У зв'язку з недосконалістю закону, як свідчить судова практика, суди апеляційної і касаційної інстанцій, встановивши, що участь засудженого у вчиненні злочину не доведено, скасовують вироки і закривають справи, застосовуючи аналогію статей 213 і 327 КПК. На нашу думку, це правильно, але законодавець має ліквідувати суперечність між статтями 376, 4001 КПК (що встановлюють підстави для закриття справи апеляційним чи касаційним судом лише за обставин, передбачених статтями 6, 7, 71, 72, 8, 9, 10, 111 КПК) і статтями 366, 396 цього ж Кодексу.

Слід звернути увагу на те, що органи дізнання не наділені правом закривати кримінальні справи за недоведеністю участі обвинуваченого у вчиненні злочину, оскільки це рішення приймається лише щодо обвинуваченого після проведеного досудового слідства, що не належить до повноважень органів дізнання.

Наведені нами три підстави для закриття кримінальної справи, передбачені пунктами 1 і 2 ч. 1 ст. 6, п. 2 ст. 213 та ст. 282 КПК, є реабілітуючими, тобто такими, що вказують на невинуватість особи. Порушена кримінальна справа може бути закрита також з інших підстав, зокрема: внаслідок акта амністії, якщо він усуває застосування покарання за вчинене діяння (ст. 86 КК, п. 4 ч. 1 ст. 6 КПК); у зв'язку з помилуванням окремих осіб (ст. 87 КК, п. 4 ч. 1 ст. 6 КПК); щодо особи, яка на час вчинення суспільно небезпечного діяння не досягла 11-річного віку (п. 5 ч. 1 ст. 6 КПК); за примиренням обвинуваченого, підсудного з потерпілим у справах приватного обвинувачення, крім випадків, передбачених ст. 27 КПК (п. 6 ч. 1 ст. 6 КПК); за відсутністю скарги потерпілого у справах приватного і приватно-публічного обвинувачення, крім випадків, передбачених ч. 3 ст. 27 КПК (п. 7 ч. 1 ст. 6 КПК); щодо померлого, за винятком випадків, коли провадження у справі є необхідним для реабілітації померлого або відновлення справи щодо інших осіб за нововиявленими обставинами (п. 8 ч. 1 ст. 6 КПК); щодо особи, про яку є вирок за тим же обвинуваченням, який набрав законної сили, або ухвала чи постанова суду про закриття справи з тієї ж підстави (п. 9 ч. 1 ст. 6 КПК); щодо особи, про яку є не скасована постанова органу дізнання, слідчого, прокурора про закриття справи за тим же обвинуваченням (п. 10 ч. 1 ст. 6 КПК); внаслідок зміни обстановки, коли вчинене діяння втратило суспільну небезпечність або особа перестала бути суспільно небезпечною (ст. 48 КК, ст. 7 КПК); у зв'язку з дійовим каяттям обвинуваченого (ст. 45 КК, п. 1 ч. 1 ст. 71 КПК); у разі примирення обвинуваченого, підсудного з потерпілим (ст. 46 КК, п. 2 ч. 1 ст. 71 КПК); у зв'язку із застосуванням до неповнолітнього примусових заходів виховного характеру (п. 3 ч. 1 ст. 71 КПК, ст. 447 КПК); у зв'язку з передачею особи на поруки колективу підприємства, установи чи організації (ст. 47 КК, п. 4 ч. 1 ст. 71 КПК); через закінчення строків давності (ст. 49 КК, п. 5 ч. 1 ст. 71 КПК); у зв'язку з відмовою Верховної Ради України дати згоду на притягнення до кримінальної відповідальності народного депутата України (ст. 80 Конституції України).

Особливою частиною КК передбачено також ряд підстав для звільнення обвинуваченого від кримінальної відповідальності. Згідно зі ст. 44 КК порядок цього звільнення повинен бути встановлений законом. І хоч таке звільнення вимагає закриття кримінальної справи, в КПК не передбачено ні підстав для цього звільнення, ні процедури закриття справи. Зокрема, відповідно до ч. 2 ст. 111, ч. 2 ст. 114, ч. 3 ст. 175, ч. 4 ст. 212, ч. 2 ст. 255, ч. 5 ст. 258, ч. 6 ст. 260, ч. 3 ст. 263, ч. 4 ст. 289, ч. 4 ст. 307, ч. 4 ст. 309, ч. 4 ст. 311, ч. 3 ст. 369 КК за наявності передбачених ними умов особа звільняється судом від кримінальної відповідальності. Оскільки, як відомо, звільнення від кримінальної відповідальності осіб, що вчинили злочин, здійснюється не шляхом постановлення обвинувального чи виправдувального вироку, в КПК необхідно терміново передбачити порядок розгляду таких справ та винесення ухвал, постанов про закриття справ і звільнення особи від кримінальної відповідальності. Відсутність такого порядку створює серйозні проблеми для провозастосовної діяльності.

Аналізуючи комплексно і системно підстави для закриття кримінальної справи, передбачені положеннями КПК і КК, для  більшої  зручності дослідження зазначених проблем вважаємо, що ці підстави можуть бути поділені на групи за рядом спільних ознак.

