У ст. 6 КПК вказано, що закриття кримінальної справи не допускається, якщо обвинувачений заперечує проти цього, лише у випадку, передбаченому п. 4, тобто за наявності акта амністії чи помилування. Право обвинуваченого заперечувати проти закриття справи передбачено і ст. 71 КПК. І хоча в інших випадках законом цього не передбачено, слід виходити з того, що при закритті кримінальної справи з нереабілітуючих підстав обвинувачений де-факто визнається винним у вчиненні злочину. В таких випадках він несе не кримінальну, а цивільно-правову відповідальність. Судове рішення про закриття кримінальної справи з нереабілітуючих підстав має преюдиційне значення при розгляді справи про відшкодування шкоди в цивільно-процесуальному порядку, і тому обвинуваченому не байдуже, як вирішується його доля, - він має право захищатися. Він також може вимагати виправдання, і саме із цих міркувань слід визнати правильною практику тих слідчих і суддів, які при порушенні питання про закриття кримінальної справи з нереабілітуючих підстав в усіх випадках прагнуть мати згоду обвинуваченого на це. З урахуванням наведених обставин бажано, щоб у КПК із зазначеного питання були ясність і чіткість щодо нереабілітуючих підстав закриття кримінальної справи. Слідчий, перше ніж вирішувати питання про складення постанови про необхідність закриття справи і направлення її до суду, зобов'язаний з'ясувати в обвинуваченого, чи не заперечує він проти цього, причому позиція обвинуваченого повинна бути чітко зафіксована у відповідному протоколі після роз'яснення йому його права. Давши згоду слідчому на закриття справи, обвинувачений має право змінити свою позицію в судовому засіданні, і тому суд зобов'язаний перевірити  ще раз цю обставину й позицію обвинуваченого зафіксувати в протоколі. Якщо справа надійшла до суду з обвинувальним висновком, але в ході судового розгляду встановлено, що вона має бути закрита з нереабілітуючих підстав, суд повинен з'ясувати позицію підсудного і лише залежно від неї відповідно діяти. Згідно з нормами КПК суд може закрити кримінальні справи, що надійшли з обвинувальним висновком, у разі, коли будуть встановлені підстави для цього, а також справи, які надійшли від прокурора з постановою про закриття справи з нереабілітуючих підстав. На жаль, у КПК не передбачено процедури, за якою суд повинен розглядати кримінальну справу, що надійшла з постановою про її закриття. В новому КПК ця прогалина має бути заповнена. Поки що суди діють за аналогією закону і розглядають такі справи в порядку, передбаченому для тих, які надійшли до суду з обвинувальним висновком або постановою про застосування примусових заходів медичного чи виховного характеру. На нашу думку, такий підхід є правильним. Але за відсутності законодавчого регулювання неминуче виникають різні підходи, різні шляхи вирішення окремих проблем. Так, окремі суди, розглядаючи справи, які надійшли з постановами про їх закриття з нереабілітуючих підстав, у разі незгоди обвинуваченого на їх закриття повертають ці справи прокурору для складення обвинувального висновку. Проте це є погіршенням становища обвинуваченого, на яке суд без клопотання прокурора, потерпілого чи його представника не має права. І тому, якщо таких клопотань немає, а обвинувачений не погоджується на закриття справи з нереабілітуючих підстав, суд, дослідивши повно, всебічно й об'єктивно обставини справи, використавши всі передбачені законом можливості для дослідження цих обставин, встановивши відсутність події чи складу злочину або недоведеність участі обвинуваченого у вчиненні злочину, має закрити справу за однією із цих підстав. Але якщо буде встановлено і подію, і склад злочину, і вину обвинуваченого у його вчиненні, то за наявності передбаченої законом нереабілітуючої підстави для закриття справи суд має закрити справу за цією підставою, незважаючи на те, що обвинувачений не дає згоди на це.

Складніше діяти, коли суд, установивши наявність події, складу злочину і вини обвинуваченого у вчиненні злочину, не знайде тієї нереабілітуючої підстави, на яку орієнтували його прокурор та слідчий. У цьому випадку за наявності відповідного клопотання прокурора, потерпілого чи його представника суд має повернути справу на додаткове розслідування прокурору. Але якщо такого клопотання немає, суд повинен відмовити у закритті справи і повернути її прокурору.

Головні проблеми, пов'язані із застосуванням законів, що регулюють закриття кримінальної справи, полягають у суперечливості і непослідовності положень самих законів. Так,  згідно з ч. 3 ст. 111 КПК, якщо в ході дізнання та досудового слідства протягом строків, зазначених у ч. 1 ст. 49 КК, не встановлено особу, котра вчинила злочин, прокурор або слідчий за згодою прокурора направляє кримінальну справу до суду для вирішення питання про її закриття за підставою, передбаченою ч. 2 ст. 49 КК, в якій закріплено правило, що перебіг давності зупиняється, якщо особа, яка вчинила злочин, ухилилася від слідства або суду. В цих випадках перебіг давності відновлюється з дня з'явлення особи із зізнанням чи її затримання або особа звільняється від кримінальної відповідальності, якщо з часу вчинення злочину минуло 15 років.

