ст. 9 Закону України "Про амністію" від 11 липня 2003 р. [111] питання про застосування амністії стосовно засуджених, вироки щодо яких набрали законної сили і звернені до виконання, суд вирішує за ініціативою органу або установи виконання покарань, а також за ініціативою засудженого, його захисника чи законного представника. Застосування цього Закону здійснюється щодо: умовно засуджених, звільнених від відбування покарання з випробуванням та яких засуджено до покарань, не пов'язаних з позбавленням волі, - за поданням органу виконання покарань, погодженим з органом внутрішніх справ, який здійснює контроль за поведінкою засудженого або за заявою самої особи, її захисника чи законного представника; засуджених, які перебувають у місцях позбавлення волі або відбувають покарання у виді арешту, обмеження волі чи тримання в дисциплінарному батальйоні військовослужбовців, - за поданням начальника кримінально-виконавчої установи, погодженим з відповідною спостережною комісією або службою у справах неповнолітніх, командування дисциплінарного батальйону, військової частини, начальника гарнізону, органів управління Військової служби правопорядку у Збройних Силах України або за заявою самого засудженого, його захисника чи законного представника. До подання додаються довідка про заохочення і стягнення, особова справа засудженого та інші документи, необхідні для вирішення питання про застосування амністії.

Під час розгляду судами справ про застосування амністії участь прокурора в судовому засіданні є обов'язковою. Якщо розглядається справа про застосування амністії щодо неповнолітньої особи, участь її законного представника в судовому засіданні є обов'язковою. За наявності належним чином оформлених повноважень у судовому засіданні бере участь захисник. Цим Законом також передбачено, що застосування амністії не допускається у випадку, коли засуджений проти цього заперечує.

Рішення про застосування або незастосування амністії приймається судом щодо кожної особи індивідуально на підставі ретельної перевірки матеріалів особової справи та відомостей про поведінку засудженого за час відбування покарання. Така особа викликається в судове засідання і може давати пояснення. У разі відсутності необхідних відомостей про особу, до якої застосовується амністія, розгляд питання про застосування амністії відкладається до їх одержання.

Статтею 4051 КПК передбачений порядок вирішення судами питань, щодо виконання закону, який звільняє від покарання або пом'якшує покарання.

Відповідно до ст. 74 КК особа, засуджена за діяння, караність якого законом усунена, підлягає негайному звільненню від призначеного судом покарання (ч. 2 цієї статті), а призначене засудженому покарання, що перевищує санкцію нового закону, знижується до максимальної межі покарання, встановленої санкцією нового закону (ч. 3).

Питання, що виникають при виконанні закону, який звільняє від покарання або пом'якшує покарання, вирішуються судом, який постановив вирок, або за місцем виконання вироку в порядку, передбаченому ст. 411 КПК.

Вирішуючи таке питання, суд не перевіряє матеріали кримінальної справи і, приймаючи рішення, виходить з обставин, встановлених судом при постановленні вироку, та юридичної кваліфікації діяння, даної судом у вироку, що виконується.

За чинним КПК надано право звернутися до суду з цього питання засудженому, а також прокурору чи органу, або установі виконання покарань.

Відповідно до ст. 531 КПК в разі незаконного продовження виконання призначеного покарання у випадках, коли кримінальний закон, який усуває караність діяння, набрав чинності, суд зобов'язаний вжити необхідних заходів до відшкодування шкоди, завданої особі. Водночас, необхідно зазначити, що Законом України від 1 грудня 1994 р. "Про порядок відшкодування шкоди завданої громадянинові незаконними діями органів дізнання, попереднього слідства, прокуратури і суду" не передбачено відшкодування шкоди заподіяної громадянинові в разі незаконного продовження виконання призначеного покарання у зазначених випадках, тому цей Закон потребує необхідних змін та уточнень. Враховуючи необхідність своєчасно вирішувати зазначені питання з метою усунення випадків незаконного продовження виконання призначеного покарання, слід надати право звернутися до суду з клопотанням про звільнення від покарання засудженого чи пом'якшення йому покарання також його законному представнику та захиснику.

При виконанні судових рішень у кримінальних справах і після їх виконання в порядку, передбаченому ст. 411 КПК, судами вирішуються ще й інші питання, такі як застосування примусового лікування до засуджених, які є алкоголіками чи наркоманами, і його припинення; зарахування в строк покарання часу перебування засудженого в лікувальній установі; про тимчасове залишення засудженого в слідчому ізоляторі чи в тюрмі і переведення з установи виконання покарань до слідчого ізолятора чи тюрми; про зняття судимості тощо.

КК 1960 р. (ст. 14) передбачав примусове лікування лише хронічних алкоголіків і наркоманів. Це ж положення було сприйняте і КПК, у статті 4111 якого передбачався порядок застосування судом примусового лікування до засуджених, які є алкоголіками чи наркоманами, і його припинення.

У зазначеній статті є посилання на ст. 96 КК 2001 р., але її положення пристосовані у КПК лише до засуджених, які є алкоголіками чи наркоманами і відбувають покарання у виправно-трудовій установі. Між тим КК не конкретизує категорії засуджених, що відбувають покарання.

Відповідно до ч. 1 ст. 96 КК примусове лікування може бути застосоване судом, незалежно від призначеного покарання, до осіб, які вчинили злочини та мають хворобу, що становить небезпеку для здоров'я інших осіб.

Основи законодавства України про охорону здоров'я від 19 листопада 1992 р. до соціально небезпечних захворювань відносять не тільки хронічний алкоголізм і наркоманію, а й туберкульоз, психічні, венеричні захворювання, СНІД, лепру.

