Випадки відмови Верховною Радою України надання згоди на притягнення народного депутата України до кримінальної відповідальності хоч і не часто зустрічається, але час від часу завдає і органам слідства, і судам багато клопоту, що є наступною проблемою. Правова природа такого рішення в КПК невизначена. З цього приводу в ньому немає жодного слова. Але оскільки в ст. 80 Конституції України передбачено норму про те, що народний депутат України може бути притягнутий до кримінальної відповідальності лише за наявності згоди Верховної Ради України, зазначена норма має бути реалізована в КПК, тому що можлива й відмова в наданні такої згоди, і тоді справу необхідно закривати. Вважаємо, що в КПК необхідно закріпити норму про те, що за наявності події і складу злочину, а також даних про участь особи у вчиненні злочину, тобто за відсутності реабілітуючих підстав для закриття кримінальної справи, ця справа підлягає закриттю у зв'язку з відмовою компетентного державного органу в наданні згоди на притягнення особи до кримінальної відповідальності. Оскільки в КПК на сьогодні такої норми немає, органи слідства і суди повинні посилатися на підставу для закриття кримінальної справи, яка випливає зі ст. 80 Основного Закону, тобто застосовувати цю статтю як акт прямої дії.

У законі має бути вирішене питання і про те, як бути органам слідства і суду в разі вчинення діяння особою в період, коли вона ще не мала відповідного імунітету, але набула його на момент порушення кримінальної справи, пред'явлення обвинувачення чи розгляду справи в суді. Аналогічно повинно бути врегульоване і питання відповідальності особи, яка на час вчинення діяння мала відповідний імунітет, але вже не має його на момент порушення кримінальної справи, пред'явлення обвинувачення чи розгляду справи в суді. На нашу думку, в  кожному такому випадку відповідні процесуальні суб'єкти права мають звернутися до Верховної Ради України про надання згоди на притягнення такої особи до кримінальної відповідальності. При відмові в цьому справа має бути закрита за зазначеною підставою. В законі також має бути визначено, хто має звертатися до Верховної Ради України з поданням про дачу згоди на притягнення особи до кримінальної відповідальності, якщо право цієї особи на відповідний імунітет встановлено чи виникло на стадії розгляду справи в суді, коли остання не підконтрольна прокурору, оскільки згідно зі ст. 27 Закону України "Про статус народного депутата України" від 17 листопада 1992 р. [123] і ст. 9.6.1 Регламенту Верховної Ради України [316] у справах, порушених органами досудового слідства, право порушити  питання перед Верховною Радою України про надання згоди на притягнення особи до кримінальної відповідальності надано лише Генеральному прокурору України. Звичайно, суд не може клопотатися про притягнення особи до кримінальної відповідальності, оскільки це елементи кримінального переслідування, що є  неприпустимим для суду. Але в такому разі законодавець повинен врегулювати питання про те, яким чином на цій стадії процесу прокурор міг би опікуватися зазначеним питанням.

Застосування майже кожної із підстав для закриття кримінальної справи має свої проблеми. Так, ст. 86 КК передбачено можливість амністування особи, яка вчинила злочин. Амністія може бути зі звільненням від кримінальної відповідальності, й тоді кримінальна справа має бути закрита. Оскільки в Україні закон про амністію приймається майже кожний рік, органи слідства і суди вимушені застосовувати його постійно. В той же час законодавство з питань амністій в Україні недосконале.

Основні правила амністування осіб, які вчинили злочини, передбачені ст. 86 КК, а також Законом України "Про застосування амністії в Україні" від 1 жовтня 1996 р. [118]. Окремі правила процесуального порядку передбачені в КПК, а також у конкретних законах про амністію. На жаль, вони суперечать один одному. Так, згідно зі ст. 6 КПК кримінальну справу не може бути порушено, а порушена справа підлягає закриттю внаслідок акта амністії, якщо він усуває застосування покарання за вчинене діяння.

Виходячи з аналізу статей 211-214, 2321 КПК, якими врегульовано порядок закриття кримінальної справи на стадії досудового слідства і права прокурора щодо нагляду за законністю цих процесуальних рішень, справа внаслідок акта амністії може бути закрита на стадії досудового слідства слідчим, якщо обвинувачений, який амністується, не заперечує проти цього.

Відповідно до ст. 248 КПК за наявності даних про те, що обвинувачений підлягає звільненню від кримінальної відповідальності внаслідок амністії і не заперечує проти цього, суддя при попередньому розгляді справи своєю мотивованою постановою зобов'язаний закрити кримінальну справу. Водночас ст. 282 КПК, якою врегульовано порядок закриття справи судом під час судового розгляду, не передбачено право суду на закриття кримінальної справи внаслідок амністії, яка звільняє обвинуваченого від кримінальної відповідальності. Таким чином, відповідно до положень КПК кримінальна справа може бути закрита внаслідок акта амністії слідчим, коли справа перебуває в його провадженні, і суддею при попередньому розгляді справи.

Аналогічно до 2001 р. законодавець орієнтував і слідчих, і суддів при прийнятті законів про амністію, зокрема він покладав обов'язок щодо їх виконання відповідно на органи слідства і суди. У 2001 р. він змінив позицію і в ст. 11 Закону України "Про амністію" від 5 липня 2001 р. [112] зазначив, що виконання цього Закону покладається виключно на суди. Це абсолютно правильне рішення, оскільки лише суд має право визнати особу винною (невинуваті не можуть амністуватись; вони мають бути виправдані або справа щодо них має бути закрита з реабілітуючих підстав). Разом з тим законодавець не виявив послідовності, оскільки не вніс відповідних змін у КПК, в результаті чого є два закони, які суперечать один одному і викликають непорозуміння в слідчій і судовій практиці. Оскільки надання права лише суду на амністування особи, яка вчинила злочин, відповідає вимогам Конституції України, саме таким чином повинні діяти і слідчі, і прокурори, і судді. Але в КПК слід передбачити відповідні права суду та процедуру розгляду цих справ.

Ми майже фрагментарно проаналізували лише окремі проблеми закриття кримінальної справи. Як бачимо, інститут закриття кримінальної справи надзвичайно складний. На жаль, в КПК він врегульований поверхово. Проте ця категорія справ для суддів - одна із тих, що розглядаються майже щодня. І тому при підготовці нового КПК цьому інституту необхідно приділити максимум уваги.

Ми, в межах наукового дослідження, торкнулися питань, що безпосередньо випливають із статей 5, 6 Конвенції про захист прав людини і основних свобод, проаналізувавши найактуальніші проблеми, що виникають у судах першої інстанції при розгляді кримінальних справ, зокрема, щодо процесуального забезпечення справедливого і відкритого розгляду таких справ упродовж розумного строку незалежним і безстороннім судом, та, відповідно, окреслили шляхи їх розв'язання, правове становище прокурора при його відмові від підтримання обвинувачення тощо. Маємо надію, що фахівці в галузі кримінального права розвинуть наші думки, а законодавцем буде прийнято до уваги висловлене в дослідженні та враховано при прийнятті нового чи внесенні змін до чинного законодавства.