Частина 3 ст. 111 КПК, на нашу думку, виписана без урахування ч. 3 ст. 49 КК, зокрема того, що перебіг давності переривається, якщо до закінчення зазначених у частинах 1 та 2 цієї статті строків особа вчинила новий злочин середньої тяжкості, тяжкий або особливо тяжкий злочин. Як же можна судді закривати кримінальну справу, якщо невідомо, вчинила особа нові злочини чи ні, тобто перервався перебіг строку давності чи ні? Крім того, окремі злочини мають такі кваліфікуючі ознаки: повторність; вчинені за попередньою змовою групою осіб; вчинені організованою групою або злочинною організацією, - тобто їх кваліфікація залежить від особи злочинця. І тому оцінювати такий злочин лише з точки зору фактичної сторони не можна. У зв'язку з цим і закривати справу, орієнтуючись лише на фактичну сторону діяння, також не можна. Ця норма видається нам шкідливою для боротьби зі злочинністю. Насамперед вона не направлена на захист інтересів потерпілого від злочину: він залишається сам на сам зі своєю проблемою. Фактично ч. 3 ст. 111 КПК спонукає злочинця, якого своєчасно не встановили і не притягли до відповідальності, не з'являтися в органи слідства із зізнанням. Вона не спонукає і органи слідства до особливо активних дій щодо пошуку особи, винної у вчиненні злочину. І органи слідства, і злочинця влаштовує те, що через визначений у законі строк справу буде закрито, при цьому судом, який таким чином бере на себе відповідальність за дії (або бездіяльність) правоохоронних органів.

Важко погодитися з тим, що у зв'язку із закінченням строків давності, тобто з нереабілітуючих підстав, справа може закриватися щодо невідомої особи. З точки зору теорії права це нісенітниця. В цьому плані ч. 3 ст. 111 КПК суперечить змісту ч. 3 ст. 71 КПК, оскільки в останній закріплено норму про те, що закриття кримінальної справи із закінченням строків давності можливе лише щодо обвинуваченого та підсудного, тобто конкретної особи, і то за умови, що вони не заперечують проти цього. Ніяких винятків ст. 71 КПК не передбачено, і тому законодавцю слід більш уважно подивитись на ч. 3 ст. 111 КПК. Поки ж цього не відбулося, суди мають застосовувати ст. 111 КПК з урахуванням вимог ч. 3 ст. 49 КК, а також ст. 71 КПК. При цьому слід пам'ятати, що при закритті кримінальної справи у зв'язку із закінченням строку давності одночасно особа звільняється від кримінальної відповідальності, звільнити ж від такої відповідальності можна лише конкретну особу за наявності даних про те, що вона є законослухняною, тобто не вчиняє нових злочинів, за які може бути призначено покарання - позбавлення волі на строк більше двох років.

Наступною проблемою в судочинстві є закриття справ у разі декриміналізації діяння. В цьому випадку ні суд, ні слідчий особу не звільняють від кримінальної відповідальності, оскільки сама караність діяння усувається законом. Але особа, винна у вчиненні такого діяння, не звільняється від відшкодування шкоди в цивільно-правовому порядку. У зв'язку з цим закриття таких справ потребує особливого підходу. Те, що вчора визнавалося злочином, сьогодні може бути визнане правомірним, і навпаки. З уведенням в дію КК від 5 квітня 2001 р. велика кількість діянь була декриміналізована, у зв'язку з цим багато справ закрито (пункти 1 і 3 розд. II "Прикінцевих та перехідних положень" КК). Згідно з п. 19 зазначеного розділу закриття кримінальних справ щодо осіб, які вчинили декриміналізовані діяння і справи стосовно яких перебувають у провадженні судів, органів досудового слідства чи дізнання, здійснюється судом.

У КК час від часу одні діяння декриміналізуються, а інші криміналізуються. Це явище нормальне, і воно продовжуватиметься доти, поки існує кримінальне право. Оскільки законом передбачено, що закриття кримінальної справи у зв'язку з декриміналізацією діяння здійснюється лише судом, розгляд останнім будь-якої справи повинен відбуватися відповідно до чітко встановленої законом процедури. На жаль, в КПК не передбачено процедури закриття кримінальних справ при декриміналізації діяння. У зв'язку з цим суди діють за аналогією закону, що створює багато проблем і призводить до порушень законності.

Декриміналізація діяння не є реабілітуючою підставою, і тому закриття кримінальної справи з цієї підстави потребує таких же серйозних, повних та всебічних досліджень, як і в справі з обвинувальним висновком. На жаль, розроблення законодавства з питань, що розглядаються, ще незавершене. Так, ч. 2 ст. 74 КК передбачено, що особа, засуджена за діяння, караність якого законом усунена, підлягає негайному звільненню від призначеного судом покарання. Тобто законодавець вирішує питання лише щодо засудженого і зовсім забуває, що декриміналізація діяння можлива і у випадку, коли справа перебуває ще на стадії досудового слідства, попереднього розгляду справи чи розгляду її по суті судом до постановлення вироку. Як діяти в цій ситуації слідчому, прокурору, судді, закон не регламентує, і за якою підставою закривати справу, - не вказує. Зважаючи на те, що декриміналізація - це явище вічне, законодавець має заповнити цю прогалину, оскільки те, як буде вирішена справа, не байдуже ні винній особі, ні потерпілій стороні. На нашу думку, в КПК слід закріпити норму про те, що при усуненні караності діяння кримінальна справа, в якій не постановлено вирок і немає реабілітуючих підстав, підлягає закриттю саме за цією підставою, тобто у зв'язку з усуненням законом караності діяння.