До першої групи слід віднести реабілітуючі підстави, передбачені пунктами 1 і 2 ч. 1 ст. 6 КПК (відсутність події злочину і відсутність в діянні складу злочину), п. 2 ст. 213 КПК (недоведеність участі обвинуваченого у вчиненні злочину), а також підставу, передбачену ч. 2 ст. 282 КПК, яка пов'язана з ними (якщо прокурор відмовився підтримувати державне обвинувачення, а потерпілий не бажає скористатися правом вимагати продовження розгляду справи). До другої групи можуть бути віднесені підстави, які ґрунтуються на принципі, відомому в світі як non bis in idem, тобто: не можна двічі за одне й те саме.  Цей принцип відтворений у ч. 3 ст. 2 КК: ніхто не може бути притягнений до кримінальної відповідальності за той самий злочин більше одного разу. Маються на увазі підстави, передбачені пунктами 9-11 ч. 1 ст. 6 КПК (за наявності: вироку за тим же обвинуваченням, що набрав законної сили, або ухвали чи постанови суду про закриття справи з тієї ж підстави; нескасованої постанови органу дізнання, слідчого, прокурора про закриття справи за тим же обвинуваченням; нескасованої постанови органу дізнання, слідчого, прокурора про відмову в порушенні справи за тим самим фактом). Їх не можна вважати ні реабілітуючими, ні нереабілітуючими, оскільки в постановах, ухвалах про закриття справ з цих підстав не вирішується питання по суті справи, а лише констатується факт наявності в цій справі процесуального рішення компетентного органу чи особи, яке є перепоною для подальших процесуальних дій. Рішення про закриття справи з цих підстав може бути прийняте органом дізнання, слідчим, прокурором, суддею при її попередньому розгляді і судом під час її судового розгляду, а також судами апеляційної, касаційної та виключної інстанцій. До третьої групи можна віднести підстави, передбачені пунктами 4 і 6 ч. 1 ст. 6, а також пунктами 2 і 5 ч. 1 ст. 71 КПК. Передбаченими законом підставами для закриття справи в цих випадках є амністія, помилування, примирення обвинуваченого, підсудного з потерпілим, закінчення строків давності. Всі ці підстави ґрунтуються на актах прощення обвинуваченого, підсудного за певні діяння державою чи потерпілим. До четвертої групи слід віднести підстави, передбачені п. 5 ч. 1 ст. 6, п. 3 ч. 1 ст. 71 та ст. 447 КПК. Їх об'єднує той факт, що вони стосуються особи, яка на час вчинення суспільно небезпечного діяння не досягла 11-річного чи 18-річного віку. До п'ятої групи віднесемо підстави, передбачені ст. 7 і пунктами 1, 4 ст. 71 КПК. Вони застосовуються лише залежно від поведінки обвинуваченого, підсудного. До шостої групи віднесемо всі підстави для звільнення від кримінальної відповідальності, а отже, і закриття справ, які передбачені в окремих названих нами статтях Особливої частини КК. Решту підстав для закриття справи, зокрема передбачених пунктами 7, 8 ч. 1 ст. 6 КПК (за відсутністю скарги потерпілого і щодо померлого) та в разі відсутності згоди відповідного державного органу влади на притягнення  як обвинуваченого (ст. 80 Конституції України), важко звести під якийсь спільний знаменник.

Як бачимо, матеріальним та процесуальним законом передбачено велику кількість підстав для закриття кримінальної справи. На жаль, всі ці підстави містяться в різних законах, які опрацьовувалися безсистемно, неузгоджено, і тому застосовувати їх важко. Крім того, є підстава для закриття кримінальної справи, яка взагалі в законі не згадується, але суди з нею зустрічаються часто: усунення караності діяння.

Передбачена законом можливість закрити кримінальну справу трансформується із закріпленого у ст. 2 КПК завдання кримінального судочинства, зокрема, з вимоги, щоб жодна невинувата особа не була покарана. Крім того, законне й обґрунтоване закриття кримінальної справи забезпечує незастосування кримінального покарання до тих осіб, які винні у вчиненні злочинів, що не являють великої суспільної небезпеки, і можуть бути виправлені без покарання. Проте необґрунтоване закриття кримінальної справи шкодить боротьбі зі злочинністю, дозволяє окремим злочинцям уникнути покарання, обмежує права та законні інтереси осіб, які постраждали від злочину, порушує принцип справедливості. Закриття кримінальної справи - це остаточне закінчення всіх процесуальних дій у справі, яке не передбачає поновлення провадження в ній у майбутньому. У зв'язку з цим до закриття кримінальної справи слід підходити надзвичайно виважено й обережно.

Прийняти рішення про закриття кримінальної справи відповідний процесуальний суб'єкт права може лише після всебічного, повного й об'єктивного дослідження всіх її обставин та оцінки зібраних і перевірених доказів у їх сукупності. При цьому закриття кримінальної справи за недоведеності участі обвинуваченого у вчиненні злочину можливе лише в тих випадках, коли встановлені подія злочину та склад злочину і конкретній особі було пред'явлено обвинувачення, але при подальшому дослідженні обставин справи встановлено, що зібраних доказів недостатньо для обвинувачення людини і всі передбачені законом можливості для їх збирання вичерпані. Слід зазначити, що аналогічно повинен діяти і відповідний суб'єкт права на закриття кримінальної справи за нереабілітуючими підставами. Зокрема, щоб закрити кримінальну справу за такими підставами, необхідно встановити подію та склад злочину, довести вину конкретного обвинуваченого у вчиненому злочині, зібрати всі необхідні дані, які підтверджують наявність нереабілітуючої підстави для закриття справи, та отримати згоду обвинуваченого на закриття цієї справи за такою підставою. Якщо обвинувачений (а у випадку його смерті - близькі родичі) заперечують проти закриття кримінальної справи за нереабілітуючими підставами, вона має розглядатись у загальному порядку.