Особа, засуджена за вчинення злочину, вважається  судимою із дня  набрання обвинувальним вироком суду законної сили до погашення або зняття судимості. Судимість має правове значення у випадку вчинення нового злочину та в інших  передбачених законом випадках. Вчинення злочину особою повторно і рецидив злочинів у відповідності зі ст. 67 КК визнаються обставиною, що обтяжує покарання. Особи, судимість яких погашена, вважаються такими, що не мають судимості. Строки погашення судимості, передбачені ст. 89 КК, обчислюються з дня відбуття основного і додаткового покарання. Відповідно до ст. 91 КК, якщо особа після відбування покарання у виді обмеження волі або позбавлення волі зразковою поведінкою і сумлінним ставленням до праці довела своє виправлення, суд може зняти з неї судимість до закінчення строків, зазначених у ст. 89 КК, за умови, що минуло не менше половини цього строку. Щодо особи, яка вчинила злочин у віці до 18 років, дострокове зняття судимості допускається лише якщо ця особа відбула покарання у виді позбавлення волі за тяжкий або особливо тяжкий злочин за наявності підстав, передбачених у ст. 91 КК, після закінчення не менш як половини строків погашення судимості, зазначених у ч. 2 ст. 108 КК.

Порядок розгляду судом клопотань про дострокове зняття судимості врегульовано ст. 414 КПК. Згідно з положеннями цієї статті з клопотанням про зняття судимості можуть звернутися до суду: особа, яка відбула покарання і колектив підприємства, установи або організації. Клопотання розглядається  суддею без витребування судової справи, за участю особи, яка його порушила, а у разі порушення клопотання колективом підприємства, установи, організації, то й за участю їх представника. Суддя в разі необхідності може витребувати необхідні документи.     

Слід зазначити, що положення ст. 414 КПК про те, що неявка прокурора в судове засідання не зупиняє розгляду клопотання суддею, суперечить засадам змагальності і публічності судочинства, які діють і на стадії виконання вироку.       При виконанні вироків іноді вирішується питання щодо визначення порядку застосування  покарання при наявності декількох вироків (ст. 413 КПК). Питання визначення порядку застосування покарання при наявності декількох вироків можуть вирішуватися в стадії виконання  вироку у випадках: якщо щодо засудженого є неприведений у виконання вирок, про який не було відомо суду, що ухвалив останній за часом вирок, і тому суд не призначив покарання за сукупністю вироків; якщо під час виконання покарання, призначеного за сукупністю вироків, перший з них скасований у порядку виключного провадження або в касаційному порядку (у справах, зазначених у  ч. 2 ст. 383 КПК), внаслідок чого необхідно виключити із сукупності міру покарання,  призначену судом за  скасованим вироком.

Ці питання вирішуються суддею одноособово або судом у колегіальному складі в залежності від того, яким судом і в якому складі постановлені вироки: постановою судді районного (міського суду), якщо всі вироки ухвалені суддями одноособово; ухвалою районного (міського) суду, якщо хоча б один з вироків ухвалений місцевим судом в колегіальному складі; ухвалою апеляційного суду, якщо хоча б один з вироків постановлено апеляційним судом.

У процесі виконання вироків може вирішуватися лише питання, яке постало щодо виконання вироків, про наявність одного з яких не було відомо суду, що ухвалив останній за часом вирок, і суд при постановленні останнього вироку не міг призначити покарання за сукупністю вироків. На це звернув увагу Пленум Верховного Суду України у постанові "Про практику призначення судами кримінального покарання" від 24 жовтня 2003р. № 7 [295, с. 46-56].

Визначаючи порядок застосування покарання засудженому, щодо якого є не приведений у виконання вирок, про який не було відомо суду, що ухвалив останній вирок, суд зобов'язаний керуватися ст. 71 КК, яка передбачає призначення покарання за сукупністю вироків, і визначає загальний розмір покарання, що підлягає відбуванню.  Однак вироки і після цього зберігають своє самостійне значення й у випадку скасування одного з них інші залишаються в силі і їх виконання продовжується.

Порядок заміни штрафу покаранням у виді громадських робіт, виправних робіт штрафом, обмеження чи позбавлення волі службовим обмеженням, позбавлення волі триманням у дисциплінарному батальйоні передбачений ст. 410 КПК.

Відповідно до ч. 4 ст. 53 КК у випадку неможливості сплати штрафу, призначеного як у виді основного, так і додаткового покарання, суд може замінити несплачену суму штрафу покаранням у виді громадських або виправних робіт.

Особам, які засуджені до виправних робіт, але стали непрацездатними після постановлення вироку суду, суд може замінити  виправні роботи штрафом (ч. 3 ст. 57 КК).

Військовослужбовцю (крім військовослужбовців строкової служби), засудженому до покарання у виді обмеження волі або позбавлення волі, суд, враховуючи обставини справи й особу засудженого, може обмеження волі або позбавлення волі на строк не більш двох років замінити службовим обмеженням на той самий строк (ч.1 ст. 58 КК).

Покарання у виді позбавлення волі строком не більш двох років, призначене військовослужбовцю строкової служби, суд, враховуючи обставини справи й особу засудженого, може замінити триманням у дисциплінарному батальйоні на той самий строк (ч. 1 ст. 62 КК). Всі питання, зазначені у ст. 410 КПК, вирішуються суддею районного (міського) суду за місцем виконання вироку за поданням органу чи установи виконання покарань або за клопотанням колективу, а щодо неповнолітніх-подання має бути погодженим із службою у справах неповнолітніх.